1975年4月1日，在红色高棉军队的进攻下，亲美的朗诺出逃金边（柬埔寨首都）。16天后，红色高棉控制金边，朗诺等人建立的高棉共和国被彻底推翻。
红色高棉接管柬埔寨后，第一件事就是借口美军即将轰炸金边，下令金边居民全部疏散到乡下，他们许诺只要躲避三天就可以返回，要求民众走时不必携带任何财物。
这个命令立即得到了执行，3天的时间里，原本300万人口的金边一下子变成了几万人。而在撤离的过程中，那些不愿意离开的人遭到了枪杀，没有能力离开的人被遗弃路旁……大量无辜百姓死亡，整个过程可以用灾难来形容，史称“死亡行军”。
然而，事情到此远远没有结束，更大的灾难还在后面。掌握柬埔寨后，红色高棉迅速对前朗诺政权的军政人员展开了清算，清算的对象不仅包括高级官员、王室成员，还包括一般的公务员、士兵、警员。这些人被专门的卡车运输到指定地点，所有被斧头、棍棒、镰刀等农具直接处决。
没有为朗诺政权服务过人依旧在劫难逃。波尔布特认为城市是资本主义的丑恶象征，会腐化干部和群众，出于对“劳动”、“农村”的推崇和膜拜，他强制要求所有人一起从事修筑水渠、农田和道路，而不向他们提供最基本的粮食和生活保障，大量的人口在这种强制劳动中死亡。
这场没有边界的迫害之风同样刮到了红色高棉内部。出于对组织“纯洁性”近乎偏执的追求，红色高棉领导人波尔布特始终认为，组织内部充满了“细菌”——亲越分子、克格勃间谍、中情局特务、朗诺余孽……它们无处不在，必须时刻睁大双眼，予以肃清！
在这一理念的指导下，红色高棉的内政部长胡荣、两任商务部长、新闻和宣传部长、主席团第一副主席、农业部长农笋）、商业部长贵敦、建筑部长笃澎、东北大区书记奈沙朗、盖敏、主管经济的副总理温威等等都遭到了处决。各大区的党政军领导人被处决得则更多，譬如1978年5月，东部大区叛乱，波尔布特随即宣布，东部大区的150万人是“有越南心的高棉人”，应该得到“净化”，这一讲话至少导致10万人被杀掉。
这些高官被处决后，他们的家人、同僚和部下也难逃一劫，他们被带入红色高棉的审查中心，经历了地狱般的折磨。其中最著名的就是S-21集中营（全称为第21号保安监狱），据统计S-21集中营在75年到79年共关押过1.4万以上的囚犯，最初一批人被带到这里后，经历了酷刑折磨，要求供出同党的名字，然后“同党”来了再供出“同党”，如此循环往复……1979年，越军攻入金边后，发现了S-21集中营，这时这里只剩下了7个奄奄一息的幸存者。
在如此高强度的“自我屠杀”之下，很多红色高棉的成员，其中不乏一些士兵逃到了越南，并组建了“柬埔寨救国民族团结阵线”，试图借助越南的力量对抗红色高棉。当时越南和红色高棉在边界冲突不同，历史恩怨也颇深。
1978年11月，苏联和越南签订了《苏越友好合作条约》，支持越南在印支半岛的扩张政策。12月，越南即对柬埔寨发起大规模入侵，当时的红色高棉已经因为“自我屠杀”实力骤减，根本无力抵抗，到1月7日，越军即占领了金边，并扶植傀儡韩桑林建立了政权。
越南的入侵，使得柬埔寨的局势更加复杂，因为在冷战的大背景下，越南的扩张就是苏联的扩张，这是各大国最为忌惮的事情。在联合国大会上，西哈努克亲王痛斥越南的侵略行为，美国、英国、中国、泰国等国均表示支持，最终，越南建立的傀儡政权未能在联合国获得合法席位，而红色高棉则继续保留了联合国的席位。
被赶出金边的波尔布特率领余部逃到了柬埔寨西部，重新组建了国民军，继续同越军作战。与此同时，西哈努克领导的奉辛比克党、宋双领导的民族解放阵线组成了“民主柬埔寨联合政府”，也在积极同越军作战，并得到了美国、中国、新加坡、马来西亚等国家的物资援助。
红色高棉军在被越军击败后，一路跑到了柬埔寨和泰国边境的深山中，此时的波尔布特还在指责自己身边的人都是叛徒，是越南人的傀儡，导致了自己的失败，自己的责任就是太过信任下属。随着红色高棉军队失败，他们在柬埔寨的影响逐渐下降，靠着走私宝石和木材维持生存。
到1986年，黎笋逝世，越南无法承担超过国家财政支出一半以上的军费，开始思考从越柬战争的泥潭中脱身。而苏联在随后的改革中也陷入困境，经济压力巨大，停止了对越南的援助。于是在1988年，越南单方面宣布了撤军计划。至此，柬埔寨重获和平指日可待。
1992年，在联合国的调解下，柬埔寨各方势力签订和平条约，并开始着手筹备新的联合政府。然而你，不甘失败的红色高棉却拒绝与联合国合作，公开抵制大选，这个错误的判断使其在国内、国际上，全面陷入孤立状态。
1993年，柬埔寨王国成立，很快获得了联合国的承认，而红色高棉则失去了它在联合国的席位，并被柬埔寨王国宣布为非法组织。此后，柬埔寨政府多次尝试用和平谈判的方式，劝红色高棉放下武器，并承诺对投诚人员予以特赦，无奈波尔布特已经失去思考能力，还在坚持负隅顽抗。
1996年，红色高棉几个精锐师向政府军投降，波尔布特更加孤家寡人。此后在政府军的军事压力和政治攻势下，红色高棉的战士厌战思乡，逃离的战士达到了红色高棉军队的80%。
眼看失败已成定局。1997年，红色高棉的军队总司令宋成开始密谋投诚，波尔布特得知消息后，下令枪杀了宋成一家，包括宋成夫妇和他们的8个子女，还残忍地下令用卡车碾压他们的尸体……
愤怒的红色高棉士兵随即发起反叛，将波尔布特逮捕，并宣布他“背叛民族”、“杀害同志”，判处其终身监禁。
波尔布特被关押期间，面对记者的采访，他还在坚称：“我是为了进行斗争，不是为了杀人。即使是现在，你可以看着我，我是野蛮人吗？我的良心很清白！没有我们的斗争，现在就没有柬埔寨。”
1998年4月15日，红色高棉同意将波尔布特交给国际审判，当晚，波尔布特在等待转移时突然死亡。长期以来，外界对此有几种说法，一是波尔布特死于心脏衰竭，二是从尸体指甲可以看出，他是被人下毒或者自杀的。知情人士分析，如果波尔布特如果被送上国际法庭，事情会变得非常复杂，牵扯非常之多，而他一旦死掉，问题就会被解决。
当时柬埔寨政府要求检查波尔布特的尸体，但红色高棉未经解剖和化验就将其遗体火化。波尔布特的骨灰被葬在距离泰国边境之后数百里的一个小村子，只是用木板简单地搭了一个坟墓，上面写着“波尔布特火葬于此”。
波尔布特死后不久，红色高棉在乔森潘和农谢的带领下，向柬埔寨政府投降。此后，二人都以“危害人类罪”被判处终身监禁。红色高棉自此成为一个历史名词。
