“麦蔡会”后，大陆宣布对台贸易壁垒展开调查。对此，大陆方面的解释是出于维护贸易自由和保护自身利益，但这种解释往往被台方视为大陆打压台湾当局的一种手段。蓝绿阵营纷纷表态，蓝营抨击绿营大搞政治操弄激怒大陆，而绿营则装腔作势喊话大陆谈判，以解决两岸之间的经贸问题。

近年来，两岸关系纷繁复杂，经济贸易是这种复杂关系中一个重要的组成部分。尽管两岸的经贸往来越来越密切，贸易总额也呈逐年上涨的趋势。但是，两岸贸易关系仍然不太顺畅，特别是2016年蔡英文上台后，随着民进党当局拒不承认“九二共识”，两岸政治关系开始出现明显趋势性向紧张的态势发展。在这种情况下，两岸贸易关系也受到了严重影响。民进党当局出台了一系列限制大陆商量输台措施，例如，台湾地区的“鸡蛋荒”、只要民进党当局放开对大陆鸡蛋的输台，自然也就不存在这样的问题。因此，大陆认为台湾地区存在贸易壁垒并不是没有根据的。平心而论，大陆每年都向台湾地区释放上千亿美元的经济红利，但民进党当局却敬酒不吃吃罚酒，以各种理由和借口对大陆商品入台实施管制，甚至对大陆企业需要的部分半导体产品下达禁售令。为此，大陆对台湾地区对大陆贸易限制措施展开壁垒调查的合情，合理，合法的。据悉，此次调查涉及2455项农产品，调查将在10月12日前结束，特殊情况下或延长至明年1月12日，目的是维护贸易自由与自身合法权益。一旦调查结果确认台湾地区存在贸易壁垒问题，大陆必将对其采取对等，甚至是更为严厉的反制措施。蓝营认为，大陆对台展开贸易壁垒调查，是由民进党当局错误的两岸政策造成的，此举意在对民进党当局及其支持者进行警告和威慑。

有台媒分析，大陆对台贸易壁垒调查可能导致台湾地区的商品进入大陆市场的受阻或减少，从而对台湾地区经济和企业造成不利影响。但也有观点指出，大陆就是想让台湾民众清楚，民进党当局若继续施政，只会对损害他们切身利益，因为明年1月13日就是台湾地区领导人选举的投票日。舆论普遍认为，如果民进党候选人，自诩为务实“台独”工作者的赖清德胜选，两岸政治关系必将遭受严重冲击，这也不可避免地影响到两岸经贸关系，进而损害到台湾民众的切身利益与福祉。所以，未来两岸关系是走向和平，还是走向对立，对抗，甚至是冲突，选择权已经交到了岛内民众的手中。客观而言，台湾地区存在贸易壁垒问题并非始于今日，但两岸关系相对稳定时，大陆并不吝啬向岛内释放大量的经济红利，目的在于通过推动两岸经济社会的交流与发展和增强台胞对国家与民族认同感，促进两岸的心灵契合。而对于台湾地区来说，大陆既是最大贸易顺差来源地，也是台湾商品最大的销售市场，两岸的经济联系与合作变得越来越重要。然而，民进党当局在经济层面大搞“选择性脱钩”，而在政治层面不断鼓动两岸的对立与对抗，这当然是我们所不能容忍的。

值得一提的是，大陆刚宣布对台贸易调查 话音刚落台方喊话谈判。台经济部门负责人王美花辩解称，台湾地区对大陆产品进口规范，依照岛内相关法律进行管理，需符合“不影响台湾地区安全”，对“经济没有重大不良影响”两大条件，方能开放进口。目前约有9000余项大陆农工产品，可以进入台湾地区的市场。但对于大陆对台贸易壁垒的调查，台方愿意在“不设前提”的条件下进行磋商和谈判。王美花认为，当下最主要的问题是两岸进行沟通与交流，没有必要进行“过度反应”，并喊话大陆进行贸易对话与谈判。有分析指出，大陆是台湾地区最大的贸易合作伙伴，两岸关系对于台湾地区的经济发展至关重要。全球贸易环境的不稳定和形势的不确定性使得台湾地区面临严峻的经济挑战，而与大陆保持密切的经贸往来有助于缓解经济与政治压力。但问题在于，大陆决不能容许民进党当局一面从两岸经贸关系中获利，一面又大搞“台独”政治操弄，蚕食两岸和平统一的空间。所以，大陆发起贸易壁垒调查，或许是取消对台单方面让利的前兆。民进党“立委”许智杰认为，大陆此举是“以商逼政”。但有学者认为，大陆的最终目的是促使两岸贸易公平，维护贸易自由化与自身合法权益，而非仅是出于政治目的。