在使用发酵菌剂处理鸡粪时遇到下雨，确实会对发酵过程产生一定的影响。因为雨水的pH值、温度以及携带的微生物都可能与发酵环境不相适应，进而影响发酵菌剂的活性和鸡粪的发酵效率。下面是一些建议的处理措施：

遮挡覆盖：如果预先知道将要有雨，应尽可能提前对鸡粪堆进行遮挡覆盖，可以使用塑料薄膜、帆布或者其它防雨材料来防止雨水直接淋入鸡粪堆。

调整密度：雨水可能会稀释鸡粪中的有机物，降低发酵菌剂的浓度效果。在雨后，应适当增加发酵菌剂的用量，以恢复适宜的发酵条件。

通风管理：雨水可能影响堆肥的通风情况，适当增加通风量有助于维持堆肥内部的温度和氧气供应，促进菌剂活性。

监测温度：雨后的堆肥温度可能会下降，需要监测堆肥的温度变化，如果温度过低，应采取措施提升温度，如增加发酵菌剂、翻堆等。

翻堆调整：雨水使得堆肥湿度增加，可能会导致堆体结构松散，需要及时翻堆，调整湿度，使发酵菌剂与鸡粪混合更均匀。

补充菌剂：由于雨水可能冲走部分菌剂，雨后检查发酵情况，必要时补充发酵菌剂。

延长发酵时间：由于雨水的影响，可能需要延长发酵时间，等到堆肥成熟后再使用。

记录监测：详细记录下雨前后的发酵情况，包括温度、湿度、pH值等，这有助于分析影响程度，并为今后的处理提供参考。

处理雨水对发酵鸡粪的影响时，应遵循环保原则，确保处理过程不对环境造成额外负担。同时，也要考虑到发酵后的鸡粪作为肥料的使用安全，确保其达到农业使用的相关标准。