黄梅县是京港高铁东线在湖北境内经过的唯一一个行政区，这条线从安徽的阜阳至合肥，再从合肥经安庆南下九江，而黄梅县就处在安庆至九江之间，是整条京港高铁东线上仅次于庐江西站之后的第二大县级高铁站，和庐江西站相比，黄梅东站的站台规模同为两台六线，只是站房建筑面积略小一点，但是黄梅东站汇集了京港高铁和黄黄高铁两条线，在路网功能上比庐江西站更强一些。
黄梅县虽然属于湖北省黄冈市管辖，但是黄梅东站却在上海局集团管辖范围内，而黄梅另一座车站，黄梅南站却属于南昌局集团管辖，这样一县两站分属两个铁路局管辖的现象在全国铁路系统中虽不是独一份，但也确实不太多见。由此黄梅东站就成为衔接上海、南昌、武汉三大铁路局的局界车站，往南就进入南昌局集团管辖范围，往北进入安徽境内就属于上海局集团管辖范围，往西的黄黄高铁则属于武汉局集团管辖，这也让黄梅东站相当尴尬，明明跟黄黄高铁沿线地区同属一个省份，却被两个不同铁路局管辖。
然而让黄梅东站比较尴尬的是，作为上海局集团的局界车站，并且拥有两条高铁线路交汇的枢纽站，停靠车次跟沿线其它县级站相比不仅没有任何优势，反而成为京港高铁安九段车次最少的县级车站。目前黄梅东站仅有三十趟图定车次，而宿松东站有三十一趟，太湖南站有三十八趟，潜山站同样也有三十八趟。始发车次中黄梅东站有五趟，其中三趟由上海局集团开行，两趟由武汉局集团开行，宿松东站有两趟，太湖南站有两趟，潜山站有一趟。
而让黄梅东站感到最失意的地方，就是作为京港高铁正线上的一座县级枢纽站，在黄黄高铁通车之前竟然没有一趟南下深圳的车次停靠黄梅东站，目前途经黄梅东站南下深圳的车次主要集中在两个方向，一是合肥方向，有六趟车次，二是南京方向，有四趟车次，然而这十趟南下深圳的车次无一例外全部跨越黄梅东站，致使黄梅东站开通初期无法与深圳实现高铁直达，只能南下通过九江或者南昌中转。
直到黄黄高铁开通四个月后，也就是2022年8月份，武汉局集团开行了一趟由武汉站始发，途经黄黄高铁和京港高铁南下深圳的车次，这才解决了黄梅至深圳没有直达高铁的问题，此时距离黄梅东站投入使用已经过去了将近八个月时间。而京港高铁安九段其余三座县级车站却早早地拥有南下深圳的车次停靠，目前宿松东站有四趟直达深圳的车次，太湖南站和潜山站均有五趟直达深圳的车次，黄梅东站却仅仅只有一趟直达深圳的车次，很显然南下停靠车次严重不足，极大地制约了黄梅县人们出行的便利程度，也无法充分发挥黄梅东站的枢纽作用。
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