原来，他们已经发现狗哥根本就不是在救死扶伤，而是通过纳米再生技术建立一支属于自己的纳米人军队。于是，联邦调查局的人向总部申请了一支特种部队，并找到了参与创造狗哥程序的卤蛋，想让他编写出入侵病毒，消灭狗哥这个未知的威胁。但是要想写出这种病毒，就必须抓住一个纳米人，然后通过纳米人找到狗哥的源代码，说干就干。
特种部队很快就找来了不需要任何电子设备的重型武器，并在人工智能基地的下面挖通了一个临时作战的地道。与此同时，白菜也发现狗哥变得越来越像机器人，他与自己的交流方式居然是通过观察自己的生理状况后才做出的反应，这让白菜再也接受不了，所以他暂时离开了基地。而就在白菜离开不久后，基地附近突然发生了爆炸，联邦调查局的武装部队从地下爬了出来，附近的纳米人也全部围了上去。面对这群打不死的那个再生人，全副武装的特种部队只能赶紧又撤回事先挖好的地道之中，但其中一个纳米人依旧穷追不舍。殊不知在拐弯的地方，特种部队早就安排好了隔绝网络信号的土网。就这样，纳米人失去了再生能力，被打成了重伤。
卤蛋成功从他的体内获取了原代码，编写出了能够彻底杀死狗哥的病毒。但是纳米人因为受伤太严重，还没来得及注入病毒就死了。这时离开基地的白菜也被联邦调查局带到了这，而卤蛋为了让白菜彻底看清真相，随意取了一份雨水放入显微镜下，通过显微镜能够清楚的看见雨水里面布满了狗哥的纳米分子，它们可以无限的自我分裂，随着空气散布到全球各地。只要在联网的状态下，狗哥可以通过纳米分子操控任何的东西，成为世界万物的主人。因为现在身为人工智能程序的狗哥已经进化到了我们无法想象的程度。听到这里，白菜开始后悔当初上传狗哥的意识，让它变成了一个疯狂的人工智能机器。
所以为了阻止狗哥，白菜自愿代替那名死去的那个人成为病毒的载体，等回到狗哥的身边后，再将自己的意识上传，整个智能系统就会完全被摧毁，一切也就结束了。而这样做的代价就是白菜也会跟着死去，不过这也是目前唯一的办法。很快白菜便回到了基地，而军方也在不远处准备好了武器。可没想到的是，这时的狗哥已经脱离了电脑，变成了可以实体化的那名人。而激动的白菜立马就紧紧抱住了狗哥，请求他把自己的意识也上传电脑，这样我们便可以永远在一起。
结果狗哥一眼就看穿了白菜的内心，拒绝了上传白菜的意识。远处的军方看到计划已经完全失败，于是便直接发起了攻击，而这边的白菜还在苦苦哀求狗哥上传自己，狗哥本想问白菜为什么要帮助外人来对付自己，可这时一颗炮弹正好击中了白菜，看到心爱的人受伤，狗哥瞬间怒了，顿时无数的纳米分子随着狗哥的意念向着军方飞快的袭去。很快，军方的人就全部被狗哥制服，而狗哥则带着奄奄一息的白菜回到了基地内。在白菜的哀求下，狗哥即便知道了上传白菜的意识自己就会死去，但他还是选择了听白菜的话。在意识上传的过程中，白菜通过纳米分子看见了狗哥眼中的世界，穿过高山，越过荒漠，纳米分子经过的地方森林开始重生，河水变得清澈，空气得到了净化。
原来狗哥研究出来的纳米再生技术根本就不是为了控制人类，而是想要治愈这颗星球，他一直以来所做的这一切都是为了实现白菜的梦想。可惜白菜明白的太晚，但狗哥也并没有责怪他，两人最终完成和解，死在了一起，而外面的纳米分子也随着狗哥的死亡跟着失去了控制。狗哥从始至终都没有伤害过任何一个人类，但人类在未知的事物面前总是会感到恐惧。
