康熙十七年八月，以吴三桂为首而发起的三藩之乱已经进入了第五个年头。此时的形势对吴三桂极其不利，在就在康熙十七年前，在清廷的压力下，耿精忠、尚之信两藩降清，这就意味着清廷再无两顾之忧，可以集中全力与吴三桂集团展开决战。接着清军平定江西全境，在与吴三桂集团在湖广的对峙中，岳乐部收复浏阳、平江，收降吴三桂亲军水师将军于湘潭，并克复了永兴、茶陵、安仁等十三城，胜利的天平逐渐向清廷倾斜。
而反观吴军，粮饷不济，士气低落，开始陷入绝境，为了扭转不利局势，凝聚人心，提高威望，他于康熙十七年三月在衡州称帝，国号“大周”，改元“昭武”。但是此举并没有改变吴军溃败的态势，吴三桂忧郁成疾，于八月去世，年67岁。在吴三桂死后，吴军陡然陷入了“崩溃”局面，在湖南、广西等地全面溃败，康熙十八年、十九年初，以吴世璠为首的吴氏集团龟缩至四川、云南、贵州一带，最后灭亡已经进入倒计时。
康熙帝整顿军务，三路进军，直捣云、贵。
鉴于清军全面反攻的时刻来临，为了稳妥起见，康熙帝重新调整了军事部署。首先、把一些作战不利的统帅全部撤换，顺承郡王勒尔锦、贝勒察尼由于在战场上有畏战情绪，迟延逗留，在军中恣意享乐，“老师糜饷，误国病民”，两人被削爵，革去议政和宗人府之职。安亲王岳乐则因为年高辛劳，被召回京师休养。命贝子章泰接替岳乐为平寇大将军，统领湖广清军，进取云贵。其次、鉴于云、贵多山地的特点，倚重汉兵汉将，以绿营为前驱，八旗军为后劲进剿，所谓“贼既败遁负险，无容专恃马兵，若用绿旗步兵之力，于灭贼殊为有济”。
在撤换统帅之后，康熙帝定下了分兵三路会师云南之策。贝子章泰、湖广总督蔡毓荣统率满汉大军为中路军，由湖广征贵州；征南将军赖塔率领广西满汉大军和平南王藩下部分官兵，由广西入云南，为东路军；宁夏提督赵良栋、将军王进宝统率的绿营军为西路军，由陕西进攻四川。此次三路大军进讨，清廷可谓是下了血本，据康熙五十九年，清圣祖玄烨回忆，为了进攻云南功成，清廷调兵高达40多万，“征讨云南时，满汉官兵合计四十余万”，在这40多万的清军中肯定包括不少为战争服务的军役人员，要知道清廷全国八旗、绿营加起来人数不过80万，为了克取云南，一下子倾注如此多的兵力，很明显展示了必欲踏平吴氏集团的大本营云南昆明的决心。而此时吴氏集团的兵力不过10余万人，清军占据显著优势。
康熙十九年十月，由贝子章泰、湖广总督蔡毓荣统率的中路军从沅州出发，取镇远、平越，二十一日，兵临贵阳，吴世璠慌忙偕同叔父吴应麟乘夜逃往昆明，贵州总管李本深率文武官员投降清廷。其后，章泰奋力西进，连下遵义、安顺、都匀、思南诸府。继续西进。康熙二十年正月中下旬，中路军抵达平远府，遭遇了吴军的顽强抵抗。
二十二日，吴军将领高起隆、夏国相、王会、王永清、张足法、杨应选、侬朋等率兵2万驻扎于平远府西南山上阻击清军，又分兵万余命将线緎统领占据江西坡。清军征南将军穆占、提督赵赖率军向西南山上的吴军发动进攻，连破敌众，获得大胜。
而清军却在江西坡遭遇到了重创，线緎率吴军万余人拒战。江西坡崇隆险峻，曲折盘旋，绕山而上，如缧纹，吴军依险而守，出大象与清军对抗，但还没交战，清兵及其战马就被大象吓惊，回头奔溃，蔡毓荣派正红旗兵督战，却制止不住。吴军驱赶大象趁势而进，清军大败，“奔走两日，夜方止，死尸山积”。被吴军杀死的约有十分之二三，“自相格杀死者约有十分之六七”。（注：此次清军之败，实录等官书均无记载，倒是《庭闻录》记载颇详，官书极有可能又玩尊者讳了）
经过10多日的休整，章泰率军发动反攻。至砂子哨，吴军以象军前驱下山应战，清军分三队迎敌，战斗从中午直到傍晚，吴军惨败。清军一路追到腊茄坡，又将吴军击败，吴军溃退，中路军杀入云南。
而赖塔的东路军则同样在康熙十九年十月从南宁出发。首先在石门坎、黄草坝与吴军展开激烈战斗。吴军将领何继祖、詹养率兵2万余人前来与清军拒战。据随军的书吏曾寿所写的《随军纪行》记载，清军以八旗军400人、绿营兵1000人布阵于吴军正面，又分三队兵，“绿营兵在前，满洲并在后”，从后山小路趁着大雾向吴军奔袭。吴军猝不及防，匆忙“列鹿角、盾牌、大象”与清军激战，战斗十分激烈，双方先以火器对射，“枪炮声如炒豆，震天动地”，在火力掩护下，清军“呐喊进军”，吴军大败，弃营而逃。此役据《清实录》记载，“夺其营二十二”，并俘获了吴军将领詹养、王有功，“及贼众千余人，获象马无算”。（但据《随军纪行》记载，仅获战象5头）
随后，东路军又攻克安龙所、曲靖、马龙、寻甸、杨林等地，进入云南腹地。
而宁夏提督赵良栋率领的绿营兵，亦连败吴军，收复保宁、顺庆、龙安等地，吴军守蜀将领王屏藩、陈君极自缢，吴之茂、汪文元等人或俘或降。康熙十九年正月，赵良栋攻取成都。与此同时，湖广提督徐治都率舟师攻克夔州、重庆。四川全境得以恢复，但后来四川形势发生反复，吴军再叛，赵良栋不得不先行镇压，稳定四川局势。所以西路军未能按时入滇，只有东路军和中路军在云南会师，直逼昆明。
昆明攻围战，吴世璠集团的末日
章泰的中路军和赖塔的东路军在昆明城东的归化寺驻营并在距城七里处掘壕筑墙，意图对昆明城进行长期围困。康熙二十年二月二十一日，吴世璠命其将胡国柄率兵万余人及战象5头前来与清军会战。
清军遂布阵迎敌，根据《八旗通志初集》记载，是役，章泰军排于左，赖塔军排于右。吴军身后就是昆明，已然是退无可退，所以打出了置之死地而后生的气概，据《八旗通志初集·章泰传》记载，吴军的攻势十分凶猛，所谓“自卯时战至午时，贼兵坚拒不乱”，《庭闻录》亦云“悉选精甲过河犯贝子军，甚锐”。
据《随军纪行》所言，曾寿所在的与吴军正面硬战的第二队遭到了猛烈的攻袭（第一队击敌侧翼），差点“抵挡不过”，可见吴军正面攻势的凶悍程度。章泰遂命前锋统领阿哈纳率兵攻击吴军两翼，“从两肋杀入，敌军始退”，而赖塔派将军穆占率兵从后夹击吴军，从曾寿的记载来看，吴军的后阵受到了清军的强袭，导致阵脚大乱，“贼众后队先乱”，吴军在归化寺之战中惨败，吴军将领胡国柄等9人阵亡，清军俘虏600多人。清军乘势追至城下，见吴军有所准备退回。二十二日，清军又开始了新一轮掘壕筑墙工作意图长围昆明。
此役之后，吴世璠为之夺气，再也不敢出城作战，“尽移诸将家口于五华山宫城，分门守御，誓必死”，又到处摇人增援，“阴调在蜀贼将马宝、胡国柱、夏国相等归援”，并向西藏方面割鹤庆、丽江两地乞师。
康熙帝觉得此事十分紧要，命令在蜀的赵良栋等人“各统官兵，速行蹑击，勿令得援云南”，又命令加强对云南各州县的招抚力度，断绝昆明外援。吴军将领胡国柱在入云南途中被清军击败，走投无路下，自缢而死；夏国相败走广西后无奈降清；马宝被清军击败后，至姚安府投降；王绪、李匡被清军击败后，走投无路，自焚而死。至此，昆明外援全部断绝，成为了一座孤城。
康熙二十年九月十六日，在蜀作战的西路军主将赵良栋在解决四川变局后，率师赶到昆明参加围城作战，至此三路大军全部到齐。在了解形势之后，赵良栋对赖塔、章泰的围城方案十分不满。当即毫不客气的提出修正意见，并拟成奏疏上呈皇帝：第一、投降者应该分别收养，不应发给满洲为奴，以坚其归降之心。第二、围城壕墙看管巡查十分松散，往来贸易不断，城内补给并没有完全断绝。第三、这一点尤其让赵良栋不满，就是赖塔、章泰的包围圈离城太远，吴军还是可以就地获得补给，投诚之人由于清军驻扎地过远，也不敢来归附。尤其要诟病的是，昆明湖并未完全封锁，“将一昆明池海子全弃于贼”，敌军还是可以获得补给，“并未设兵湖中，断其水路，致贼寇米粮照旧运行”。
在提完三点意见后，赵良栋力主迅速攻城，不然围城高达10万余人（据《国朝先正事略》之赵良栋传，上言“满、汉兵十万有奇”）的围城清军将有断粮风险，“贼可食马、食人，而我之官兵来春无粮又当如何”。赵良栋与赖塔、章泰为此还爆发了激烈的争吵，“贝子不悦，以满洲语相驳诘，公汉人，不解满语，张目抵牾”。
赵良栋的奏疏提交给康熙帝后，康熙帝全盘同意了赵良栋的意见，尤其对赵良栋迅速攻城的意见深表赞同，于是下谕曰：“云南省城，围困已久。若不速为克取，未免劳敝兵民，靡费粮饷，今逆贼外援已绝，株守孤城，……，速行攻取云南省城”。
既然康熙帝做出最终决断，前线清军也做出部署，开始冒着吴军炮火靠近昆明城掘壕筑墙，加紧围困，并在昆明湖“横筏施楼橹，以断接济”，昆明城的补给完全被切断。
而赵良栋再和赖塔、章泰商议后，决定率陕西绿营兵1万人于重关下营，做攻城准备，后移至南坝驻扎。十月二十二日晚，吴军在郭壮图的率领下做最后的垂死挣扎，出兵偷袭赵良栋的营地，此举被赵良栋看破，他将计就计命军队埋伏，在营墙内架设子母炮，在营墙外、壕墙内部署身披棉甲，配备大刀、棍棒的破阵之兵，吴军于凌晨偷袭，战斗十分激烈，“逆贼三进壕墙，伏兵三起杀出，而马兵四应，邀截于前方”，最后吴军被击退。
十月二十五日，赵良栋率军发动反攻，夺取城外新桥、土桥、得胜桥等据点，“将贼追杀入东、南二门”，至此，昆明城外据点被悉数拔除。面对清军的围困，城内陷入饥荒，“人相食”，“米卖一两一酒杯”。十月二十八日，眼见大势已去，吴军将领线緎、吴世吉、何进忠等密谋擒拿吴世璠、郭壮图投降。吴世璠在得到这一消息后，自刎而死，郭壮图和他的儿子也一起自尽。二十九日，线緎等人开城投降，三藩之乱正式终结。
在吴三桂之乱平定后，吴氏家族大多被处死，其积累的庞大财产被充公，吴藩属下的将官士卒或被杀，或发往东北充当站丁。吴三桂集团覆灭已成定局，康熙帝开始对耿精忠、尚之信二人下手。康熙十九年闰八月，赐死尚之信。康熙二十一年正月，耿精忠被凌迟处死。尚、耿藩下官兵被编入八旗。至此，当年烜赫一时的三藩皆不复存在。
引用文献：《清圣祖实录》、《八旗通志初集》、《奏疏存稿》、《庭闻录》、《随军纪行》、《平滇始末》、《圣武记》、《国朝先正事略》
