东寺
空海在建设完高野山之后，朝廷又命其建设东寺。而此时的空海也只是想将高野山作为禅修道场，将东寺作为密法的根本道场面向天下开展活动。他仿照大唐惠果阿阇梨的青龙寺，将其作为秘密传法院。而他首先规定“禁止其他宗派人员混住”，这个规定在当时可谓是革命性的宣言。而空海自己解释说“是非狭心，护真之谋也。”
东寺建立了真言院、灌顶堂、钟楼、藏经楼等。遵照密法仪轨制作佛、菩萨、明王的造像，是日本最早的密教佛像。建设之后，有举办讲经、结缘灌顶等法会，引导民众信仰密教。今日的东寺，被认为是日本艺术的瑰宝，是空海兴盛密教的象征，也是集结了日本古代国家国力的产物。
治水
在八世纪初期，在空海大师的祖籍赞岐，为了防御洪水而开挖一个水塘。但由于水压很高，在弘仁九年（818年）发生了罕见的大决堤。朝廷派筑池使负责修筑工程，但难以完成。于是朝廷想让空海接手此事。弘仁十一年（820年）六月十日，空海率沙弥一人，童子四人到达赞岐。而九月十日便已返回京都。据此推算，修筑工程仅用了三个月。上一位筑池使，用了三年推进工程却以失败而告终，而空海却在三个月内成功，可见其不但精通土木工程的相关知识，且能云集广大农民的力量。
今天，在日本香川县仲多度郡满浓町，有着日本最大的蓄水塘，周长20千米，水深31米，自空海至今的一千一百年里，这浩瀚如大海般的水池，一直滋润着着广阔的田地。今天的灌溉面积仍达4600平方千米。
办学
说道日本的开办公学，空海便是其开创者。在天长五年（828年）在东寺开设了综艺种智院。是日本最早面向平民开放的学校。在当时，教育制度都是由国家设立，入学的资格都是由阶级身份决定，并不是每一个人都有接受教育的权利。
在这种教育状况下， 空海很早就产生了为贫穷无知的贫民子弟提供教育的愿望。天长五年的十二月十五日，他开创了日本最早的贫民学校。取《大日经》中“综艺种智”一词命名。教育特色就是机会均等、综合教育、完全公费制。空海能够提出在当时如此令人惊叹的教育理想，与他早年接受过的正规教育是分不开的，也许在日本的佛教史上，接受过正规教育且在国家最高学府学习过的僧人，也唯有空海一人吧！
综艺种智院后期由于经济原因，在承和十二年（845年）关闭，并入东寺。综艺种智院的规模虽然很小，但它崇高的教育理想和卓越的教育内容在世界教育史上也许都是绝无先例的。
圆寂
菩萨来到这个人世间，以一个人的相状来利益周围有缘的众生，以凡夫能够理解的状态来种种。可是，又有几个人能够在平淡无奇的外表中，看到圣者的境界？菩萨随顺着这个世间，表现出一个凡夫到圣者的过程，最终仍要随着身体发展的规律，离开这个人间。
空海在《御遗告》中，写道自己从天长九年（832年）的十一月十二日，开始对于食物产生厌恶，只喜欢坐禅。在自己人生最后的两年多的时间里，他所食用的饮食应该是很少的。承和二年（835年）一月，一月以后连水也不进了。对他的弟子们，说出：“命既有涯，不可强留，唯待期尽。”的话语，在生死面前，他显得是如此从容。承和十二年的三月十五日，六十二岁的空海写下了著名的《御遗告》，开篇便说道：“吾拟灭度，今年三月二十一日寅刻也。”三月二十一日，空海圆寂。
一代巨星陨落，受到了仁明天皇的吊唁。四年后，消息传到长安，青龙寺的同门弟子共同表达哀悼。受到这种国际性吊唁的僧人，在日本的佛教史上还只有空海一人。
空海大师是伟大的，以至于在后期的很多文学作品中，多处提到空海仍在高野山入定的文字。在人们的心目中，对与空海的离去是不舍的。高野山入定的信仰一直在日本的文化中流传。在高野山的一草一木中，都有是大师的化现。
著作
空海大师一生著作丰富，佛法方面的书随重在密法，但也含摄所有显密大小乘的思想。
他为了明确密教来源的清净，阐明大日如来、金刚萨埵、龙猛菩萨、龙智菩萨、金刚智阿阇梨、不空阿阇梨、惠果阿阇梨的传记以及传承关系，写有《秘密曼荼罗教付法传》《真言付法传》。
空海将自己从大唐请来的诸多佛典、法器等列了一个清单，名为《请来目录》，由于密法极为复杂，为了让学人能够迅速掌握要领，编写《真言宗所学经律论目录》，这两部书算是列的清单。
空海最主要的著作还是《十住心论》，这部论典我本人是非常喜欢的，此论依《大日经》的内容，对于一切佛法进行判摄，将心分成十个层次，前三心为凡夫善恶心的状态，次二心为声闻独觉心之状态，之后四心为大乘唯识、中观、天台、华严做个层次的划分，最后为密乘。从这部论中可以看到，这十种心已经含摄了显密一切佛法的见地，即推密教为最胜，而又将其他宗派的佛法作为基础，而非建立空中楼阁。对于这些佛法的见地做了层次的划分，其判教远比其他任何宗派的判教都圆满。后又撰写《密藏宝钥》对此论内容进行概述。
依《大日经》写了《十住心论》后，还依《金刚顶经》写了《辨显密二教论》，明确了显教和密教的去别，以及密教在佛教中拥有怎样的位置和意义等。
《即身成佛义》也是密法不共其他佛法的地方，声闻乘的教法认为通过修行可以即生证阿罗汉位。菩萨乘的教法认为发菩提心后，通过三大阿僧祇劫的修行而获得佛位。而金刚乘的教法则是通过与本尊相应的方便修法，即生成就佛陀的圆满果位。但是这种即身成佛又不是一蹴而就的，而是建立在对于声闻乘、菩萨乘的教法极为通达的情况下，通过与本尊相应的方式得以顿超十地，此生即可进入如来藏的境界。这是密法不共的特点，而空海将此义写出，进行专门的说明。
《声字实相义》和《吽字义》则是对于声明的解读。《声字实相义》提出一切客观存在的事物，都是语言的独特的语言哲学。《吽字义》则是阐释“吽”字所象征的密教真理。
另外空海还有很多对于经典的解读，如《般若心经秘键》《大日经开题》《金刚般若经开题》《法华经开题》《梵网经开题》等等，虽然每部著作都不是很长，但从中可见空海所读经典之多，对每部精髓的概括之精巧。还有像《秘密三昧耶佛戒仪》等密法中受戒、念诵、护摩等仪轨。和梵文有关的《梵字悉昙字母并释义》《大悉昙章》等等。
作为文笔天才的空海，在文学上的著作也是不少，后人将他的诗文集为《性灵集》和《高野杂笔集》。还有论述唐朝诗文理论的《文镜秘府论》《文笔眼心钞》。还编写了日本最早的字典《篆隶万象名义》。总之，空海大师的著述其涉及内容之广，阐述含义之深，在日本的历史上也是绝无仅有的。
