这故事发生在1901年，那会儿的中国正处在清朝末年。我们的主角之一谢平瑶，曾经在江南制造总局担任翻译官。后来，他转到了漕运总督府工作。这位老兄性格直爽，是个实干家，满脑子想着如何通过实际行动来拯救国家。
而另一位主角叫保罗·迪马克，大家习惯称他为小波罗。他是个来自意大利的富家子弟，对中国文化情有独钟。他的偶像就是那位大名鼎鼎的马可波罗。这次，他为了考察中国的运河特地来到了无锡，并计划从南向北航行。与此同时，他还怀揣着找到失踪哥哥费德尔的心愿。
为了确保旅程顺利进行，小波罗找到了曾是江南制造总局翻译的李赞奇，两人约定一同出发。然而，由于李赞奇腿部受伤无法继续前行，于是他找来了好友谢平瑶接替自己的位置。起初，谢平瑶有些犹豫，担心小波罗只是打着研究和专家的幌子出来游玩。但在听了李赞奇的介绍后，他最终决定帮助小波罗记录运河的变迁。
当小波罗初到无锡时，因为语言不通，在城门口就遇到了麻烦。两个守卫故意刁难，甚至把他吊在半空中。幸运的是，谢平瑶及时出面交涉，才解决了这一困境。小波罗出门带的东西可真不少，光是他个人的行李就有两大箱，里面装满了各种测量水文的仪器、罗盘、柯达相机、一把勃朗宁手枪和一把毛瑟枪，还有他一路上要看的书和资料、写作用的墨水和纸笔、一根哥萨克马鞭、茶叶，以及一套喝功夫茶的茶壶和杯子。这么多东西当然需要人来挑担，于是小波罗雇了邵常来做挑夫。邵常来原本是在杭州谋生的四川汉子，除了做挑夫外，他还有一手好厨艺。
负责船只航行的是苏州租船的老夏和他的两位助手，其中一位名叫周义彦。小波罗见周义彦勤奋好学，不仅送给他一本手抄本《天演论》，还教他喝咖啡，讲述一些国外的故事。他们沿着运河一路前行，小波罗对运河及中国文化表现出了极大的兴趣，不断拍照记录。但随着北上的深入，义和团运动带来的紧张氛围也逐渐显现。在邵伯闸，他们因持有外国国旗而得以优先通行，但也因此引起了漕帮成员的不满。
到达高邮镇后，老夏和他的徒弟因担心义和团的风险选择离开，只剩下谢平遥、小波罗和邵常来三人继续前行。不幸的是，小波罗的记事本被周义彦拿走了。而义和团成员孙过程和孙过路在与谢平遥的斡旋后，决定保护小波罗北上。
随后，小波罗重新租了老陈的船，途中遭遇了搁浅和河盗袭击等困难。特别是在一次河盗袭击中，小波罗受了重伤，腹部被刀划伤导致伤口感染和败血症。尽管团队尽力救治，但小波罗的病情仍然恶化。
旅途中，小波罗与团队成员建立了深厚的友谊。特别是孙过程和谢平遥，给予了小波罗极大的保护和照顾。在生命垂危之际，小波罗表达了对运河的热爱以及对生命的释然，将自己的遗物分赠给团队成员，并请求将自己葬在运河边上。
终于抵达通州不久，小波罗因伤重不治身亡。他的遗体被安葬在运河边，实现了他最后的愿望。小波罗的去世让整个团队陷入了深深的悲痛之中，但也让他们更加团结，珍惜彼此之间的友谊和合作。
另一方面，小波罗的哥哥费德尔是一名意大利士兵，对中国充满好奇，主动申请来华。他在天津附近的风起淀遇到了正在给年画上色的秦如玉，对她一见钟情。通过画家大卫的帮助，费德尔逐渐接近秦如玉，并学习汉语以更好地与她沟通。
然而，随着义和团运动爆发，联军入侵中国，费德尔所在的意大利军队参与了对中国的侵略战争。在战斗中，费德尔受伤成为瘸子，对战争感到厌倦并开始反思。
战争期间，费德尔受伤后逃离了军队，与秦如玉在芦苇荡中相会，开始了逃亡生活。他们相互扶持，共同度过了那段艰难的岁月。逃亡期间，费德尔和秦如玉结为夫妻，并在通州蛮子营定居下来，育有子女，过着平凡而幸福的生活。费德尔逐渐融入了中国社会。多年后，日本侵略中国，战争再次威胁到他们的家庭。秦如玉为了保护孙女被日本兵的狼狗咬死，费德尔悲痛欲绝。
这段历史见证了小波罗对中国运河文化的深厚情感，以及费德尔在中国的传奇经历。这些故事不仅展示了他们在不同历史背景下的奋斗与挣扎，更展现了人性的光辉与温暖。无论是面对重重困难还是个人命运的转折，他们都以各自的方式书写了一段难忘的历史篇章。这段旅程不仅是地理上的探索，更是心灵上的洗礼，让我们看到了那个时代人们的真实面貌与精神风貌。
