1、在尼德兰动乱期间，玛格丽特作为摄政面临许多困难。腓力二世的决策加剧了这些困难。例如，当玛格丽特请示如何处理局势时，腓力二世建议将奥兰治亲王的死对头提拔进议事会，这一决定进一步激化了矛盾。
2、玛格丽特在1563年写信给腓力二世，建议他亲自来尼德兰或调离格朗韦勒，但腓力二世表示自己忙不过来，并指示玛格丽特要坚决反对坏人和坏事。然而，实际上那一年西班牙并没有重大事务，这让人难以理解腓力二世为何不亲自处理尼德兰的局势。3、在这种混乱的背景下，加尔文宗的传教士趁机在尼德兰迅速传播。加尔文宗在尼德兰的快速传播主要是因为当地贵族利用宗教动乱来增加自己的权力和影响力。贵族们“养寇自重”，希望通过混乱来实现自己的利益。
4、因此，加尔文宗在50多个市镇迅速发展，甚至在大城市如安特卫普也占据了上风。这种局势一直拖到1564年，腓力二世才将格朗韦勒调离，但此时局势已经难以控制。
5、从1561年到1564年，尼德兰经历了剧烈的变化，当时欧洲各国对异端的处理办法是死不改悔的才烧死，悔改了的一般就是坐个牢、罚点钱，一定要处死的话也是绞刑，比较仁慈。但在尼德兰，异端被严厉镇压，不论是否悔改都被处以火刑，这种极端的措施甚至让腓力二世都感到过于严厉。
6、尽管加尔文宗在尼德兰一直未能形成强大的势力，但在这三年中，由于贵族的“养寇自重”，加尔文宗迅速壮大。加尔文宗的支持者主要是市镇精英、小贵族和大贵族的次子，他们组成了准军事组织，对大贵族形成了反制力量。
7、格朗韦勒被调离前，尼德兰的问题主要是政治性的，当地精英希望获得更多的政治权力。格朗韦勒被调离后，逃亡的加尔文教徒返回尼德兰，加上经济困境（如瑞典和丹麦的战争导致商品失去市场、极端天气导致粮食减产），使得底层民众被煽动起来，政治问题转变为宗教问题。
8、格朗韦勒被调走后，尼德兰的矛盾并未得到解决，反而加剧。贵族和教会提出的条件是停止设立新主教并废除对异端的死刑。对腓力二世来说，自治权的要求可以谈判，但宗教问题上腓力二世是绝不可能让步的。
9、腓力二世的名言“我宁愿自己死掉十万次，也不会同意改变宗教信仰”表明了他对天主教信仰的坚定不移。他指示玛格丽特严格执行反异端法律，要求处死所有被关押的异端分子，并且不允许尼德兰贵族获得更大的政治权力。这种强硬政策加剧了尼德兰的紧张局势。
10、由于腓力二世的高压政策，尼德兰贵族感到不满，1566年4月，300名尼德兰贵族全副武装来见玛格丽特，要求玛格丽特立即停止执行所有反异端法律，这就约等于公开叛乱了，因为它直接挑战了西班牙王室的权威。于是腓力二世授权玛格丽特组建军队。
11、但是到了8月，还没等玛格丽特动手，底层的加尔文教徒发起了圣像毁坏运动，有条不紊地“净化”了400多座教堂和修道院。所谓“净化”，就是把修道院和教堂里的圣像和彩窗都砸了，把教堂改成四面都是白墙。
12、圣像毁坏运动的激烈程度吓坏了那些原本持观望态度的天主教大贵族，他们担心局势失控，赶紧放弃了养寇自重的策略，转而支持玛格丽特，迅速平定了新教派的起义，这对西班牙来说是意想不到的好运气，因为他们本来可能需要投入更多资源来应对这场动荡。
13、如此一来，尼德兰的精英阶层就分化成了三派：第一派主张在坚守天主教信仰的前提下自治；第二派也信天主教，但主张为了自治宁可与加尔文宗新教徒合作；第三派就是新教徒了。
14、这样，当时的摄政玛格丽特主张团结天主教派，并争取中间派的支持，以共同打击新教派。这种策略旨在通过内部的宗教力量来稳定局势，而不是依赖外部的军事干预。然而，西班牙国王腓力二世并没有看到这种策略的价值，他更关注的是尼德兰地区对自治的要求，而不是宗教派系之间的差异。
15、腓力二世最终决定采取更强硬的措施，还有一个重要的因素是，1566年8月22日，南美一支船队送来了一批史无前例的白银，估计值500万杜卡特；再加上那不勒斯、卡斯蒂利亚议会也表态给予财政支持使得腓力二世有能力采取军事行动。
16、如此在多方支持下，腓力二世坚持派遣阿尔瓦公爵率领大军前来镇压，目的是限制尼德兰贵族的自治权。玛格丽特试图劝阻腓力二世，认为派遣大军是不必要的。她表示如果腓力二世坚持派兵，她将辞职。腓力二世没有挽留她，直接授予阿尔瓦公爵全权。
