数码兽驯兽师，作为数码宝贝的第三部作品，登场角色和世界观和前两部完全不同，没有了前两部数码宝贝中的黑暗与光明对立的设定，像打游戏一样。并且整体的战力水平，远超前两部的水平。
主角三人的搭档数码兽分别为不同的属性（病毒、疫苗、数据）。
松田启人三代男主，同样的护目镜男主，在淀桥小学五年2班上学，是个非常喜欢玩数码兽卡片游戏的少年。自己设计了基尔兽，并且是自己的数码宝贝。
基尔兽进化究极体是皇家骑士团中的红莲骑士兽。个人前三部男主里最喜欢的数码兽。
李健良淀桥小学五年1班，混血儿，爸爸是中国人，妈妈是日本人。
搭档是大耳兽。究极体是圣加鲁哥兽。全身化作武器堆，超巨大的机械型数码兽。武器搭载量匹敌钢铁加鲁鲁兽。并且看起来武器比钢铁加鲁鲁炮管更粗。
牧野留姬，与启人和健良在不同小学上学的少女驯兽师。被大家称为「数码兽女王」。个人认为目前三部中最有魅力的女角色。（飞帽杀美美除外哈)
搭档妖狐兽。究极体是咲耶兽，看起来像一个术士一样，也是贼帅。
加藤树莉，启人的同班女同学，性格开朗喜欢照顾人，对启人有微微好感。游离在主角团外，搭档狮子兽。
盐田博和，启人的同班同学，是上学前和放学后经常在一起玩卡片对战的数码兽伙伴。游离在主角团外，搭档守卫机器人兽。
北川健太，启人的同班同学，卡片对战的数码兽伙伴之一。伙伴是海天使兽，不算是搭档。
李小春，健良的妹妹，李家的小女儿，7岁。搭档垂耳兔兽，完全体是安底罗兽（十二神将之一）
秋山辽，早一年的数码兽卡片游戏大赛中获得冠军的传说中的驯兽师。
搭档电子龙兽，非常好战。究极体是正义兽。
爱＆真，小爱与阿真是过去与小妖兽一起生活过的姐弟。由于两人经常为了争夺小妖兽而吵架。
可以算是小妖兽的搭档，究极体是别西卜兽（别名堕天地狱兽）也是超帅。
以上就是第三部中的主角团的数码宝贝，以及进化路径。相比于前两部的实力，本作出现5个究极体的数码宝贝，并且实力都非常之强。
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