清朝在征服新疆后，为了加强对这一重要边疆地区的治理，设置了将军府和伊犁将军等军政机构。伊犁将军是清朝设置在新疆的最高军事和行政长官，负责管理新疆全境的军事、政务和外交事务。此外，还设有道、府、厅等地方行政单位，负责具体的地方治理。

将军府

将军府是清朝在新疆设立的地方最高军政机关，负责该地区的行政管理和军事防御。将军府的设置初衷是为了加强对新疆这一边疆地区的统治，确保边疆的稳定与安全。将军府的领导官员称为“将军”，通常由清朝中央直接任命，其地位仅次于总督，拥有较大的行政和军事权力。

伊犁将军

伊犁将军是清朝在新疆伊犁地区设置的专职军事指挥官，负责该地区的军事指挥和边防事务。伊犁将军的职责主要集中在维护边疆安全、指挥军队抵御外侵以及管理边疆民族关系等方面。伊犁将军直接向清朝中央政府汇报工作，具有较高的独立性和权威。

功能与影响

行政管理：将军府不仅负责军事防御，还涉及新疆地区的行政管理、土地分配、税收征收和地方治安维护等事务。

军事指挥：伊犁将军专注于军事指挥和边防建设，保障新疆西部边境的安全，对抗外来侵扰。

民族政策：新疆地区民族众多，将军府和伊犁将军在处理民族事务、维护民族和谐方面发挥了重要作用。他们通过实施一系列的民族政策和措施，促进了各民族间的交流与合作。

清朝通过设置将军府和伊犁将军等机构，有效地加强了对新疆地区的治理，促进了该地区的社会稳定和经济发展。这些机构的设立和运作，对后来新疆地区的历史发展产生了深远的影响。