清朝康熙年间，江宁府上元县有一条古巷，巷中住着一位名叫苏瑶的女子。苏瑶年方二八，生得眉如远黛，目若秋水，且才情出众，擅长诗词书画。
同巷住着一位名叫陈生的年轻书生，他勤奋好学，长相俊朗，虽家境贫寒，却心怀大志。一日，苏瑶在庭院中赏花，不小心将手中的帕子掉落墙外，正巧陈生路过，拾起帕子。两人目光交汇，就此情根深种。此后，他们常常趁着夜色，在苏瑶家后院的小角门处幽会，互诉衷肠。
为了能与陈生多些相处时间，苏瑶在角门处藏了一把钥匙，方便陈生夜间前来。久而久之，邻里间有人隐隐察觉，但苏瑶的父母忙于生计，并未发觉女儿的恋情。
一日清晨，苏瑶的母亲准备叫女儿起床帮忙做家务，却发现女儿房间的门紧闭，叫了许久都无人应答。心中涌起不祥预感，用力推开门，只见苏瑶倒在地上，鲜血染红了衣衫，早已没了气息。
苏瑶的邻居张二，平日里就对陈生和苏瑶的交往颇有微词，此刻便对苏瑶的父母说：“你们家女儿和那穷书生陈生偷偷来往好久了，这肯定是陈生干的好事！说不定是他想强占苏瑶，苏瑶不从，就被他杀害了。”苏瑶的父母悲痛欲绝，听了张二的话，深信不疑，立刻到县衙状告陈生。
在状纸上，苏瑶的父亲写道：“恶徒陈生，垂涎小女美色，趁夜潜入闺房。小女抗拒，竟被其残忍杀害，还抢走了家中的些许积蓄。邻里皆知他与小女私会之事，恳请大人为小女做主，严惩凶手。”
上元县令接到状纸后，马上提审了原告、被告和证人。邻里们都证实了陈生和苏瑶私下幽会的事情。陈生被押到堂上，得知苏瑶的死讯，悲痛万分，泪流满面。
他哭诉自己与苏瑶真心相爱，幽会是因为害怕苏家嫌弃自己贫穷，拒绝这门亲事，所以打算等自己考取功名后再正式提亲。他坚称自己对苏瑶情深意重，绝不可能杀害她。
苏瑶的父亲却咬定，除了陈生，没有人会在夜里进入女儿的房间，肯定是两人发生了争执，陈生一时冲动下了杀手。他恳请县令对陈生用刑，让他招供。
县令问陈生，幽会时是否看到有其他人在附近。陈生回忆说，最近这段时间，每晚都有一个卖货郎在巷子里叫卖到很晚。
县令听后，脸色一沉，厉声说道：“陈生，你就是凶手，苏瑶就是被你所杀！来人，先将他押入大牢。”退堂后，县令叫来捕快刘猛和周强，询问卖货郎的住处，得知他住在城外的破庙中。
县令对两人悄悄吩咐一番，让他们依计行事。当天夜里，卖货郎像往常一样，挑着担子在巷子里叫卖。约摸三更时分，准备返回破庙。当他路过一座废弃的院子时，突然听到院子里传来阵阵女子的哭声，声音凄惨哀怨，仿佛在诉说着冤屈。
卖货郎心中一惊，停下脚步。这时，哭声越来越大，还夹杂着一个女子的声音：“王麻子（卖货郎名字），王麻子，你为何杀我？还抢我钱财，阎王派我来取你性命。你今日必须给我个说法，否则我定要让你不得好死。”
王麻子却故作镇定，大声呵斥道：“哪里来的孤魂野鬼，少在这儿吓唬我！”说完，捡起一块石头朝院子里扔去，便继续赶路。
第二天夜里，卖货郎又经过那里，同样的哭声再次响起，而且比前一晚更加凄厉。突然，从院子里飞出一个“女鬼”，披头散发，在空中飘荡。王麻子吓得转身就跑，却被地上的绳子绊倒。这时，两个身影从暗处冲出来，将他死死按住。
王麻子这才看清，原来是两个捕快。第二天，县令升堂审问王麻子。一开始，王麻子还百般抵赖，拒不承认。但在严刑拷打之下，终于交代了罪行。
原来，那天夜里，陈生因家中有事，没能赴约。王麻子叫卖到苏瑶家附近时，发现角门半掩，心中起了贪念，便悄悄潜入。他看到苏瑶房间亮着灯，进去后见苏瑶美貌动人，便欲行不轨。苏瑶奋力反抗，大声呼救，王麻子害怕被人发现，慌乱之中拿起桌上的剪刀，刺向了苏瑶。随后，抢走了她的钱财，匆匆逃离。
案情真相大白，按照大清律法，王麻子被判处死刑。陈生虽然无罪，但他与未婚女子私会，有违礼教。县令问陈生，苏瑶为他而死，他若愿意为苏瑶守孝三年，并为她立碑祭奠，就不再追究他私会的过错。陈生含泪答应，并发誓此生铭记苏瑶。
几年后，陈生刻苦攻读，参加科举，考中了进士。他始终遵守承诺，为苏瑶守孝三年，并且在府中为她设了牌位，终身怀念。
至此，这起发生在康熙年间的古巷奇冤，终于落下帷幕。
