GeneiousPrime2021分子生物学和NGS分析工具软件包

卡贝弗兰克 2021-10-10 17:01:29

概述

Geneious是一套功能强大的分子生物学和NGS分析工具软件包,业界领先的跨平台的生物信息学软件,支持Windows,Linux和Mac平台。

Geneious结合了所有主要的生物信息学分析工具。

序列比对和序列观看

Motif搜索和开放读码框(ORF)

进化树建设UPGMA,NJ bootstrapping和consensus trees

Contig assembly和色谱编辑

限制性内切酶分析

PCR引物设计

蛋白质结构的观看

整合数据库-集成检索与GenBank,PubMed,BLAST和UniProt

通过互联网协作和共享数据

生物信息教学-创建教程与直接联系的材料

公共API开发,由社区开发的生物信息学的免费插件

各种标准的生物信息学等应用工具ClustalW,MrBayes,EMBOSS,PAUP和Mauve

优势

使用直观、用户友好的界面进行无痛分析

只需导入和转换大量数据类型

跨平台:Mac、Windows、Linux

适合您的用户和预算周期的许可选项

对技术问题、设置和培训的全面支持

使用您自己的算法、插件或工作流程进行自定义

提高流程效率并改善数据组织

具有良好的 API 以链接 LIMS 和其他工具的高互操作性

分析和注释

自动注释新的基因组。 使用强大的 SNP 检测工具在筛选测序错误的同时查找变异。

Geneious 于 2005 年首次发布,是世界领先的生物信息学软件平台,被 100 多个国家的 3,000 多所大学、研究所和公司使用。 Geneious 被全球所有排名前 20 的大学(泰晤士高等教育,2016 年)和 20 家最大的制药公司中的 16 家使用。

NGS 分析和基因组学

使用包括 TopHat 和 Velvet 在内的行业领先算法,对 Illumina、PacBio 或 Ion Torrent 读数(任意长度、配对末端、条形码)进行从头组装或参考映射。

数据综合分析,包括基因组浏览器、重叠群可视化、SNP 调用和 RNA-Seq 表达分析。

`

序列和色谱分析

修剪、组装和查看 Sanger 测序跟踪文件,纠正碱基检出并创建一致序列。 基因预测、基序、翻译和变异调用的自动注释。

使用自动梯形图拟合和峰值调用进行基因型微卫星跟踪,并生成等位基因表。

对齐和树构建

使用可信算法(包括 MAFFT 和 ClustalW)执行 DNA 或蛋白质的成对和多重比对。 通过实时翻译和突出显示查看和编辑路线。

使用同行评审的算法(包括 RAxML 和 PAUP*)构建系统发育树,并调整可发布图形的显示设置。

分子克隆

查看质粒图谱、自动注释载体和带有注释的复制粘贴序列。 查找限制性位点、消化、连接和执行 Golden Gate、Gibson 和 Gateway 克隆。

设计引物、查找 CRISPR 位点并优化密码子。 在整个克隆过程中跟踪历史和父代后代谱系。

搜索、共享和自动化

针对 NCBI 批量 BLAST 并直接搜索 GenBank。 通过无缝集成的共享存储库集中和协作处理数据。 导入和导出大多数行业标准文件格式。

设置自动化工作流程以提高效率、控制业务流程并减少研究中的人为错误。

0 阅读:7
卡贝弗兰克

卡贝弗兰克

自由自在 我是一只鱼。