芽孢杆菌抑制有害菌生长：芽孢杆菌在生长繁殖过程中，会与有害菌竞争营养物质和生存空间，从而抑制有害菌的生长。例如，枯草芽孢杆菌可以产生多种抗菌物质，对一些常见的水产致病菌如弧菌等有抑制作用。分解有机物：能够分泌蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶等多种酶类，将水体中的残饵、粪便等大分子有机物质分解为小分子有机物，便于水体中的有益微生物吸收利用，降低水体富营养化程度，减少有害菌滋生的温床。调节水体 pH 值：芽孢杆菌在代谢过程中会产生碱性物质，有助于提高水体的 pH 值，改善水体酸碱度，使水体环境更适合有益微生物的生存，同时抑制部分有害菌在酸性或偏碱性环境下的生长。
光合细菌净化水质：光合细菌能利用水体中的氨氮、硝酸盐、亚硝酸盐等作为营养源进行光合作用，合成自身生长繁殖所需的物质，并释放氧气，从而降低水体中有害物质的含量，增加水体溶氧量，改善水质。如沼泽红假单胞菌属的光合细菌在水产养殖中应用广泛，可有效去除水中的有机物和 NH4+-N，稳定水体 pH 值。促进有益藻类生长：光合细菌在生长过程中会释放出一些生物活性物质，如维生素、氨基酸等，这些物质可以为硅藻、绿藻等有益藻类提供营养，促进其生长繁殖，增加水体中有益藻类的比例，进而抑制蓝藻等杂藻的生长，优化水体藻相结构，间接影响水体菌群平衡。增强水体稳定性：通过光合作用和对营养物质的转化，光合细菌有助于维持水体生态系统的稳定，为其他微生物创造一个相对稳定的生存环境，减少因环境因素波动导致的菌群失衡。
乳酸菌调节肠道菌群平衡：乳酸菌是一类能利用可发酵碳水化合物产生大量乳酸的细菌，其产生的乳酸可以降低肠道 pH 值，抑制肠道内不耐酸厌氧病原菌的繁殖，维持肠道微生态平衡。在水产动物体内，乳酸菌定植于肠道后，可以与有害菌竞争营养物质和附着位点，从而减少有害菌在肠道内的定植数量。增强机体免疫力：乳酸菌可以刺激水产动物的免疫系统，提高机体的免疫能力。例如，一些乳酸菌能够激活水产动物的巨噬细胞和淋巴细胞，增强其吞噬和杀菌功能，使水产动物对病原体具有更强的抵抗力。改善水质：乳酸菌在生长过程中会消耗水体中的有机物，降低水体中的化学需氧量（COD）和生物需氧量（BOD），同时其代谢产物也有助于改善水体的生态环境，减少有害气体的产生和积累。酵母菌促进营养物质消化吸收：酵母菌富含蛋白质和多种 B 族维生素，其细胞壁中含有大量的β-葡聚糖等多糖成分，这些成分可以刺激水产动物的免疫系统，提高机体的免疫力。此外，酵母菌还可以分泌多种酶类，如淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶等，帮助水产动物更好地消化和吸收饲料中的营养成分，促进水产动物的生长发育。
抑制病原菌繁殖：酵母菌在生长过程中会与病原菌竞争营养物质和生存空间，从而抑制病原菌的生长繁殖。同时，酵母菌还可以产生一些抗菌物质，如肽类、有机酸等，对一些常见的水产致病菌如弧菌、气单胞菌等有抑制作用。改善水体环境：酵母菌在有氧和无氧条件下都能生长繁殖，在有氧条件下可以将糖分解成二氧化碳和水，在缺氧条件下则可以通过发酵将糖类转化成为二氧化碳和乙醇。这种特性使得酵母菌在不同的水体环境中都能发挥作用，消耗水体中的有机物，降低水体中的有害物质含量，改善水体环境质量。
