那是在2099年，一次人与机器人的战争中，有战车准备就绪，有战斗机冲天，有和尚施展魔法，有士兵穿上盔甲，有黑雾弥漫，有机械被截断。一场战争即将开始，但在这场战争中，人类的身体却是不堪一击。人们被杀戮，被狩猎，然后被植入马达，连接到一块又一块的电池组里，为机器人们供应着无穷无尽的生化电能。
新纪元开启，地面上只能看到诡异的机械在移动，地下只能看到森然的骸骨。幸存者被插入管道，与电信号连接，沉浸在由密码组成的虚拟空间中，直到有人知道了真实的情况，脱离了密码，潜入地下，建造了一个名为锡安的城镇，与机械军团对抗。所以尼奥才会说出这样的话。
世人皆称他为拯救者，可他的力量却只有在母体中才能发挥作用，回归真实后，也就和凡人无异了。此时地面上已经汇聚了数以十万计的机械章鱼，正在朝着锡安城的方向，不断的挖掘。锡安失守只是早晚的事，该如何是好？请预言家？这位预言家是一座繁华的城市，尼奥开门的时候，就见到了一个身上散发着金光的男子。是的这人正是常宽。
常宽一抱拳，而后以迅雷不及掩耳之势出手，一击之下，双方势均力敌，这黄金密码的威力，简直骇人听闻。常宽作为预言家的贴身护卫，在确定了肖恩的真实身份之后，常宽就将尼奥送到预言家面前。预言家看起来很正常。但他并非真人，只是母体中的计算机程式而已。预言家说，虽然我是一个程式，但是我和母体没有任何关系。
这个母体有了新的，每次升级都要删除许多的旧的，重新装上许多的新的。他们不愿意被删掉，所以才会有这样的变态。玩过不良程序的人，都会明白，这些不良程序，会不停地向你索要权限，然后把你当个全家福，对你的系统造成很大的干扰。
而矩阵当然不会允许这样的事情发生，所以他们会派计算机管理员来猎捕那些无赖，这时候他们就会拼命地改变自己的形状，有的时候，他们会把自己弄得像个怪物一样。为了挽救锡安城，尼奥必须依靠一款名为“开锁者”的无赖程序，这款程序拥有一把可以进入到这个系统的中心，也就是所有事情的开始。
尼奥一转身，就见史密斯气势汹汹地朝这边跑过来，刚才被尼奥杀死的那个人，现在又活了过来，成百上千，成百上千，一副要打架的样子。《黑客帝国》充分地体现了两种不同的文化，一种超越了“至善至美”的美学，一种在两种文化之间的矛盾，一种是不可避免地会引发一场核战争，毁灭了地球的生态。
沉溺于技术，它可以全方位地控制社会中的下层人群，甚至可以在梦境中进行干涉。它被认为是新的神权控制，但它却是一种被终极统治利用的工具。它不能利用技术来保持并提高人们的生活质量，更不能利用技术来完全地消除精英统治阶级与普通工人之间的隔阂。
在剧中，一切的心理交流都需要“自欺”和大脑的帮助，这一切都是建立在非人、非人的基础上的。这是一部惊悚电影，也是一部负面的电影，给人们敲响了警钟。但有一点是可以确定的，那就是被西方人所统治的人类，将会在不久的将来，走到尽头。
