公元前362年，秦国新一轮政权交接完毕，秦孝公取代了秦献公，成了秦国的新一任君主。事实上，秦孝公和卫鞅也有一些关系，秦孝公的父皇秦献公，在带兵打仗的过程中，中了公叔痤的毒箭，所以，秦孝公对公叔痤也是恨之入骨。秦孝公登基后，便将斩杀公叔痤作为自己的一个目标。秦献公暴毙，秦孝公仓促登基，新君初定，天下猜忌，秦孝公手头人手不足的时候，卫鞅就到了秦国。卫鞅到达秦国后，恰逢秦孝公发出《求贤令》，以求强盛，他见秦孝公在《求贤令》中提及“六国卑秦”，欲分裂秦国，不禁感慨秦国新任君主不畏屈辱，立志要富强，于是他就支持秦孝公，实行改革，使之成为一个强大的国家。
不过，卫鞅也想看看秦孝公改革的意愿，所以他用了三次会面的方式，来确定秦孝公是否已经下定决心。况且三番考验后，秦孝公已看出卫鞅的本事，他所欠缺的，恰恰就是秦国所缺少的，也就是改革的人才。至此，秦孝公和卫鞅的关系，已没有了隔阂，君臣彼此信赖，齐心协力，拟定了秦国的改革纲领，并一一付诸实践。而在军队方面，卫鞅则推出了军功封赏制度，将秦国将士的军功与封赏相结合，有了军功封赏，有了军衔，就有了未来，使得秦国将士，都以斩杀敌军为荣耀，以立下功勋为荣耀，使秦国的军力大增。在法治方面，卫鞅也是一样的严厉，他的法令非常严厉，使得秦国的社会风气，百姓和官员的管理，都有了很大的改善。
不过，这种做法，也让卫鞅遭到了强烈的抨击，其中以甘龙和杜挚为首的几位老臣，对此表示强烈的不满。再加上秦惠文王嬴驷和秦国将军嬴虔一起，攻击卫鞅，就是为了报仇。但是，由于卫鞅的革新，秦国逐渐壮大起来，之后，由卫鞅统领的秦国新组建的军队击败了魏，夺回了河西的土地，秦孝公为了表彰卫鞅的功绩，便赏赐了他一块领地和爵位。卫鞅因其封地位于商县，故有“商君”之称，故史称商鞅。商县的人，都以自己是他的臣子为荣，他在自己的领地上，也是赫赫有名的人物。在秦惠文王要杀商鞅的时候，商鞅封地也有不少人冒着生命危险去救他。
秦惠文王嬴驷在秦孝公去世之后继承了王位。秦孝公临终时，任命卫鞅做他的幕僚，协助嬴驷推行改革。只不过，赢驷这个人很是桀骜不驯，对于商鞅这种老部下，他最是痛恨。而且，他也有过一次，险些被商鞅的律法所责罚，也多亏了他的叔父赢谦，这才让他逃过了一劫。不过也正是因为这点，赢驷才会对商鞅怀有深深的怨念，登基后第一个念头，便是把他除去。像秦惠文王嬴驷等人，他们都是一代枭雄，都想要让自己的国度越来越强，在他们看来，像商鞅这种德高望重的人物，才是他们最需要仰仗的。但到了公元前338年，嬴驷登基，当上了秦惠文王之后，他就开始和公子虔合作，想要铲除商鞅。在史书上，关于商鞅之死的确切原因，有很多不同的说法，不过，最有可能的，还是出自《史记》一书的司马迁之口。司马迁觉得，在治国和改革方面，商鞅是一个难得的天才，他的名声，可以让法律的执行更加高效。商鞅之所以会被嬴驷记恨上，就是因为他的威信，让秦国的君主都对他忌惮三分，换句话说，他的功劳比自己的君主还要大。商鞅是一个正直的人，正如后来秦国的丞相对应侯范雎所说的那样，他是一个一心一意的人，但是站在皇帝的立场上，是绝对不会容忍这种人。再说得更深入些，若要凭嬴驷的心意来治理国家，不仅要除掉商鞅，更要除掉旧的氏族。
事实上自秦孝公起，由于新法令的不断推行，秦国内旧氏族虽已消失殆尽，但仍有重新崛起的机会，因此杀了商鞅，则是把旧的家族清除干净的一个好办法。因为如果商鞅一死，秦国改革的大旗便会摇摇欲坠，同时也会暴露出旧有世家的痕迹，这对赢驷来说，可谓一举两得，因此他才会不惜一切代价下手。面对赢驷的威胁，他在自己的领地上组织了一支军队，想要保护自己，可是因为准备不足，最终失败了。公元前338年，商鞅被带到咸阳，赢氏命人将他以叛国的罪名处决，这位商君，就这样惨遭毒手，尸骨无存。商君虽已过世，但对他对秦国改革的努力，却得到了赢驷的肯定，于是秦国不断推行着新的改革，最后造就了一个能与其他国家分庭抗礼的秦国。
