公元403年十二月，东晋权臣桓玄在清洗了东晋宗室实权派与北府老将之后，终于篡晋自立，建立了所谓“楚朝”，史称桓楚。然而桓楚在建康才建立了两个多月，就被北府军官刘裕率领义军给打跑了。桓玄的逃亡船队一路逃到了江州的寻阳。自寻阳以西，就是桓氏的势力范围了。桓玄在这里得到了足够的兵力与物资补充，又布置了龙骧将军何澹之、前将军郭铨与江州刺史郭昶之共守湓口（今江西九江湓水入长江处），以抵挡北府追兵。然后桓玄便带上被囚禁的晋安帝司马德宗，准备返回江陵老窝。
至此，桓玄才终于不再恐惧焦虑了。东晋近百年来，荆扬两州对峙已经是常态，而且由于荆州的上游优势，每次对峙都是荆州占上风，所以即使丢了扬州，桓玄也没啥好懊恼的，优势在我，北府能奈我何？
接下来，在回江陵的路上，桓玄将所有的精力都放在了为自己撰写《起居注》上。所谓《起居注》，就是中国古代帝王的言行录，魏晋时一般由秘书监的著作郎负责记录编修，皇帝无权过问干预，更别说亲自操刀了。而且《起居注》一般都不外传，仅作为撰修国史的基本材料之一。但桓玄就是不走寻常路，就把咱大楚国史当成自己的日记写，而且偏偏就要外传，而且还要广而告之，宣示远近，让官民百姓们都好好欣赏好好学习。
原来，在桓玄亲自撰写的《起居注》小作文中，他讨伐刘裕的所有军事决策全都是英明神武、算无遗策的，最后之所以失败逃跑，是因为诸将不听指挥不听调度哇！
桓玄此举，实在是因为他的大楚败的太快太丢人，他只能违反传统出此奇招，而在宣传舆论上扳回一城，否则只怕大楚的人心马上就要散了。
当然，君子可欺之以方，难罔以非其道，桓玄这套自欺欺人的把戏其实也骗不了多少人，更多只是自我安慰罢了。况且，历史是由胜利者书写的，他一个失败者，还妄想着编造历史？然而，好面子的桓玄却对此乐此不疲，每天都醉心创作之中，以至于都没工夫跟部下讨论接下来该怎么办了。
一个月后，四月初三，桓玄终于回到了老窝江陵。留守江陵的堂兄荆州刺史、武陵王桓石康前往迎接，并为他临时置办了朝廷所需的排场。桓玄重新任命了朝廷百官，以谋主卞范之为尚书仆射，负责桓楚的日常政务。但桓玄还是担心败逃以来有官员对自己不服，于是提出更多的严刑峻法来立威，臣下更加离心离德。
下属各州郡得知桓玄已回到江陵，纷纷上疏问安表示关心，桓玄看了却大为恼怒，将上奏的表章统统打回让他们重写，必须写成恭贺大楚迁都江陵，其他不吉利的话，一个字都不许提！
于是，在桓玄的引领下，楚朝各地展开了一系列歌功颂德、粉饰太平的庆祝活动，妄图用这种奇特的精神胜利法，打败刘裕的追兵。
此时晋军追兵先锋何无忌、刘道规已率部抵达桑落洲（寻阳东面长江江面上一个小岛，位于今安徽宿松县一带），兵锋直指寻阳。桓楚的湓口大将何澹之坐不住了，他决定主动出击，凭借上游优势打败晋军，为桓楚王朝扳回一局！
四月二十三日，桑落洲之战爆发。
何澹之也是一位老将了，他出身北府，曾经做过王恭的参军，后因与刘牢之有隙而投降桓玄。他的计划颇为谋略，将军队分为两支，一支佯攻，一支主攻。他负责指挥主攻舰队，却将自己“花枝招展”的旗舰（羽仪旗帜甚盛）布置在佯攻舰队里，以迷惑晋军。
然而，晋军大将何无忌也是一位老将，他一下子就看出了何澹之的计谋，不由笑道：“贼帅必不居此（舰），欲诈我耳，宜亟攻之。”
诸将不解：“澹之不在其中，得之无益啊。”
何无忌回答：“今众寡不敌，战无全胜，澹之既不居此舫，战士必弱，我以劲兵攻之，必得之，得之，则彼势沮而我气倍，因而薄（迫）之，破贼必矣。”
刘毅、刘道规也都是老江湖，一听就知道何无忌这招靠谱，于是晋军全力攻击何澹之的佯攻部队，俘获了敌方的旗舰，然后让士兵们高呼传言：“已得何澹之矣！”这一下楚军主帅被擒的消息很快传遍了整个战场，晋军士气大振而楚军大惊扰乱，晋军趁机猛攻，楚军大败。
何澹之聪明反被聪明误，老脸丢到了姥姥家，当下也无颜、无力再守寻阳，于是逃回江陵。何澹之手下将领胡藩却不肯逃，独力苦战，直到战船被晋军以火攻烧毁，胡藩不想被俘，竟然穿着全套盔甲跳入水中，然后在江底潜行了三十多步，从另一个方向偷偷登岸，欲逃回江陵，道路已被晋军封锁，只得跑回老家豫章（今江西省南昌市）躲起来。后来，刘裕听说胡藩是个忠义之士，而且智勇双全，肺活量很好，于是派人到豫章殷勤相邀，召胡藩为员外散骑侍郎、参领军军事。员外散骑侍郎位居五品，通常是名公权贵子弟的起家之官（注1），且居同品之郡国守相内史之前，胡藩一南方低级士族，能得此荣誉职务说明刘裕真的喜欢他；另外刘裕当时为领军将军，胡藩参领军军事，其实就是做了刘裕军府的参军，他后来跟随刘裕参加了东晋一系列北伐战争，立下不少功勋。
桑落洲之战后，晋军又攻占寻阳，克复江州，朝廷宣布加刘裕都督江州诸军事，以刘敬宣为江州刺史。然后诸军继续西进讨伐桓玄。而桓玄经过这一个月的时间，又在荆州征集了两万多士兵，二百多艘舟舰，而且器械精良，楼船甚是雄伟。桓玄没想到自己的实力居然还如此强大，不由信心大增，于是挟持晋安帝司马德宗一家再次浮江东下，欲荡平东方叛贼。
桓玄大军的先锋主将，乃前秦苻坚昔日的太子苻宏。二十年前前秦灭亡后，苻宏便逃到东晋寓居，但手底下仍有一支战斗力很强的氐族亲卫队，遂被桓玄重用，任为梁州刺史，给楚军打头阵。
由于桓玄这次很有信心，生怕自己胜利来得太快而错过了招降刘裕的机会，于是遣一使者至晋军中给何无忌等人传话：“若能旋军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。”
对于这种梦话，晋军诸将自然不会理会，于是继续东进，404年五月十七日与楚军相遇于峥嵘洲（也是长江中一沙洲，位于今湖北黄冈市西北）。
此时，晋军人数总共不到一万，而桓玄从江陵而来一路又收集部队，如今已有数万之众，鉴于敌军兵力超过了预估，晋军诸将都认为应该先退守寻阳，等待援兵再战。只有刘道规表示反对：“不可！彼众我寡，强弱异势，今若畏懦不进，必为所乘，虽至寻阳，岂能自固！（桓）玄虽窃名雄豪，内实恇怯；加之已经奔败，众无固心。决机两阵，将雄者克，不在众也。”
说完，刘道规就率领自己的部众，径直向桓玄舰队发起了进攻。刘毅等急忙跟随在后，一同展开了进攻。此时桓玄舰队占据上游优势，然而神奇的东风再次大作，晋军遂模仿周瑜的火攻战术，顺风投掷燃烧物，桓玄舰队纷纷起火，秩序大乱，晋军各军则尽锐争先，楚军大溃。
刘道规判断的没错，桓玄虽然看起来好像很有自信的样子，但“内实恇怯”，他每次打仗，都在自己的楼船旗舰边上栓一条轻快的小艇，里面装满了他心爱的字画，准备一旦战事不利，就带着这些宝贝逃跑——这都是世界的眼泪，这都是遥远的哭声啊，远比一时的成败与眼前的大火重要。皇帝做如此想法，楚军诸军自然也不会有斗心，前将军郭铨见势不妙，立刻倒戈投降。桓玄听闻一拍大腿，亦学着曹操提前烧毁辎重以免资敌，然后与殷仲文等亲信挟持着晋安帝登上轻舟，转舵朝江陵夜遁而去。自桓楚“迁都”以来，桓玄到哪儿都要带着司马德宗，这大概就跟绑匪一定要带着肉票人质逃跑一样，万一被警察包围了，还可以用人质来换自己一条命。
峥嵘洲之败，是一次没有任何理由的完败，所有楚朝官员都意识到，桓楚这艘大船要沉了，就连他的主人都要放弃它，其他人又何必死守陪葬呢？桓玄的心腹殷仲文是一位著名的文人，也是一位疯狂的官迷和财迷，当初桓玄起兵反抗朝廷，殷仲文因是桓玄的姐夫，被牵连降职为新安太守；后来桓玄成功执掌朝政，殷仲文便立刻前去投靠，而用自己的出色文采，给桓玄吹牛拍马，总算做到了侍中、左卫将军、徐兖二州刺史的高官，并利用职权大肆贪污受贿，家累千金，还常嫌不足。桓玄“迁都”江陵时，殷仲文随同桓玄西逃，他的金银财宝全被他埋在了地下，这叫一个可惜！所以既然桓玄快要完蛋了，殷仲文就想回归晋朝继续做官，何况自己的金银财宝还在建康地下埋着呢！
于是，在逃往江陵的路上，殷仲文主动向桓玄请缨，说您是领导您先走，我去收集散卒为您殿后，桓玄非常感动，立刻给了姐夫殷仲文一艘船，让他见机行事。没想到殷仲文没有跑去断后，反而跑去挖了桓玄的墙角。
原来，桓玄这次带着晋安帝一家东征，把晋朝的两位皇后留在了巴陵（今湖南岳阳），一位是晋安帝皇后、二十岁的名门才女王神爱（王献之之女），另一位是晋穆帝（晋安帝族兄）皇后、六十六岁的何法倪。如今兵凶战危的，二后也没人管，殷仲文就跑到巴陵，奉迎二后回建康，作为自己的立功表现，重新回归朝廷（最后居然是殷仲文成功用肉票换了自己的命）。
刘裕对于这位见风使舵的士族子弟没有什么好感，但听说此人文章写得还不错，可以为自己军府的文书增添些华彩，于是宽宏大量既往不咎，以其为镇军长史，也就是刘裕镇军将军（此时刘裕又从领军将军进位为镇军将军）府的长史，算是相当重用了，但殷仲文对于在刘裕这位不通文艺的兵哥手下做事非常不爽（注2），没多久就要求换工作转为大司马咨议、尚书，这也都是朝廷的三品大员，但仍然没有满足殷仲文的官瘾（自谓必当朝政），再加上他从前埋藏在建康的金银财宝都不见了（皆变为土），故“常怏怏不得志”而口出怨言，刘裕一恼火便将他贬官为五品东阳太守（今浙江金华一带）。殷仲文心中更觉不平，常有谋反之意（注3）。桓温之弟桓冲一生忠于晋室，又在淝水之战立了大功，所以他的孙子桓胤虽然做了桓楚的吏部尚书，但桓玄被灭后，朝廷念在桓冲的贡献，特意留了桓胤一命，只将他流放到新安郡（今浙江新安江）；殷仲文一看这不挺近的么，于是拥立桓胤作为桓玄嗣子谋反。恰逢刘裕即将北伐南燕，为免后患，就将这伙乱党全给灭族了。陈郡殷氏中的南蛮校尉殷叔文（殷仲文之弟），晋陵太守殷道叔都在这次事变中被杀，东晋著名的高级士族陈郡殷氏自此一蹶不振。当然，这些都是后事了。
五月二十三日，桓玄逃回了江陵，听闻号称要为自己殿后的姐夫殷仲文已经投降了晋朝，更生出众叛亲离之感。大楚朝恐怕要不保了，但是为了保住自己的性命以及那些价值无法估量的书画，桓玄决定继续逃跑。桓玄手下镇东将军冯该出身于雍州的流民帅（雍州京兆郡人），曾在淝水之战后击败前秦第四代皇帝苻丕与桓玄劲敌的雍州刺史杨佺期，是桓楚诸将中少有的悍将，他劝桓玄再集合兵力与晋军决一死战。但桓玄已完全没有再战的勇气，他决定向西坐船沿着汉水跑到汉中去，那里有他任命的梁州刺史桓希。凭借着巴山秦岭之险，东晋朝一时恐怕也奈何不了他。
第二天，五月二十四日深夜，桓玄准备停当，打算趁夜逃走，却不料走漏了风声，楚军听说皇帝要跑路，人心大乱，根本不听号令，逃跑的抢劫的杀人的放火的，总之一塌糊涂。桓玄只得带着亲近心腹一百多人骑马出城西逃，慌乱之中，就连一直以来，总被桓玄当作护身符的晋安帝司马德宗都没来得及带。
走到城门口时，这些亲信也乱了，有人趁着灯光昏暗偷偷拔刀要砍桓玄，可惜没砍中。混乱之下，大家也不知道叛徒是谁，于是在黑暗中自相残杀，尸体前后交横，扑通扑通掉落马下。桓玄顾不得那么多，拨马狂逃，好不容易逃到江边船上，身边已经只剩下儿子桓升、侄子桓濬、堂兄荆州刺史桓石康、尚书仆射卞范之、武卫将军庾赜之、屯骑校尉毛修之、弄臣丁先期和万盖等几个人了。
看到这种可怜可悲情况，桓玄又不敢跑去投靠梁州刺史桓希了。桓希这个人的家系史籍阙载，但应该与桓玄的血缘关系并不亲近。对于刚刚经历了太多众叛亲离的桓玄来说，桓希的实力与忠诚似乎都不太牢靠。而就在这时，屯骑校尉毛修之向桓玄提议，不如去蜀中找他叔叔益州刺史毛璩。毛璩我们前面就说过，当初桓玄篡晋，毛璩是第一个起兵反对的，动手比刘裕还早，此时去益州，岂不是自投罗网？
但毛修之作为毛璩的侄子，却能在桓楚的禁军中任职，甚至成为桓玄的亲近心腹，这说明（史书虽然没有记载但）毛璩的反楚显然只是一种姿态而非目的。也许，毛璩就跟东汉初年的凉州割据者隗嚣一样，是想借助表面上的反王莽、公孙述，实际上达成利于自己割据之目的。所以（史书虽然没有记载但）毛修之能够说动桓玄投蜀，用的应该就是唇亡齿寒的道理。从前毛璩反楚是为了割据，如今联合桓玄对抗刘裕一样也是为了割据。而且，毛璩曾经做过桓玄叔叔桓豁的参军，其父毛穆之则做过桓温的参军，并多次随其北伐，总之毛家两代为桓家故吏，他们颇有合作的基础。
另外，自桓温平蜀后，桓氏也曾在益州地区经营，其潜在影响犹不可低估，桓玄本来恐怕也有通过益州以图再起的方案，现在既然毛璩相邀，那么入蜀也不是不可。事后来看，毛璩的真正目的，并非要与桓玄联合，而是要换桓振上位并暗中支持他来对抗刘裕。那桓玄的人头，恐怕是毛璩换取晋朝高位、并拉拢桓振的筹码。
原来，桓振乃是桓玄叔叔桓豁的孙子，少时便勇武果锐，是桓家少有的悍将之才。但桓玄认为他“无行”且“凶横”，并未给予重用。桓振郁郁不得志，常叹曰：“公（桓玄）昔早不用我，遂致此败。若使公在，我为前锋，天下不足定。”而桓玄死后没多久，桓振就在华容浦（今湖北监利市北）起兵，偷袭江陵成功，并挟持了晋安帝，然后自封为镇西将军、荆州刺史。前面说了，毛璩曾经做过桓豁的参军，所以论交情，毛璩与桓振的关系肯定比桓玄更亲近些，而且桓振是毛璩的晚辈，其地位也不如桓玄那么高高在上，双方合作起来会更平等更顺畅一些。
补上了历史的这段缺页之后，桓玄的死期也就到了。五月二十六日，桓玄一行到达江陵以西约三十里的长江枚回洲时，迎面遇到了一支二百多人的船队。为首的是毛璩的参军费恬与毛璩弟弟梁州刺史毛璠的孙子毛祐之，不过他们不是来接桓玄的，而是因为梁州刺史毛璠去世，他们奉命送葬去南郡的州陵县（今湖北洪湖市东北），毛璩毛璠的祖父毛宝乃州陵县开国侯，所以毛家的祖坟在那里。
桓玄看到这支益州的船队很高兴，还以为是毛璩派来接应自己的。没想到这其实是一支送葬的队伍，不仅是给毛璠送葬，也是来给桓玄送葬。等到双方一接近，对面的船上就射来一阵箭雨，直扑船头的桓玄，桓玄的宠臣丁仙期、万盖赶紧冲上来用身体为桓玄挡箭，结果两人都被射成了刺猬，并中数十箭而死。桓玄体胖，两个人挡也挡不了全部，身上仍中了几箭，只是未伤及要害。桓玄五岁的小儿子桓升一向孝顺，他不顾箭如雨下，哭着冲上去为父亲拔箭，但一箭拔下，又中一箭。大楚皇帝桓玄可遭了老罪了，他瘫软着浑身颤抖，哀哀呻吟，血泪横流。
这么会儿功夫，二船已经靠近，益州督护冯迁带着人冲上了桓玄的船，抽刀就要砍桓玄。桓玄死到临头，再也没有了皇帝的风度，赶紧拔下头上的玉导（束头发的玉环）讨好地送给冯迁，其行为明明是低到尘埃里，语言上却仍然强势嚣张的很：“是何人邪？敢杀天子！”冯迁冷笑：“欲杀天子之贼耳。”说罢刀光一闪，桓玄披头散发的大脑袋已滚落在地。这位年仅三十六的父亲，就这样惨死在了他五岁的小儿子面前。
此时，距离桓玄独霸荆州，不过五年；距离桓玄起兵入京，不过两年，距离桓玄篡晋建立楚朝，不过半年；距离刘裕起兵反楚，不过八十七天。
这最后的门阀政权，注定短命；这最后的门阀皇帝，注定“为他人驱除耳”（《晋书·姚兴载纪》载流亡后秦之晋辅国将军袁虔之语）。从此，门阀贵族虽然在社会、经济、文化上仍有着很大的势力与很高的地位（注4），但实际已无法再主导南朝的军政大权，最多不过是替新朝奉玺绶（注5）的政治花瓶与门面点缀而已。他们有特权，有地位，但不再掌握政治话语权，彻底沦为皇权的附庸。所以正如田余庆《东晋门阀政治》所言，在门阀政治终场过程中所出现的桓玄政权，这只能视为门阀政治的回光返照。在此以后，刘裕的竞争对手已不再是门阀贵族，而是与他角逐的其他次等士族人物。门阀士族虽然还可能兴风浪于一时，形成政局的暂时反复，但是严格意义的门阀政治是确定不移的一去不复返了（注6）。
这一船人与桓玄一同被杀的，还有桓濬、桓石康、庾赜之等数人。桓玄的心腹卞范之与儿子桓升则被押回江陵处斩，临刑前，小桓升还在喊：“我是豫章王，诸君勿见杀。”怎么可能不杀呢？刽子手一刀下去，这个五岁小儿已倒在了血泊之中。可怜的娃，出生时父亲刚成荆州之主，死亡时父亲已成篡晋逆贼。什么豫章王，这就是你的送命符啊！
注1：《宋书·谢弘微传》：“晋世名家身有国封者，起家多拜员外散骑侍郎，弘微亦拜员外散骑。”又《宋书·谢灵运传》：“以国公例，除员外散骑侍郎。”另《陈书·蔡凝传》有“黄、散之职（黄门侍郎与散骑侍郎），故须人门兼美”之说。所谓“员外”意即正员以外的官员，《北堂书钞》卷五十八“员外散骑常侍”条引《晋诸公赞》：“于时，公族务在闲任，故置外位。”
注2：《资治通鉴·卷一百一十四》：“尚书殷仲文以朝廷音乐未备，言于刘裕，请治之。裕曰：‘今日不暇给，且性所不解（没时间，也不了解）。’仲文曰：‘好之自解（喜欢了就了解了）。’裕曰：‘正以解则好之，故不习耳（正因为了解了会沉迷，所以我才不听那玩意）。’”
注3：《晋书·殷仲文传》：“（殷仲文）行至富阳（孙策孙权老家），慨然叹曰：‘看此山川形势，当复出一伯符（孙策）。’”
注4：晋、宋之间士族自恃门地，越发排挤庶族寒门，二者似乎已成不可逾越的鸿沟。但唐长孺却认为士庶区别的严格化发生在此时，正因为士庶有混淆的危险，所以这里并不表示门阀势力的强大，相反的倒是由于他们感到所受的威胁日益严重，才以深沟高垒的办法来保护自己。田余庆则认为他们因生机已失而日趋虚弱，更无法再以凌驾于皇帝的赫赫权势来证明自己的存在，只好摆出傲慢、排他的姿态，以图显示其家族仍具有居官从政的特权和独特的社会地位。唯其如此，他们钻营富贵而又贱视富贵，依附王侯而又傲视王侯，才不能不矫揉造作，故作矜持以求存。参阅唐长孺：《南朝寒人的兴起》，见《魏晋南北朝史论丛续编》（三联书店，1959年）。及田余庆：《东晋门阀政治》，北京大学出版社，2012年，第312-314页。
注5：奉玺绶于桓玄者，乃王谧（王导之孙）、谢澹（谢安之孙）；奉玺绶于刘宋者，乃谢澹、刘宣范；奉玺绶于南齐者，乃褚渊、王僧虔；奉玺绶于南梁者，乃王亮、王智；奉玺绶于南陈者，乃王通、王瑒。十人全都出身高门甲族，其中更有六人出身琅琊王氏。
注6：田余庆：《东晋门阀政治》，北京大学出版社，2012年，第275-276页，第311页。田余庆提出的次等士族是以道教面貌出现的卢循，其实还有相比刘裕更为名士化一些的次等士族人物刘毅。
