电影《满江红》的故事背景发生在南宋绍兴年间，主要讲述了一封重要密信的丢失所引发的一场看似简单的血案，其中牵扯进了宰相秦桧和金国使者之间复杂的政治纷争。男主角张大表面是在寻找密信，实质上是在暗中部署刺杀秦桧的任务。最终，他与孙均共同完成了复仇大业，使岳飞将军书写的著名诗词《满江红》得以传承千年。

具体剧情如下：

1. 岳飞死后五年，秦桧带兵到边境与金人和谈。由于金廷大使半夜时被刺死，由易烊千玺饰演的亲兵营副统领孙均负责审讯，而小兵张大因为认识金廷大使用来装密信的皮囊，被孙均押往由雷佳音饰演的丞相秦桧处。

2. 秦桧假意授予令牌给张大让其自由出入办案。张大与孙均前往审讯当晚唯一进入过金廷大使房间的舞女们，由张译饰演的丞相府总管何立杀死一位由林博洋饰演的舞女柳燕后，由王佳怡饰演的舞女瑶琴说出线索，当晚的打更时间有问题。

3. 随后张大与孙均抓捕了由潘斌龙饰演的打更兵丁三旺。丁三旺说谎称是由郭京飞饰演的亲兵营总统领王彪指使，还称王彪给了他有金人火印的银子，同时也在王彪的房间搜出来同样的银子，王彪怒火中烧欲杀死丁三旺，却被孙均反杀。

4. 但张大发现银子上的金人火印是新烙的，随后张大借由岳云鹏饰演的丞相府副总管武义淳的背景骗出密信下落。

5. 在寻找密信的过程中，张大反被丁三旺挟持，孙均杀死了丁三旺。由魏翔饰演的金人传译官哈登欲返回金营，被张大所杀。随后他们被秦桧指使继续寻找密信。

6. 张大前往后厨与由余皑磊饰演的马车夫刘喜会面，原来他们是一伙的，刘喜携带真密信想前往借机杀死何立，并以花火为令。但刘喜供出花火，在看见花火后，随后赶来的张大、孙均和武义淳为了消除嫌疑依次捅死了刘喜，而孙均借机抽走了在何立桌子砚台下的真密信。

7. 随后张大、孙均和武义淳三人密谋，原来武义淳是圣上安插到秦桧身边的间谍，为了验证密信的真假，抓来舞女瑶琴辨识，她在阅读后却吞下密信。

8. 之后，武义淳将瑶琴藏匿于后院中，并把由飞凡饰演的舞女青梅伪装成瑶琴自杀，企图拖延时间来将瑶琴连夜带回京城。但却被何立以丞相手谕带走一同审问。张大表面是想劝瑶琴出来，实则在与她单独商量计谋，企图杀死秦桧。原来张大与瑶琴二人既是同伙又是夫妻。

9. 在丞相府处，被张大说服的武义淳将佩刀偷偷地给了瑶琴，但瑶琴刺杀失败。随后，张大、孙均和瑶琴被秦桧审讯，而武义淳被何立借故当场杀死。之后，孙均为了带罪立功请求审讯张大和瑶琴。

10. 孙均在行刑中意外发现了张大背后的刺青“精忠报国”。何立想得到密信内容以求自保，但却被瑶琴借机同归于尽。由欧豪饰演的新亲兵营总统领郑万奉命将张大与孙均关押了起来。

11. 在牢中，张大说服了孙均。随后，张大在墙壁上写下了那封密信的内容，企图诱杀前来的秦桧。但张大却被由许静雅饰演的聋哑侍女蓝玉阻挡，而后，孙均为了保护秦桧杀死了张大。原来孙均配合秦桧演戏诈出了这封信的内容。

12. 之后孙均被升任为丞相府总管，单独上楼会见秦桧。原来张大真的说服了孙均，但他因为没有把握并没有在牢中配合张大杀死秦桧。而张大一伙人的真正用意是想知道岳飞临死前的遗言，而遗言只有秦桧知道。在假借黑鸟引起的骚乱，趁乱杀死了蓝玉与另一位由蒋鹏宇饰演的聋哑侍女绿珠，并将秦桧押至众将士面前背诵岳飞的遗言，即诗词《满江红》，同时全军复诵。孙均与“秦桧”返回屋后，“秦桧”借孙均之刀自杀。