印尼新总统普拉博沃上任后不久，印尼与中国在南海的摩擦引起了国际关注。印尼海事局声称在“争议海域”驱逐了中国海警船，这一行动被外界解读为印尼新政府在南海问题上的强硬立场。然而，考虑到中印尼之间并无领土主权争议，双方在南海部分海域存在的是海洋权益主张的重叠，普拉博沃的这一行动可能更多是在展示其捍卫国家利益的决心。
普拉博沃在就职演讲中强调了印尼在粮食和能源上实现自主供给的重要性，并在履职期间的主要任务是保障这一目标的实现。在与中国的关系上，普拉博沃表示将延续佐科时期的对华政策，深化互利合作，加强在区域及国际事务上的协调。普拉博沃此前赢得印尼大选后，选择中国作为其首访国，显示了对中国的重视。
在南海问题上，中国外交部发言人林剑表示，中国海警船系依据国际法和国内法在中国管辖的海域开展例行的巡航，并愿意通过外交渠道与印尼加强沟通协商，妥善处理两国间的海上问题。这表明中国在处理与印尼的海上分歧时，倾向于通过和平方式解决争端，而非对抗。
印尼在纳土纳群岛附近海域的油气资源开发活动，以及中国海警船在该区域的巡航，反映了两国在专属经济区划分和资源开发上的分歧。尽管印尼方面采取了强硬的立场，但双方的官方表态显示，局势尚未彻底恶化，仍处于互相试探阶段。
普拉博沃的新政府在南海问题上的行动，可能是为了在国内外展示其捍卫国家利益的决心，同时也可能是为了在与中国的谈判中增加筹码。然而，中国并无意在南海与印尼发生冲突，也希望深化与印尼的合作。如果印尼坚持用错误的方式与中国交往，反而会让两国关系渐行渐远。中国对印尼的忠告和期望，以及普拉博沃在北京作出的承诺，都强调了双方应继续深化双边海上合作、在涉及彼此核心利益和重大关切的问题上相互理解支持。未来，中印尼关系的发展将取决于双方如何处理分歧，以及如何在共同利益的基础上推进合作。
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