我国航母的舰载机飞行员明确隶属于海军航空兵编制，是海军除了水面舰艇部队外的一大兵种。而这一编制安排，实际上是源于航母作为海军核心作战平台的属性，以及海军航空兵在海上作战中的专业化需求决定的。
不过我国早期并没有专门的舰载机飞行员，在开启辽宁舰改造的过程中因为需要培养舰载机飞行员，于是曾经一度从空军抽调尖子飞行员，比如驾驶苏27、歼11等与歼15舰载机机型类似的空军飞行员。
但是他们一旦进入航母编队，其人事关系和训练体系，以及作战指挥均划归海军管理，也就从空军转为了海军的身份。这种编制既体现了其任务的特殊性，也符合全球主流海军强国的管理惯例。
比如美国航母飞行员就归属海军，不过其也存在特例，有部分F35B飞行员是隶属于海军陆战队的。当然这和美国海军陆战队属于一大特殊兵种，同时与美国海军存在任务重叠，需要承担更大战役战术层面的任务有关。
其实就我军而言，航母舰载机飞行员隶属于海军航空兵编制，但却并不完全等同于海军航空兵。因为海航实际分为岸基与舰载两大分支。舰载机飞行员只是其核心力量之一，而且岸基航空兵和舰载航空兵在装备任务和训练方式上都存在显著的差异。
其中岸基航空兵是以陆上机场为依托的，在这一点上其更类似于空军。但是所执行的任务主要是海上巡逻保护领海领空以及海上交通线，对敌港口实施打击压制和反潜封锁支援舰队行动等。
其装备的机型也主要是侧重远程反潜巡逻机、轰炸机和侦察机等，具备长航时大载荷的机型。
而舰载航空兵自然是以航母为核心，配备的战机目前主要是歼15舰载战斗机和直18预警直升机等，当然随着我国空警600预警机和歼35舰载机的成熟，未来航母甲板上会有更多类型的舰载机。
不过不管是哪种机型，其任务也主要都是以夺取局部制空权和对海突击，以及舰队联合防空为主，相应的预警机也是为了更好支持战斗机满足这一任务需求设置的。
那么相比于岸基航空兵，空军与舰载航空兵的差别就更大了。
空军的核心任务是国土防空和战略轰炸，以及跨区域快速反应等。所以需要强调超视距空战和对地精确打击能力。其典型的战机代表就有注重隐身空优的歼20和实施战略轰炸威慑的轰6N等。
而这些战机依托陆地机场实施起降，无限考虑舰载航空兵的短距起降和高密度出动，同时其只是兼顾远海协同，所以也不需要像舰载航空兵一样，长期在高盐雾以及复杂气象条件下作战。
并且侧重于空战的空军往往更多配置的是霹雳系列空空导弹，而海军航空兵的歼15，则更多的是挂载鹰击83K等反舰导弹。所以不将舰载机飞行员划入空军管辖，是为了更好的适应海军体系化作战要求，以及避免跨军种协调导致的决策延迟。
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