朱能起家的时候就是燕山中护卫副千户，早年便在燕王朱棣麾下效力，随燕王朱棣征伐漠北，骁勇善战。
靖难之役中，他先后击败耿炳文、李景隆，又在灵璧俘虏平安等南军名将，收降十万南军，被授为奉天靖难推诚宣力武臣、特进荣禄大夫、右柱国、左军都督府左都督，封成国公，加太子太傅，他位列功臣第二，仅次于淇国公丘福。
朱棣当上皇帝后，安南曾出了问题，发生了内讧。安南向明朝皇帝求援，而发动政变的胡朝压根不把朝廷放在眼里。于是永乐四年（1406年）明成祖朱棣任命朱能为征夷将军，让他率西平侯沐晟、新城侯张辅征讨安南，并亲自到龙江饯行；同年十月行至龙州（在今广西），病逝于军中，时年三十七岁，追封东平王，谥武烈。
