1645年正月13日，李自成从潼关败回西安后，立刻决定放弃西安、关中平原，经蓝田、商洛撤往湖北、河南交界地区。

在撤离西安前，李自成下令打开府库，“（库藏财物）任军士分持去，仓廪则烧之”。李自成命权将军田见秀率部断后，并命令他在最后撤离时把无法带走的粮草积蓄、狼犺辎重全部烧毁，以免被清军得到。

但田见秀却自作主张，没有完全遵照李自成的将令，他没有命军士放火焚烧粮仓和堆放物资的府库，而“只烧东城一楼” ，他认为“秦人饥，留此米活百姓”，所以只烧掉了一座城楼应付交差。但他向李自成报告时却说将搬不走的粮草辎重焚毁一空。李自成回头看到西安城头火光冲天，浓烟蔽日，因此就信以为真。田见秀是好心办错事。他这种善意给大顺政权留下了不可挽回的祸害，因为清军进入西安后意外得到了大批粮食和器械，解决了粮饷难题，因而，他们在西安并未停止，而是马不停蹄地追击李自成。由此可见，看似小小的失误，往往也会造成无法挽回的败局。

李自成此次撤离关中所率领的只是大顺军主力以及大顺政权中央机构，总兵力大约十余万。彼时李过、高一功仍率部在陕北节节抵抗，与清军缠斗。当他们得知李自成已经率主力撤出西安，意识到自己孤军奋战很难抵挡如狼似虎的清军之攻击，于是主动撤退。他们召唤镇守甘肃的党守素部，然后合兵经汉中南下四川，旋即顺江东下，准备与退往湖北的李自成主力大军汇合。遗憾的是，直到李自成败死通城九宫山后，这大顺军的两大主力才汇合在一起。放弃关中是李自成及大顺高层的一次战略失误（应该死守关中并分兵攻掠湖广、四川，向南拓展），此后这个离开陕西老家的农民政权处境愈发艰难了。

自西安建立大顺朝到攻占北京，在短短几个月的时间内，大顺军推翻了立国276年的明王朝，所控制的区域也迅速扩大，整个华北地区几乎都被大顺占领。由于局势发展过于迅速，加上李自成身边没有萧何、张良、刘伯温、李善长、朱升那样的智囊人物，所以大顺政权对这些地区的控制并不稳固，几乎形同虚设，据记载，对于新占地区只是象征性地派一、两个官员前往管理，没有军队驻扎，且大多数州县仍沿用明朝降官进行治理，大顺政权几乎无法也无力节制他们。有些重要的州县虽有一些大顺军驻扎，但人数很少，镇守主力仍是明朝的降兵降将。尤其是李自成惨败于山海关后，很多地方的故明官绅纷纷据城反叛，捕杀大顺朝派来的官员，以作为向南明小朝廷或满清的“投名状”。

有的地方虽然集体背叛了李自成，但又在南明和满清间举棋不定，一时又找不到可以依靠的新主子，于是就割地称雄，独霸一方，或待价而沽， 谁开出的条件优厚就降附谁，俨然一个个独立小王国。

随着李自成军事连连失利，迅速由盛转衰，戍守各地的明朝降官降将纷纷背叛大顺政权，这种无法遏制的反叛给李自成造成了极大的困扰，也给大顺政权造成了极大的危害，之后就连李自成新顺朝领导集团核心成员也有不少人信心摇动，以至于弃他逃跑。

随着清军的大举推进和李自成大顺政权的大溃退，再加上清廷对归降自己的原明朝旧官员一律留用，大都委以原职，所以许多原本已经归顺李自成的明朝旧官员纷纷反叛大顺投降满清。譬如原明朝将军董学礼，原任宁夏花马池副将，兵败投降李自成后很受重用，命他为招降特使，沿运河南下，以招抚各地明朝官员归降大顺。

当他得知李自成兵败山海关从北京撤退回西北的消息，立马给自己换了新主子——投降清廷。他奉命写信给李自成任命的宁夏节度使陈之龙，劝这位和自己有旧交的明朝降官归降清廷。陈之龙接信后没有反应，因为他还看不清当时的天下大势发展趋势如何，但当清军气势汹汹捣入陕西境内后，他判断李自成大势已去，马上就率麾下大小官员投靠了清军。

当清军攻破潼关、逼近西安时，原明朝降官、降将纷纷背叛大顺，改投满清。比较出名的原明军大将白广恩、马科、郑嘉栋等都先后归顺了清廷。这些人投降李自成后都受到重用，但大难临头，审时度势，或曰良禽择木而栖，也顾不得那么多了。这种情况不仅严重削弱了大顺政权的力量，而且严重影响了大顺军的士气。

在李自成放弃西安南逃的过程中，原先迫于时势投降大顺的 明军将领几乎全部率部反叛，接二连三投降清军。就连归顺李自成后抗击明军最坚决的悍将牛成虎等也转投了清军。各地的明朝旧官员、缙绅反叛大顺的更为普遍，这使大顺政权防不胜防。比如归顺李自成后仍留守涿州的知州张锦和原明廷大学士冯铨等人在4月24日发动叛乱，将李自成派来的大顺官吏诛杀，旋即献城投降清军。

在山东德州，归顺大顺的原明御史卢世鹤和大学士谢升等也发动反叛，杀掉大顺军防御使闫杰，将一营大顺将士围杀殆尽，随后传檄山东各地，号召大家共同反击大顺政权。山东曹州、日照、青州等地的明朝旧官员纷纷反叛，他们诛杀大顺派来的官员，随后又归降清廷。

在这种“树倒猢狲散”的不利形势下，李自成的领导核心成员也人心摇动、躁动不安起来。据记载，当李自成率大顺主力撤离西安，经蓝田、商洛南逃时，他非常信任的吏政府尚书原明朝高官宋企郊预感到李自成前景晦暗，也趁机开溜。牛金星是李自成麾下的文官之首，任大顺丞相，但此刻面临大顺危难之机他的信心也开始动摇起来，在行军时也择机逃走，后来由于得到他儿子牛佺（通过科举考试当上了清朝官员）的庇护才得以善终。这样的例子还有很多。

众叛亲离，这种诡谲的情况不能不使李自成变得更加猜忌多疑起来，也是他不得不放弃老家陕西而南逃的重要原因，他如今不仅要对紧追不舍的清军作战，而且还要日夜防备自己的部下叛逃，甚至还要提防身边人的谋算，由此严重影响了他的判断力，由此也严重削弱了大顺政权的凝聚力和大顺军的战斗力。这也是李自成撤离北京又撤离关中后迅速走向失败的一个重要原因。