1959年的庐山会议之后，彭老总被罢免官职，此后他闲居在北京郊区的吴家花园，直到1965年，彭老总才重新复出工作，前往成都，担任了西南局“三线”建设委员会第三副主任。不过，1966年年底，彭老总就被红卫兵带回北京，受到了批斗。

说到这里，大家知道是谁向红卫兵下达“揪彭”指令的吗？此人就是戚本禹。时间大概是1966年12月中旬，戚本禹把阎长贵叫到自己的办公室，对阎长贵说：“‘海瑞’（指彭老总）还在西南担任三线建设副总指挥，表现不好，你把他揪回来。”

当时阎长贵也不可避免地投入到那场特殊的运动中，他执行了戚本禹的指令，前往阜内大街地质部机关，找了一个名叫朱成昭的人，朱成昭恰好脱不开身，他推荐了红卫兵五大头目之一的王大宾，此后王大宾便执行了戚本禹的“揪彭”指令，把彭老总从四川带回北京，使得彭老总身心受到极大的迫害。那么，作为下达“揪彭”指令的戚本禹，他后来过得怎么样？

新中国成立后，戚本禹主要在中央从事机要工作，后来担任了《红旗》杂志副总编辑以及中央办公厅秘书局副局长等职务。1966年，《五一六通知》的发布标志着那段特殊的时期正式开始，而戚本禹也参与了《五一六通知》的起草工作，也是在这之后，戚本禹逐渐登上了政治舞台，经常列席参加一些重要会议。

那段时期，戚本禹执行了很多江青的指示，迫害了很多革命干部，比如下达“揪彭”指令的就是戚本禹。戚本禹把这道指令下达给江青的秘书阎长贵，阎长贵又传达给北京地质学院的红卫兵。在这之后，彭老总被带回北京，身心受到极大迫害。

戚本禹也很快等来了恶果，1967年，七二零事件发生后，王力、关锋首先被隔离审查。当时名单中没有戚本禹的名字，中央本想再给戚本禹一次机会，让他反省，然而，戚本禹却知错不改，继续在错误的道路上越走越远。1968年1月，戚本禹也被隔离审查，同时，他也与王力、关锋一起被关入了秦城监狱。

值得一提的是，虽然王力、关锋、戚本禹一起被关入监狱，但是三人之中，只有戚本禹一人被起诉。主要原因就是戚本禹的罪行较重，而下达“揪彭”指令就是戚本禹的主要罪行之一。1980年，戚本禹被北京市公安局正式逮捕，1983年，经过北京市中级人民法院审判，戚本禹因反革命宣传煽动罪等罪行被判处有期徒刑18年，刑期自1968年被关押开始计算。

1986年，戚本禹刑满出狱，此后他进入上海图书馆收藏部成为一名图书管理员。上世纪九十年代初期，戚本禹退休。退休之后，戚本禹与妻子以及小儿子一家居住在上海浦东，而且戚本禹也没有闲着，他又到了一家公司担任顾问职务，继续活跃在社会上。

晚年的戚本禹爱好历史，尤其是明史，研究涉猎较深，他也经常读书写作，他除了继续钻研学问之外，也应邀讲学，发表自己的观点。戚本禹几乎每天都阅读大量的文章，尤其是爱看有关十年特殊时期的历史分析，每次遇到都会仔细阅读。2016年，戚本禹在上海因病去世，终年85岁。