《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)第一条规定,企业发生符合本通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的,当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时,向主管税务机关提交书面备案资料,证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的,一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》(国家税务总局公告2015年第76号)第十六条的规定,企业发现后,应当及时补办备案手续,并提交相应的留存备查资料。
《企业所得税税前扣除凭证管理办法》(国家税务总局公告2018年第28号)第七条规定,企业应将与税前扣除凭证相关的资料,包括合同协议、支出依据、付款凭证等留存备查,以证实税前扣除凭证的真实性。
根据上述规定,笔者认为:企业若未及时进行书面备案,并不自动丧失采用特殊性税务处理的权利,但一旦发现未备案情况,企业应迅速补办备案手续,并提交必要的留存备查资料。若未能及时补办并提供充分资料以证明其符合各类特殊性重组所规定的条件及业务的真实性,企业将不得按照特殊性重组业务进行税务处理。
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