1935年，他加入了中国共产党，并在村里建立了第一个党支部，担任支部书记。同时，他还兼任直南特委的地下联络站站长，联络站伪装成一家中药铺。到了1940年，他把中药铺改成了酒店，这样可以更广泛地接触社会，收集敌人的信息。他还利用酒店的优势，用酒换取敌人的子弹，然后把这些子弹积攒起来，交给豫北地委。仅仅一年多的时间，他家里的11亩地就只剩下了1.3亩。后来酒店经营不下去了，他就改开了馍店。一家人省吃俭用，把节省下来的粮食留给过往的同志食用。1942年，任县交通科长兼四区区委书记的他，冬天穿着毛蓝大袄，背着粪箩头；夏天则披着白棉布褂，手里总是提着一个柴草篮子。他手里常常拿着旱烟袋，白天穿梭于县里、区里和各个村庄，晚上则忙着开会布置工作。家里的接待和联络事务，全由他的妻子和女儿负责。在四区，他四处走访，了解民情，深入基层，帮助发展了张来成、周朝汉、周生文入党。又派韩子良这个共产党员打入敌人内部，搜集情报，保护革命同志。他带领敌工人员把标语贴在敌人的岗楼上，把传单发到四区的各个村庄和菏泽县的杨镇集一带。敌人称这一带是“异军突起”。那时，国民党地方武装郝子端在武胜桥一带骚扰残害群众，与八路军制造摩擦，不断出现流血事件。上级决定拔掉这颗钉子。但郝子端诡计多端。县委把侦察任务交给了孙自端。没过三天，他便把郝部的行踪搞得一清二楚，使八路军一举捣毁了郝的巢穴，郝子端束手就擒。1943年，孙自端被派到三区担任区委书记。三区是菏泽、曹县和东明三县的交界处，情况复杂，环境危险。他首先发展了进步青年王嵩峰、朱俊德、黄尚志等人入党，很快在三区形成了以共产党员为骨干的革命队伍。然后，他开辟了一条从龙山集到武胜桥，全长20多里的防线，让盘踞在城内的日本和伪军不敢到这一带抓人抢粮。1944年，日军和伪军驻扎在离孙自端家不远的西孙楼村。敌人四处搜捕他，导致他的家两次被搜查，一家人四处逃亡。由于抓不到孙自端本人，敌人就把他的九岁儿子孙书听和侄子孙书金抓走，对他们进行残酷的折磨，想以此逼迫孙自端现身。孩子们被关押了整整84天，但敌人最终还是没有达到目的。那一年，他被派到了鲁西南的交通部门工作，和部队一起，日日夜夜在危险的战场上穿梭，奋战在激烈的战斗中。敌人对他既恨又怕，咬牙切齿地想要抓住他。1947年4月1日夜晚，他悄悄回家查看是否有紧急的文件需要处理，却没想到被敌人盯上了。凌晨时分，敌方镇长刘显锡带着一群全副武装的士兵包围了东孙楼村，气势汹汹地喊道：“如果村里人不把孙自端交出来，就要把整个村子毁掉。”全村的男女老少都吓得心惊胆战。这时，孙自端从村北的城墙下走了出来，昂首挺胸地面对敌人，大声说道：“我就是孙自端，天大的事我一个人来承担，不要连累乡亲们。”镇长刘显锡先是对孙自端软磨硬泡，可孙自端没上当。见状，刘显锡变了脸色，一个眼神下去，几个打手冲上来，把孙自端吊在梁上。他们先是用皮带抽打，接着让他坐老虎凳，灌辣椒水，压杆子……。起初，孙自端大声骂着，但声音越来越小，最后昏了过去。敌人用水泼醒他，放在木板上，强迫乡亲们来看。敌人指着他说：“这就是八路军的下场。”孙自端对乡亲们说：“别难过，我早就料到敌人会这样对我。我的血已洒在地上，不再收回，随他们吧，今天脱了鞋，不再穿了。”不久，敌镇部的中队长带着酒气进来，假意关心地说：“你年纪大了，还有五个孩子，丢下他们就这样走，不后悔吗？”孙自端觉得耳边有苍蝇在嗡嗡，感到恶心，只翻了翻眼皮，不理他。敌人又用点燃的香往他身上乱烧，肉被烤成油，一滴一滴掉在地上，血和汗水混在一起，红了一大片……。整整一天的折磨，孙自端快不行了。晚上，敌人悄悄把他押到邵寨村。等他稍微清醒，敌人又是一顿毒打审问，但什么也没问出来。最终，敌人残忍地杀害了他。第二天，村上的人去收尸，只找到一条殷红的麻绳和一件血肉模糊、烂成条条的汗衫。周围的土地上洒满了烈士的鲜血。新中国成立后，在陆圈镇西边的地方竖起了一座高大的纪念碑，上面刻着：“孙自端烈士永垂不朽。”
孙自端烈士的纪念碑
谭启龙为孙自端烈士题词：孙自端烈士的精神永远铭记在心。
