01
嘉靖三年的大同兵变之后，朱振担任大同总兵，此后数年，相安无事。朱振依旧贪婪，还曾遭到了御史的弹劾。嘉靖十一年八月，朱振被任命为蓟州总兵，大同总兵由都督佥事李瑾接任。但奇怪的是朱振并没有赴蓟州任职，依旧住在大同城中，其中原因史书并没有载明，很有可能是其不愿意赴任蓟州，故而滞留大同。由于朱振担任总兵的时间很长，与军中各将领之间联系紧密，所以仍然有着很强的影响力。
李瑾是大同右卫人，有勇有谋，其治军严格，甘与士卒同甘苦，有斩贼者，他亲自送去捷报；有战死者，他亲设坛祭；有战伤者，亲自为敷药；而对于那些追寇失期、烽火失警者，他亦绝不宽恕。李瑾同样是在的严厉治军当然是应该的，一支守卫帝国重镇的军队理应军纪严明，服从命令。史书记载：
瑾至军，申令戒严，有警，鼓于军曰：期某刻至某境。径以亲近往。虏退，索诸失期后至者，刑之塞下，乃归。（严从简：《殊域周咨录》，《明代蒙古汉籍史料汇编》（第一辑），内蒙古大学出版社，2006 年，第 455页）而之前将领治下的大同则是另外一个景象：
大同近胡地，寇时至，旧将令宽慢，诸军追虏有不至者、失期者，咸置不问。墩卒惧虏围攻，或歇役，烽燧屡失，甚有受虏遗，为缓其烽者，比兵出则无及矣。（严从简：《殊域周咨录》，《明代蒙古汉籍史料汇编》（第一辑），内蒙古大学出版社，2006 年，第 455页）李瑾的严格治军到了严苛的程度，所谓过犹不及，尤其是在士卒尚未完全适应的情况下，一味严苛，比如军法之外再设为拦马、缠腰等刑，引起一些军士的怨言，军士们到朱振处哭诉，朱振只能表示自己也没有办法。另外一方面，李瑾对于朱振的行为素来不满，所以拒不与其往来，两人关系也很紧张。
嘉靖十二年（1533）秋，鞑靼有大军南下的趋势，李瑾决定在挖一条40里的壕沟，用以遏制鞑靼骑兵。为了迅速完成工程，李瑾按日记工，严厉催工，军士叫苦不休。
十月六日三更，乱卒王福胜、王宝等鼓噪，焚烧总兵府和巡抚衙门，李瑾原本与诸将吏有约定，如果遇到急事就举炮为号，乱兵杀到之时，李瑾赶紧放炮求救，一连放了三次，但手下兵将因为其平日太过严苛，竟然无人来救，李瑾为乱兵所杀。
大同再次发生兵变。
02
消息传到北京，朝廷关于如何处理此事又发生了争议，兵部尚书王宪主张惩治首恶六七十人即可，这是明朝处理兵变的惯常手段，与处理嘉靖三年的大同兵变的方式如出一辙。而在大礼议中支持嘉靖帝并官至大学士的张璁则主张立即以武力强力镇压。主战派的逻辑也很清晰，一次兵变杀一巡抚，一次杀以总兵，朝廷岂可屡屡受制，眼看鞑靼大军就要到来，如不平定大同兵变，彻底解决问题，大同又如何能够抵挡鞑靼大军呢？
由于张孚敬深得嘉靖帝信任，他的主张被病中的嘉靖帝采纳，下令由刚刚升任兵部左侍郎、宣大总制的刘清源，总兵郤永负责以武力平定大同兵变。
刘清源率大军尚在途中，就先派人在大同城内张贴告示，晓谕城中将士。其为了震慑城中，告示中说嘉靖三年的兵变处理得太轻。参与嘉靖三年兵变之时的将士很多尚在城中，心中极度不安。刘清源大军到了阳和城，大同城内的守臣、乡里的士大夫、耆老皆出城来求见，请其驻兵解甲，单骑入城招抚。
刘清源疑其有诈，没有同意。
大同巡抚潘仿下令捉拿城里乱卒中为首者60多人，打死其中10多人，让佥事孙允中押着剩余人等交给刘清源发落，孙允中请求大军回师宣府，大同城中可以将乱卒全部清除。又说嘉靖三年五堡之事朝廷已经处分过了，而今就不要再讲此事了。
刘源清说：
甲申之役，胡公以兵不临城，致言者纷纷，吾不可蹈前辙。（《明世宗实录》卷一百五十六，嘉靖十二年十一月癸卯）由于嘉靖三年的五堡兵变，朝廷在处理上高举轻放，只将一些为首者斩杀，朝廷一些官员一直对此有所不满，所以严厉惩治兵变的声音是一直存在的。刘源清就是这种观点的支持者。
刘清源不但不退兵，还认为大同城中兵变的主谋就是朱振，他派参将赵纲率300人进城搜捕，好在大同巡抚潘仿对所捕人员多有甄别，所以只抓了80人。
到了晚上，城中谣言起，说大军要屠城，先派来的300人只是先头部队，乱兵群起，叛乱发生，潘仿赶紧平叛，杀死了数名叛乱者。恰好此时孙允中从刘清源大军中归来，立即澄清绝无屠城一事，叛乱才平息下去。
这里就有一个疑问了，巡抚潘仿他就在城中，他手中还是有一些力量的，为何他无法完全掌控大同城呢？乱兵的势力真的就有那么强大吗？需知大同作为大明重镇，临敌的第一线，朝廷在此驻扎有重兵，根据据正德《大同府志》记载，大同官军额数为90996 名，如此庞大的军队数量，当兵变发生之时，人心浮动，巡抚想要掌握全军也是不可能的。
然而，一波未平一波又起。
千总兵朱振也建议刘清源暂时不要进兵，乱党很快就可以清除。刘源清认为大同城中一切都是朱振在背后捣的鬼，以书召朱振，又怕他不来，所以请锦衣奉驾帖前去逮捕，朱振不愿被捕，遂自杀。
第二日，刘清源率军至城下，大肆杀掠，城外横尸枕籍。城中的乱兵速来彪悍，岂能引颈就戮，开门迎战，杀游击曹安等数十人，乱兵也被杀了80多人。刘清源围将大同城团团围住，城中之兵纷纷加入乱军，乱兵数量大幅增加，并将在狱中的参将黄镇、指挥马昇、杨麟放出，奉以为将。
总兵郤永筑塞城门，以水灌城，潘仿与一众将领请求郤永暂缓攻城。潘仿的意见很清晰：现在城中的乱卒只是少数，如果强行攻城，那将有更多的士卒加入叛乱。郤永不听，说：
大同城中欲奉一王子召虏兵南袭金陵，以撼朝廷。（《明世宗实录》卷一百五十六，嘉靖十二年十一月癸卯）这种子虚乌有之事，谁人听了都会觉得可笑吧。
孙允中缒城出，来劝刘源清，刘清源不听劝告，反而要囚禁他，吓得孙允中逃往怀仁，不敢归。
刘源清、郤永将大同城团团包围，不准城中的王府、有司以及军民给朝廷的奏章流出，封锁消息，然后自己向朝廷报告，称城中衣冠之族，悉以从贼。请求再调大军五万、多备粮饷、器械，全力围剿大同。
刘、郤二人的奏章上去，朝廷误以为大同城全叛，所以就连原本支持只惩戒首恶的兵部尚书王宪也认为应当彻底剿灭，嘉靖帝遂下令调12000人马，由兵部左侍郎钱如京，都督佥事江桓充为总兵，率援军前往支援刘清源。
大同城被围日久，随着冬天的到来，天气越来越寒冷，被乱卒拥为首领黄镇请求给城中百姓一条活路，允许出城砍柴。郤永假意答应，然后将这300人全部捉住并砍去双脚，这导致城中之人的抵抗之心更加坚决。
03
而城中乱卒在叛乱刚起之时就派人拿了钱财、美妇，去联络北虏，对于这件事，《阿勒坦汗传》有记载：
蛇年回师后不久，汉国之大都、大同二者之间失和，大明汗之大军蜂拥而至，正在包围大同城。闻讯后墨尔根济农、阿勒坦汗二人，统领全国大军又向囊家特国出征，平定驱逐大都之军，与大同城结好，收取田赋而还营。（珠荣嘎译注：《阿勒坦汗传》，呼和浩特：内蒙古大学出版社，2014 年，第 31 页）蒙古当然不能放弃如此大好机会，趁夜杀来，大同城中的乱卒也鼓噪响应，刘清源、郤永大败，死者相枕籍。乱兵把十多蒙古骑兵带入城中，指着代王府，说在战后将代王府的财物送给蒙古人为谢。蒙古人第二日以乱兵为先头部队，再次与明军作战，乱兵死伤不少。蒙古人因此认为乱兵不可作为依仗，而蒙古军到来的核心目的是掠夺，可不是为了给乱兵打仗，所以在战后离开大同，并分兵四掠，浑、应、朔、怀等州县，明朝损失辎重、器具、将士、牛羊等，不计其数，损失惨重。城中一些乱兵深知大同的叛乱不会长久，所以有一批大同乱兵加入了蒙古人的行列，跟蒙古人走了。但蒙古人将这些乱兵视为工具，任意蹂躏，打仗驱使在前，平日任意打骂，这些乱兵受不了，又纷纷逃回大同城中。
郤永收集明军阵亡者尸焚烧，剩余骨头都装了三车。
永命积而焚之，骨约三数车，请验之。（孙允中：《云中纪变》，《明代蒙古汉籍史料汇编》（第一辑），内蒙古大学出版社，2006 年，第 281页）这意味着整个事件再次升级，已经超出大同一城的范围，整个国家的边防都遭受重大威胁。
久攻不下，还招致大败，更导致蒙古大举入寇，朝中的主战派挨了当头一棒。而在前线的刘清源竟然上疏请求从九边再募军，派一名总兵专意对付北虏。如此荒唐的请求被嘉靖帝毫不犹豫地拒绝了，他对阁臣说的一段话很能代表他的态度：
朕为宣大为京师北门要地，皆不可坏。人而无臂，可以卫头目乎？况此地此民皆我祖宗所遗，今源清必欲城破人诛，果忠乎？否乎？前日将二人调置，别命将以专讨渠魁，岂有今日之患，今又不可轻听伊说，卿等亦不可不虑将来耳。纵源清幸成功，不知此地何以兴复。今祇可罪去二臣，掣还诸路人马，另遣文武大臣果能职事者，使专意备虏，密令多方计擒逆贼之魁者，庶免老师伤财。（《明世宗实录》卷一百五十九，嘉靖十三年二月癸酉）嘉靖帝要的是一个完整的大同城，一个守卫帝国边疆的大同城，而不是任由刘清源攻入城中之后，大行屠戮，留下一个残破的大同。
所有的根源还是在于刘清源没能顺利地在短时间内拿下大同。如果刘清源能够攻破大同，捉拿乱兵头目，严肃军纪，朝廷的权威重新掌控这座军事重镇，那朝廷无疑将会对其大大封赏。迟迟不能打开局面，事情不断恶化，刘清源亦知自己的处境，不等嘉靖罢免，自劾请免。朝廷也开始转变策略，以夏言为首的主抚一派官员的意见开始受到重视，主战的首辅张璁虽然深得嘉靖帝信任，但事情已经如此糟糕。朝廷实际上所能打出的牌已经不多了，难道真的要从九边调集大军前来围剿大同不成？那样的话，天下震动不说，朝廷的财政已经入不敷出，又哪有钱粮来承担如此规模的战争？
所以，招抚此时成了最合适的选择，而主张招抚的礼部尚书夏言也凭借这一次狠狠的打击了自己的对手张璁。在往后的日子里，夏言越来越受到嘉靖帝的信任，那是后话。
朝廷改变了策略，前线的主要官员很快就进行了新的任免，张瓒为宣大总制，樊继祖为大同巡抚，朝廷的政策也传到了大同城，大同城内的将士这才知道，朝廷并不是要严惩大同城内的所有士卒。
大同城内也不是所有将士都愿意听从乱兵作乱，乱兵为清除异己，大肆杀戮那些不服从者，一些将士开始联络城外的明军，巡抚樊继祖、副总兵梁震进入城内安抚将士，发粮赈济，一些首恶者相继被诛杀，张瓒又下令让围城军队退后20里，大同兵变遂逐渐平定。
至于蒙古人，他们大同附近留有精兵与明军对峙，原本看上去有一场恶战，但朝廷声东击西，陕西游击史俊冒着极大的风险率军出塞袭击了蒙古辎重，这批辎重很可能就是蒙古人此次劫掠获得的战利品，蒙古人闻讯撤军而去。
事后，张瓒还驻宣府，所调集的京营及各路兵悉回原驻地。只留梁震于大同西路、辽东参将史俊于大同东路，以备蒙古。
持续五个月的大同兵变终于结束。
