1962年夏季和秋季,加勒比海的局势更为恶化。古巴沿海周围有多艘美国军舰在游弋、巡逻。古巴上空则有美国的U-2高空侦察机在侦察和监视。4月下旬,美军还在加勒比海进行了大规模的军事演习。苏联和古巴的情报机构还获悉,美国征召了15万预备役军人,并允许古巴的流亡者参加美国的军队。此外,在1962年1月底,五角大楼和中央情报局已经制订了旨在削弱和彻底推翻菲德尔·卡斯特罗政权的“猫鼬计划”。自1962年起,美、古特务针对古巴道路、桥梁、炼糖厂的破坏活动层出不穷。国会两院也通过联合决议,声称将继续援引门罗主义,准备在必要时刻以武力防止对西半球的所谓颠覆和侵略。美国媒体也发表了许多激烈地攻击古巴的文章,甚至公开讨论推翻卡斯特罗政权需要多少军队(结论是需要六个师)。总之,种种迹象都使苏、古两国毫不怀疑地认为,一场针对古巴的全面侵略将要开始。
如果说,美国人担心古巴将其他拉丁美洲国家引向社会主义,因此决不容忍社会主义古巴政权的存在,那么,苏联恰恰相信,它不能失去“作为一个社会主义国家而存在”的古巴,不能失去这个其他拉丁美洲国家的“现实榜样”,不能丢失苏联在美国“后院”取得的这一战略基地。
为了“建立一种具体有效的遏制办法来对付美国对加勒比海的干涉”,赫鲁晓夫决定采取“一些决定性的步骤来保卫古巴”。合乎逻辑的选择就是在古巴部署导弹既能对付美国入侵古巴的威胁,又可以在西方谋求战略均势的角逐中发挥作用。美国用军事基地包围了苏联,苏联的导弹却始终远离美国本土;苏联在古巴部署导弹,显然可以改变这种严重失衡的状况。赫鲁晓夫认为,在美国察觉之前将导弹部署在古巴,就会迫使美国不得不顾及对卡斯特罗“采取轻率的军事行动”将会造成的严重后果;即使美国采取了先发制人的打击,苏联在古巴的导弹也不会全部被摧毁,只要能保留1/4或1/10,或者只留下一二个大的导弹,苏联还可以用这些力量袭击美国，“我们仍旧能够击中纽约,而纽约势将所剩无几”。另外,赫鲁晓夫对肯尼迪的轻视也促成了苏联的这一冒险行动。他认为肯尼迪年轻、有知识,但没有经验,还不足以果断地处理危机或铤而走险。因此,在古巴部署导弹完全符合了赫鲁晓夫设想的“一种既能对付美国威胁又能避免战争的行动方针”。
实际上,1962年4月,当赫鲁晓夫在保加利亚海滨胜地瓦尔那休假时,他就产生了上述想法。“在这段时间里,在古巴设置导弹的想法逐渐在我心中成熟起来。从保加利亚回到莫斯科后,我继续考虑此事的可能性。”4月底他首先同米高扬探讨了在古巴部署导弹的可能性,5月初又与国防部长马利诺夫斯基、外交部长葛罗米柯等少数人进行了商议。随后,苏共中央主席团成员及驻哈瓦那大使亚历山大·阿列克谢耶夫等人就此事进行了正式的讨论,并取得了共识。5月中旬谢尔盖·比留佐夫元帅在阿列克谢耶夫及几位导弹专家的陪同下,前往古巴向卡斯特罗通报了苏联在古巴部署导弹的建议。卡斯特罗表示,此举“是一个非常冒险的行动”,“我们可能是和美帝国主义摊牌的第一个受害者”;“但是,如果做出这个决定对社会主义阵营来说是十分必要的,我想我们会同意把苏联导弹部署在我们这个岛上”。
6月,古巴国防部长劳尔·卡斯特罗及政府要员切·格瓦拉相继到苏联进行工作访问。在同赫鲁晓夫等人进行商谈后,他们与苏联国防部长马利诺夫斯基元帅草签了关于在古巴部署苏联导弹的秘密条约。由于不久之后即由此引起了一场危机,这项条约并未得到双方正式签署和批准。它规定苏联在古巴部署地对空导弹和中程弹道导弹,并供应古巴伊尔-28型轰炸机。1962年6月古巴国防部长劳尔·卡斯特罗访问苏联,要求更多的军援。接着,赫鲁晓夫采取冒险主义政策,以保卫古巴为名,开始向古巴运送导弹,于是，苏美之间开始了一场核赌博。
从1962年7月到美国实施封锁之前,负责向古巴运送军备人员和物资的80多艘船只,经过伪装后从不同港口向古巴航行了100多次。大体可分两个阶段:
第一阶段,从7月到9月初,军火包括坦克、大炮、米格-21战斗机、地对空导弹(萨姆导弹);军事人员已达到4000人左右。不过苏联在此阶段运送武器表明,这仍然是一项旨在防御的计划,主要是为了改进古巴的防空力量和海岸防御力量。
第二阶段,从9月初开始,苏联开始“秘密而迅速地”运送进攻性武器。9月2日,苏联与古巴发表联合公报,宣布苏联将向古巴提供武器和军事教官。9月8日、9月15日两艘苏联货船“奥姆斯克”号和“波尔塔瓦”号先后抵达哈瓦那,运来了第一批进攻性武器。以后,这类武器逐渐增加。其中包括:中程弹道导弹、能够携带核弹的伊尔-28型轰炸机及辅助设备。苏联对古巴的军运一直处于严格的保密之中。运送导弹的舰只以及担任保卫的特遣舰队也不知道航行的目的地。苏联国内的许多重要官员及外交机构都被蒙在鼓里,政府中也只限于10-15人了解此事,即使担任驻美大使的多勃雷宁和常驻联合国代表瓦列里安·佐林,也对此毫不知情。
然而美国人对苏古军事合作始终怀有高度的警惕。从1962年8月起,苏联军事装备及人员不断地进入古巴的问题成为白宫“一系列会议和汇报”的主题。在“猫鼬计划”中能够感觉到由于存在苏联急速向古巴提供军事舰队的迹象。在8月10日,特别小组会议上,中央情报局局长麦科恩表示了他的忧虑,他认为苏联在古巴的投资将是建立中程导弹基地。
8月23日肯尼迪发布一系列政策指令作为对苏联在古巴建设军事基地的回应。认为:
(1)我们与北约联盟必须团结一致,尤其是在卡斯特罗服从于苏联这一新的证据之下,我们要采取紧急一致行动来限制他国与古巴的经济合作。
(2)“猫鼬计划”的方案应与时俱进。
(3)对于在古巴建设基地所引发的政治、军事、心理上的冲击需要准备一份分析报告(包括:地对空导弹和可能达到美国的导弹)
(4)要求国防部制定一个研究报告,关于我们将不允许一个可能会从古巴发射核弹来攻击美国军事基地的建议。从这里我们可以看出,从8月份开始,肯尼迪政府已经开始关注苏联对古巴运送武器的问题,另外它通过了一项封锁、袭击或除了猫鼬行动之外的行动计划,以解放古巴的行动。
尽管美国政府内部进行一系列的有关苏古军事基地建设的讨论,但是美国始终没有怀疑赫鲁晓夫对美国的承诺,认为苏联不会在古巴部署导弹的原因有三点:
(1)在1959年就开始出现了大量的有关苏联在古巴部署进攻性导弹的传闻和报道,但是经过核实,它们都是失真的,毫无根据的，当时情报的来源主要是难民。
(2)肯尼迪政府中有人相信古巴导弹传闻只是一些共和党议员如基廷、巴里·戈德华等人用来进行政治煽动的口实。如基廷曾在8月31日参议院的会议上宣称:进攻性导弹已经安置在古巴,要求肯尼迪立即采取有力的报复行动,并谴责任何以“柏林交换古巴”的企图。为此,9月13日肯尼迪总统在一次记者招待会上宣称美国“不能根据未经证实的传闻和报道或是某一位国会议员拒绝告诉我们他是从什么地方听到的东西,来决定战争与和平的问题，我们要根据可靠的情报来行动”。
(3)苏联的掩盖活动蒙蔽了美国的视线。首先,苏联从7月初运送武器,9月2日才与古巴发表向其提供武器的联合公报。其次，9月6日赫鲁晓夫给肯尼迪的信中明确表示:“在美国国会选举以前,我们将不采取任何可能使国际形势复杂化的或加剧我们两国之间紧张关系的步骤，只要对方不采取任何会改变现状的行动。”9月12日苏联报刊又刊登了《塔斯社声明》,直接否认向古巴运送可携带核弹头的导弹的必要性。9月18日赫鲁晓夫强调苏联的清白无辜,指责美国对苏联驶向古巴的船只进行检查。
美国对苏联的政策分析使美国确信苏联不敢在古巴部署导弹。因为在此之前苏联从未在领土之外(包括东欧、中国)部署过导弹，这些地方对苏联更有军事价值。肯尼迪政府始终认为苏联在向古巴提供防御性武器,这既可达到帮助古巴提高国防能力,又不会导致美国的反感。
尽管如此，美国还是严密地监视苏联向古巴运送军火的进展,中央情报局建立了对古巴高空侦察每月两次制度。8月29日美国 U-2高空侦察机发现了正在建造中的萨姆型地对空导弹发射场。9月4日肯尼迪总统提出警告,认为古巴引进进攻性武器将对美国是严重的威胁。10月14日,U-2侦察机首次提供在古巴确有苏联进攻性中程导弹存在的摄影证据。当时,苏联在公开场合一直否认在古巴拥有任何进攻性武器。10月15日经专家分析鉴定,对冲洗出来的胶卷予以肯定。10月16日早晨汇报到美国总统处。据说这些苏联中程导弹射程1100海里,从华盛顿到达拉斯都在其射程内，还包括美国所有战略空军基地。10月16日,肯尼迪总统成立由他最依赖的人士和国务院、国防部、中央情报局、司法部、财政部等有关部门组成的国家安全委员会执行委员会(ExComm执委会)开始研究对策,应付危机。其中包括国务卿迪安·腊斯克、国防部部长罗伯特·麦克纳马拉、中央情报局局长约翰·麦科恩、财政部部长道格拉斯·狄龙、总统国家安全事务助理麦乔治·邦迪、参谋长联席会议主席马克斯·泰勒将军、副国务卿乔治·鲍尔、负责拉丁美洲事务的助理国务卿爱德华·马丁、总统特别顾问索伦森、驻联合国大使史蒂文森等。根据中央情报局的估计,苏联设在古巴的导弹基地还需10天才能使用。美国政府还有一周的时间研究对策。肯尼迪要求执委会的讨论必须绝对保密,在导弹基地可以使用之前采取一种周密部署的行动,给苏联造成出其不意的威胁。
对肯尼迪政府而言,从得知这一消息开始,古巴导弹危机便开始了。
10月16日国家安全委员会的执委会开始工作。对苏联在古巴导弹问题进行了紧急磋商,分析了苏联在古巴部署导弹的五点动机:
(1)冷战策略。赫鲁晓夫想利用在古巴的导弹扼住美国的咽喉,以求在西柏林问题和美国海外基地问题上占据有利地位。
(2)转移注意力。苏联在古巴的行动是想引诱美国出兵,引起国际社会对美国的不满。
(3)为了保卫古巴。古巴是苏联在西半球的卫星国,在苏联推行对外扩张政策以及对抗中国等方面都具有特殊的价值。
(4)讨价还价的筹码。苏联利用古巴问题当作与肯尼迪进行交易的筹码,迫使美国同意签订对苏有利的柏林协定或撤出在苏联周围的海外基地。
(5)显示导弹实力。在古巴部署中程导弹无疑是一种可以弥补与美国之间存在的导弹差距最有效方法。
在上述五种分析之中,肯尼迪认为第一种可能最接近事实。执委会在讨论中最先决定必须对苏联在古巴的行动做出坚决的反应，迫使苏联撤出在古巴的导弹。这不仅是由于对这一部署完成后美苏战略态势可能发生的变化担忧,而且是出于对美国国内的政治反应的考虑。在猪湾事件中,美国的失败形象并没有对肯尼迪本人有太多的影响,但却成了共和党抨击民主党政府态度软弱的借口。倘若这次肯尼迪政府再无所作为的话,那就不仅会有损他在政府成员中的威信,削弱他在国会里的信誉,激起公众对他的不信任,助长政府内部不满分子抨击他所有政策,而且还有可能再搞一次“猪湾事件”。因此肯尼迪政府为了适应国际、国内需要,必须采取行动。
在10月16-17日期间,执委会对各种可能的行动方案进行了全面的讨论。第一,“执委会”对苏联的动机进行了猜测。从公布的材料来看,“执委会”当时提出三种看法:参谋长联席会议主席泰勒将军认为苏联在古巴设置导弹的目的在于增强苏联的战略力量,这样它会拥有更多直接威胁美国本土的导弹,国防部部长麦克纳马拉认为,除非苏联想警告美国它会同时使用全部导弹打击美国,否则，导弹运到古巴与在其本土没有多大差别。他提出赫鲁晓夫的主要意图在于柏林问题,因为这一问题是苏美近两年来斗争的焦点,邦迪提出第三个观点,他认为土耳其导弹基地问题是赫鲁晓夫的主要目的所在。他是想让美国品尝一直在其眼皮底下设置导弹的滋味,正如苏联已经感受到的土耳其导弹基地的威胁一样。但是,有一点执委会成员的认识是一致的,即他们都认为苏联这一行为的意图只是在于威慑美国,以便得到最大的政治、外交利益。
第二,探索外交途径解决危机。在16日的会议上,尽管“执委会”的主要精力放在军事行动方面,但他们对外交途径亦进行了不懈的探讨,国务卿腊斯克提出两条外交途径。其一,联合“北约”和美洲国家组织,通过"盟国”的力量向苏联施加压力,但肯尼迪认为“盟国”不会很快作出反应,如果他们相互推诿，浪费时间,会使苏联趁机建成导弹基地,造成既成事实,那样问题就复杂化了。其二,与卡斯特罗单独联系,向他说明苏联的用意不在于“保卫”古巴,而是为了获取它在柏林或者其他地方的自身利益,如果卡斯特罗接受建议,美国会取得一箭双雕之利,既可撤除古巴的导弹基地,又可使刚刚建立起来的苏古关系破裂,但是,肯尼迪认为这个建议几乎没有可考虑的余地。
新任驻法大使查理·波伦在赴巴黎之前晋见了肯尼迪,他认为空袭不会“就像预料的那样对其基地进行单一的迅速的处理”,而会导致与古巴的全面战争,苏联不可能袖手旁观,这样很可能导致世界大战,因此,他建议肯尼迪在对古巴采取军事行动之前先用外交手段与苏联秘密会谈,向赫鲁晓夫说清楚“我们不是开玩笑”。波伦的建议未被采纳,因为没有人能确保在与苏联会谈时,苏联会停止或拆除在古巴的导弹基地。与此同时,美国驻联合国大使史蒂文森又提出另一条外交途径,他建议美国与苏联交换军事基地。肯尼迪首先反对,认为这不是交换基地的时候,除非苏联撤除在古巴的导弹基地，否则美国不会单方面做出让步。
通过对各种外交途径的讨论,肯尼迪对单纯的外交方式已不感兴趣,考虑到国内政治方面的要求和国际方面的影响,他认为进行一次军事行动对他个人利益和美国国家利益都有利。因此,作决定放弃寻求外交途径解决。
第三,对军事措施的选择。外交途径搁浅后,“执委会”开始考虑采取何种军事行动。对此,“执委会”中分成“鹰派”和“鸽派”两种意见。“鹰派”的军事行动计划包括“外科手术式"空袭、大规模轰炸以及空袭与入侵相结合。“鸽派”主张实行海上封锁措施。最初，“鹰派”占了上风。10月16日,“执委会”会议伊始,麦克纳马拉和泰勒提出大规模轰炸建议,提出袭击导弹基地、飞机场和那些隐蔽的飞机以及任何可能的核储藏地,必要时还可两栖入侵。泰勒强调，袭击一定要取得100%的胜利。副总统林登·约翰逊积极支持泰勒的观点,他甚至主张采用“阻截飞机、轮船、潜艇及其他装备的措施”。这一建议很快遭到反对,邦迪认为大规模轰炸会杀死许多人和无辜的古巴人,引起苏联的核报复。因此,“外科手术式”空袭是十分必要的,它既能实现美国的基本目标消除古巴导弹基地,又不至于引起苏联报复的巨大危险。17日,迪安·艾奇逊被召进执委会参加讨论,他强烈要求实行“有限的”空袭计划,认为这样既能消除导弹基地,又能实现最低限度的死亡,避免与苏联的核战争,李梅将军坚决反对“外科手术式”空袭计划。他认为,古巴拥有萨姆基地,要取得空袭的彻底胜利比较困难,美国空袭时很可能会受到反击,造成飞机和人员伤亡,而“有限”轰炸不能保证消灭苏联在古巴的全部军事力量,为此,他提出采取大规模轰炸与地面部队相结合的计划,但他没有考虑到大规模轰炸带来的后果以及苏联可能作出的进一步的反应。在口头争论时,一位“鹰派”成员承认苏联可能会对美国的袭击作出反应。肯尼迪问道:“那时我们怎么办?”答:“按照北大西详公约,我们有责任摧毁苏联本土上的一处核导弹基地。”肯尼迪接着反问:“那时他们会怎么办?”答:“噢,那时我们希望双方冷静下来进行对话。”
认识到大规模轰炸的代价和空袭计划的危险后,执委会开始反对“鹰派”观点。这时,“鸽派"的建议受到重视,副国务卿乔治·鲍尔首先提到封锁计划,他说,空袭“与珍珠港事件相似，进行突然袭击并不是结束,而是开始”。罗伯特·肯尼迪率先支持这一意见。在他的影响下,邦迪和麦克纳马拉等也趋于实行海上封锁。经过两天讨论,执委会大部分成员不再支持“鹰派”计划,转向了更具灵活性的海上封锁计划。最后提出六种可选方案：
(1)不采取任何行动,因为导弹并未真正改变双方战略力量的对比。正如五角大楼的一些(并不是全部)顾问向总统指出的那样,“我们已经长期生活在苏联导弹的射程之内，如果我们把他们这次在古巴部署导弹看得若无其事,我们就可以防止他夸大古巴导弹的重要性”。国防部部长麦克纳马拉开始强烈主张这一“无所作为”的政策,但肯尼迪在执委会的第一次会议上就否决了这种对苏联行为一律加以接受的政策。
(2)外交解决途径。这包括向联合国发出呼吁;建议美洲国家组织建立视察小组;通过美苏最高级会议,直接与赫鲁晓夫谈判;以拆除在土耳其的导弹基地为条件换取苏联在古巴采取相应行动。通过联合国、美洲国家组织来解决危机是国务卿腊斯克提出的。建议同赫鲁晓夫直接谈判则是美国新任驻法大使查理·波伦在赴巴黎之前向肯尼迪提出的,他认为空袭很可能最终导致世界大战。用土耳其的导弹基地为诱饵是在10月20日下午召开的国家安全委员会的会议中,由美国驻联合国大使史蒂文森提出来的。他立即受到一些与会者的强烈指责,被称为“想搞慕尼黑”的人。尽管如此,由于其他方案所带有的风险和障碍,通过外交途径解决的方案总体上依然具有很强的吸引力。但肯尼迪从开始就反对这个方案,因为它同古巴对美国造成的重大威胁相比显得过于软弱,且拖延时日,而苏联的导弹在此期间或许已经可以使用。
(3)劝说卡斯特罗。这是腊斯克所提出的又一外交解决途径。他主张同卡斯特罗进行秘密接触,一方面,对之进行诱惑,使古苏军事合作松懈乃至瓦解;另一方面,警告卡斯特罗:他若一意孤行,则古巴安全将无法得到保障。这一方案虽多次被考虑,但却最终遭到搁置。肯尼迪认为,不应回避由苏联在古巴设置导弹而引起美苏两大国对抗的事实而将注意力集中到古巴;实际上,卡斯特罗恰恰是受苏联控制的。
(4)入侵古巴。这意味着或者是摧毁古巴的导弹基地,或者是推翻卡斯特罗的政权。此方案是受执委会成员支持最少的一种,大多数成员相信入侵所涉及的风险太大，“入侵比其他任何一种方案都更容易冒一场世界大战的风险、冒苏联在柏林和其他地方进行报复的风险、冒破坏我们的拉丁美洲政策的风险,以及冒在历史上被控进行侵略的风险。”因此,他们觉得这一方案只应作为不得已而为之的最后一步被加以考虑。
(5)空中袭击。即在事先发出警告或不发出警告的前提下袭击古巴的导弹基地或者其他军事目标。在执委会讨论的初期阶段,不少人认为只有对古巴导弹基地进行一种“外科手术式的袭击”才能解除眼前的威胁。持这一观点的人包括参谋长联席会议主席马克斯韦尔·泰勒将军、助理国防部部长保罗·尼采、财政部部长道格拉斯·狄龙等。到10月17日,邦迪和前国务卿艾奇逊也表示支持这一观点,艾奇逊最后竟成了“鼓吹空中打击的主将”。他们认为,空中打击可以迅速而有效地摧毁中程导弹基地和有关的导弹。他们不赞成封锁的做法,认为此举难以迫使苏联人撤走导弹,甚至也无法使他们停止在导弹基地的工作。尤为严重的是,封锁还有可能引发与苏联的对抗,促使苏联人在柏林或世界其他地区采取相同的行动,并以此要挟美国拆除那些部署在苏联周围的导弹,正如美国以苏联撤走在古巴的导弹为条件才停止封锁一样。在执委会讨论的最初阶段,进行空中袭击的方案得到了广泛的支持,肯尼迪最初也对这种立场怀有强烈的兴趣。但是,随着讨论的不断深入,到了星期三,空袭方案也暴露出越来越多的缺陷。鲍尔第一个提出反对意见,而后麦克纳马拉和吉尔帕特里克也表示反对空袭,支持进行封锁。其原因是,第一,空袭的范围很大,除导弹发射基地之外,还要包括古巴的若干军事设施,这就需要大规模的轰炸,从而肯定会引起古巴的抵抗和报复,乃至袭击关塔那摩军事基地甚至美国东南部。而且,大规模的空袭并不能保证所有导弹都被摧毁,也不能保证仅余的核弹头不会被打向美国。总之,空袭不能彻底达到希望的目标,反而会由于引起古巴的抵抗和报复而最终又使入侵古巴成为必要的解决方案。第二,空袭无法解决预先警告的矛盾。不发出警告,就违反了一种道义原则,用司法部部长罗伯特·肯尼迪的话来说,就成了“珍珠港事件”的重演;而事先发出警告,又会使苏联获得时间进行掩盖,从而获得外交上的主动权。第三,在古巴正是苏联人控制了导弹,空袭并不能保证只杀死古巴人,因此,就更有可能引起苏联的强烈反应,而且苏联在那样的情况下是绝对无法退却的。最终的结果将是美苏之间的军事对抗以及对抗之后的谈判。
(6)封锁。既然空中打击的种种缺陷无法被克服,于是国防部长麦克纳马拉所极力主张的封锁就成了唯一的选择了。封锁可采取多种形式,并可辅以空中监视及间接的军事行动。在10月16日下午和晚上的讨论中,封锁作为一种选择已首先被副国务卿乔治·鲍尔提了出来,他说空袭“与珍珠港事件相似，并不是结束而是开始”。到17日,麦克纳马拉已成为这一设想的“最坚决的鼓吹者”。“他争辩说,封锁是一种有限的压力,可根据情况需要而逐步增加;不仅如此,它还是一种引人注目而强有力的压力,这种压力能为对方所理解,但是,最重要的是,仍然可以由我们来控制事态的发展。”罗伯特·肯尼迪也从一开始就支持封锁。“我支持麦克纳马拉赞成采取封锁的立场。这并不是因为我深信它就是一种成功的行动方针,而是感到它比起军事袭击来具有较多的灵活性和较少的不利条件。最重要的是,我像别人一样,不能接受这样一种主意,即美国将大规模轰炸古巴,在一次突然袭击中杀害成千上万平民，不管宁愿主张袭击而不主张封锁所提出的军事和政治的论点多么正确,美国的传统和历史决不允许采取这种行动方针，如果我们想在国内外保持美国的道义立场的话,我们就不能这样做。”当然封锁本身也并非是完美无缺的方案。例如,它侵犯了公海航行的自由,违背了联合国宪章和国际法,并几乎肯定会引起苏联对西柏林实行同样的行动。封锁也同样具有空袭的一些的缺点:倘若苏联船只拒绝停航,双方可能要海上进行交火,乃至在其他地区引起更为严重的军事对抗。此外,封锁也可能使事态拖延,引发一系列不良反应,最后甚至会失去进行空袭的时机。然而与封锁的缺点相比，它的优点却显得更为突出。封锁是比空袭“更为有限、更为低调”的有节制的军事行动。对苏联来讲,封锁给赫鲁晓夫留下退却的余地，他可以选择让苏联舰只离开的做法,从而也就避免了军事交锋。对美国来讲,封锁只是最初的一步,根据需要美国可以逐步或迅速使军事行动升级,这就给自己留下了选择的空间和时间。万一出现了双方间的军事冲突,美国也在加勒比海占有军事上的优势。并且,对于其他国家来讲,封锁是一种比直接的军事行动更易接受的方式,如此,美国也可以不必承担空袭所带来的道义负担。在讨论实施封锁问题时,肯尼迪决定使用“隔离”这一说法,从而规避了破坏公海航行自由的责任。从形式上说,“隔离”的法律根据主要是根据美洲国家组织宪章的规定,即成员国有权利采取“集体措施以保卫美洲的安全”,这就使美国的行动在法律上更加具有合理性。
到10月18日晚上,执委会的多数成员都已接受了封锁这一方案。
其理由为以下三点:第一,空袭的范围很大,除导弹发射场外还包括古巴的若干军事设施,这就需要大规模的轰炸,从而肯定会引起古巴的报复。空袭不能彻底达到希望的目标,反而会引起古巴的抵抗和报复而最终又使入侵古巴成为必要的解决方案。第二,空袭无法解决预先警告的矛盾。第三,在古巴是苏联人控制导弹,空袭并不能保证只杀死古巴人,因此就更有可能引起苏联的强烈反应,最后国防部长麦克纳马拉所极力主张的封锁成为唯一的选择。10月19日肯尼迪接受封锁政策,为使封锁更加合法化,10月20日肯尼迪批准了封锁政策,但保留随时有空中打击的权力。10月22日晚，肯尼迪总统发表电视演说,提出7项初步措施:
(1)对一切正在驶往古巴的装有进攻性军事装备的船只实行海上“隔离”;
(2)加强对古巴本土的监视;
(3)从古巴发射的任何核导弹将被认为是苏联对美国的攻击，需要对苏联作出充分的报复性的反应;
(4)加强美国在关塔那摩基地的力量;
(5)立刻召开美洲国家组织会议,讨论对西半球的威胁;
(6)召开联合国安全理事会紧急会议,审议苏联对世界和平的威胁,提案“将要求在联合国观察员的监视下迅速拆除和撤退在古巴的一切进攻性武器,然后封锁才能解除”;
(7)呼吁赫鲁晓夫放弃这种“统治世界的方针”,共同做出历史性的努力。根据肯尼迪的命令,美军海军部派遣40艘军舰和2万名海军士兵支持封锁古巴的行动。美国在世界各地的三军部队也进入戒备状态,形成战争一触即发之势。
宣布隔离行动前,美国做了一切准备性措施:首先,美国得到了美洲国家组织的支持。
由于肯尼迪在演说中声称苏联在古巴部署导弹,目的是要对西半球进行核打击,因此,他将要采取的行动就要取得西半球的美洲国家的支持和认可。美国要在加勒比海对古巴进行封锁,同时还准备对古巴采取军事行动,如果得不到拉丁美洲国家的支持,美国就会道到谴责,成为侵略者。得到拉丁美洲国家的支持,他就能把侵略的标记加到古巴身上。因此,美国极力寻求美洲国家组织通过一项决议，给自己的行动制造合法的外衣,也利用美洲国家组织给古巴、苏联施加压力。为了使隔离行动有充分的理由,美国对拉丁美洲国家进行拉拢。10月23日美洲国家组织召开会议讨论美国提出的决议草案:
(1)要求从古巴撤出一切导弹和其他进攻性武器;
(2)建议美洲国家组织成员国个别地和集体地采取措施以保证古巴不再得到进攻性军事设备,并防止导弹成为对美洲和平与安全的威胁;
(3)请求联合国接受美国的决议草案并派遣联合国观察员前往古巴。
美国国务卿腊斯克和美国驻美洲国家组织大使莫里森在会上进行了大量的拉票活动。在墨西哥和巴西的坚持下,会议对决议草案进行了分别表决,会议表决投票的结果通过了支持美国对古巴实行封锁的决议案,使美国实施的隔离具有“集体制裁”的色彩。
其次,美国竭力寻求联合国及欧洲盟国的支持。
10月23日美国代表史蒂文森向安理会提出决议草案,要求在联合国观察员的监督下撤走在古巴的苏联导弹以及其他进攻性武器。美国利用联合国进行外交斗争是肯尼迪政府为解决古巴导弹问题而制定的整个斗争策略的组成部分。10月23日,安理会在佐林的主持下召开。会议除了美国的要求外,还有苏联关于美国破坏联合国章程和威胁和平的问题以及古巴的关于美国对古巴的侵略问题。10月25日美国在安理会同苏联进行了公开辩论,史蒂文森向苏联驻联合国大使佐林提出在古巴是否拥有苏联进攻性导弹的质问。最后迫使安理会休会。在欧洲,作为美国代表,艾奇逊将美国要采取的行动通知了戴高乐、阿登纳,并向北约组织做了汇报。阿登纳、戴高乐和麦克米伦迅速表示了公开支持美国的立场,北约组织通过了要求苏联撤出导弹的决议。
再次,在军事上美国也采取了一系列的准备措施。
肯尼迪发表电视讲话前,整个美国进入了“三级戒备状态”。100枚宇宙神、50枚大力神和12枚民兵洲际弹道导弹可随时被发射;500架轰炸机装好了炸弹,而且分散部署;90架B-52轰炸机携带核弹在大西洋上空等待命令;海外基地、航空母舰、核潜艇也都做好战斗准备。
肯尼迪政府为实施隔离政策而采取的准备性措施,不仅显示了美国为实现封锁而具有的能力,也表明美国不惜一战的决心。然而，肯尼迪相当谨慎,给赫鲁晓夫留下了足够的回旋余地。
苏联政府于1962年10月23日发表声明指出,美国进行这种冒险,就是朝着热核战争走去。声明警告美国政府:如果实行肯尼迪总统宣布的措施,他就要对世界的命运承担严重的责任,他就是轻率地玩火。声明表示,要按苏、古协议继续用武器援助古巴,坚决拒绝美国拦截,对美国的威胁将进行最强烈的回击,并建议安理会立即召开会议讨论“关于美国破坏联合国宪章和威胁和平”的问题。
10月24日上午9时,隔离生效。美国在古巴领海周围设置了警戒线,近百艘舰艇在空军和航空母舰护卫下,驶入警戒线海域，拦截和搜寻驶往古巴的船只。刚过一小时,就有2艘苏联船只“加加林”号和“科米莱斯”号距离障碍物只有几海里之遥。一瞬间,战争似乎就要降临了。但到了10时25分,苏联船只停止不前了。又过了7分钟,报告说驶向古巴的20艘苏联船只都在拦截线旁边停了下来,或者掉头回去了。这一天只放行了苏联油轮“布加勒斯特”号和民主德国客轮“人民之友”号。
在联合国,加纳和埃及这两个不结盟国家代表亚非45国提出决议草案,要求联合国代理秘书长吴丹同争执双方进行磋商,并要双方暂时不使局势恶化。吴丹接受此决定草案,立即向美苏双方发出同样内容的信件,建议停止向古巴运输军火三个星期,同时暂停封锁。他还向卡斯特罗发出信件,要求停止任何可能使局势恶化的措施。
10月25日,赫鲁晓夫表示接受吴丹的建议。肯尼迪则重申“答案”在于“撤走”苏联武器,但又说美国驻联合国大使史蒂文森准备进行商谈。在联合国安理会上,史蒂文森尖刻地逼着苏联驻联合国大使佐林当场承认或者否认在古巴有苏联武器,并出示有关导弹设施的照片。这使得安理会不得不休会,直到危机过后才复会。
与此同时,古巴人民发出了与美国斗争到底、誓死保卫祖国的呼声。10月23日,卡斯特罗通过电视谴责“这种国际少有行动”,声明“我们将购买任何我们要买的武器,不需要告诉任何人我们要做什么”,完全拒绝对古巴进行国际调查的任何主张。10月26日,卡斯特罗宣布总动员。劳尔·卡斯特罗则宣布,进攻古巴将意味着世界大战。
形势日趋严重，10月26日早上7时,美国强行检查了第一艘船只,这是由苏联租用的“马卢克拉”号,正从波罗的海驶往古巴。结果没有发现载运武器,被美方放行。肯尼迪总统还命令国务院着手准备一项应急计划,以备在入侵和占领古巴后建立一个文官政府。美国司法部部长、肯尼迪总统弟弟罗伯特·肯尼迪私下向苏联驻美大使多勃雷宁表示,总统至多只能再克制两天了。
危机终于出现了转机，26日下午1点半,苏联使馆的参赞亚历山大·福明找到美国广播公司电视台采访国务院消息的记者约翰·斯卡利,要他向腊斯克国务卿试探一下,是否可能以答应撤除导弹并保证不再把进攻性武器运进古巴来换取美国不侵入古巴的保证。肯尼迪总统得知后,表示可以接受。当晚6时,肯尼迪接到赫鲁晓夫一封冗长的亲笔信。因为时间太紧的缘故,该信是破例由苏联外交部送到美国使馆的,最后一页尚未盖章,其内容包含福明所言的同样建议。赫鲁晓夫第一次承认古巴有苏制导弹,表示决不再向古巴运送武器,已在古巴的则可加以撤除或销毁,美国应以解除封锁和同意不入侵古巴作为交换。
然而,10月27日,赫鲁晓夫再次给肯尼迪写信,信中提出要以美国撤出在土耳其的导弹作为撤走苏联在古巴导弹的条件。
根据罗伯特·肯尼迪的建议,肯尼迪总统决定避开27日的信件不答,直接就26日的私函作出答复。答复提出:第一,苏联在联合国适当的监督和核查下从古巴撤走进攻性武器系统,并保证不再把类似武器运入古巴;第二,美国方面迅速撤销隔离措施,保证不进攻古巴。与此同时,罗伯特·肯尼迪私下里告诉多勃雷宁大使,肯尼迪总统早就急切地希望从土耳其和意大利撤走导弹,并将在危机过去后不久就会采取行动。
赫鲁晓夫在28日的回信中,一笔勾销了以撤除土耳其的导弹为对等条件,表示将下令撤除苏联在古巴的导弹,并同意让联合国代表核实导弹的撤除,要求美国就解除对古巴的封锁迅速达成协议。他请求双方要“谨慎、克制,不可把事情搞到致命的地步”。 肯尼迪当即于28日复信发表声明,欢迎赫鲁晓夫的“这一具有政治家风度的决定”。11月2日,美国国务院发言人宣称,美国不仅要求苏联撤除在古巴的导弹和导弹发射架,并且要求撤走在古巴的伊尔-28型轰炸机。11月21日,赫鲁晓夫同意在30天内撤走这些飞机,美国也宣布取消海上封锁。至此,古巴导弹危机基本平息。
古巴导弹危机的高潮已经过去,但还留下了几个有待解决的问题:
（1）对苏联撤出在古巴的导弹的国际核查问题。当赫鲁晓夫在未和卡斯特罗商量的情况下于28日致肯尼迪的公开信中擅自答应由联合国负责核查武器后,卡斯特罗提出强烈的抗议,卡斯特罗表示不反对苏联运走战略性武器,但坚决反对联合国就武器的拆除和撤走、对古巴进行视察。卡斯特罗认为视察是对古巴主权的侵犯。11月2日苏联派米高扬去古巴做卡斯特罗的工作。11月5日美国向苏联施压,两国就撤走导弹问题达成协议:苏联把导弹作为舱面货物放在甲板上,在不侵犯苏联主权的条件下,美国的封锁船只可以清点导弹数目。11月26日卡斯特罗才最后原则上同意联合国观察员到古巴进行实地视察,但他只接受由在古巴的中立国的大使们担任的观察员，而且以美国全部接受他提出的五项条件作为交换。
（2）关于撤走伊尔-28型轰炸机的问题。卡斯特罗声明这些飞机的所有权属于古巴,不允许苏联将它们撤走,而美国则坚持这一要求。11月6日肯尼迪致信赫鲁晓夫,坚持伊尔-28型轰炸机必须撤走。11月19日在与米高扬进行11天谈判后,卡斯特罗最终同意,苏联在拆除部署在古巴的42个导弹发射架的同时,撤走伊尔-28型轰炸机,同意美国在这些飞机离去时对它们进行观察和点数。
（3）关于拆除土耳其的导弹的问题。1959年艾森豪威尔政府曾在土耳其部署了导弹,作为对苏联的导弹威胁的回应。在古巴导弹危机期间拆除美国在土耳其的导弹成了美苏交易的一部分,肯尼迪与赫鲁晓夫就此达成了秘密交易。1963年4月,部署在土耳其和意大利的导弹终于被拆除了。
（4）关于美国不入侵古巴的承诺。在1962年11月20日以后,古巴导弹危机还剩下一个重要的问题:苏联要求美国正式保证不入侵古巴,为此又折腾了一个半月。双方无法达成协议。1962年10月27至28日,肯尼迪和赫鲁晓夫交换过信件,最后肯尼迪又作了口头保证,这件事当时就搁下来了。美国本来愿意保证自己无意入侵古巴，但不愿意给古巴和苏联开出空白支票。假如情况有变化，比如说古巴被用作侵略某一邻国的基地，那么,根据联合国宪章第51条以及美洲国家组织的里约热内卢条约关于集体自卫的权利与义务的规定,美国有权对古巴采取军事行动,因此美国坚持保留自己这一权利。从实际上看,情况是否变化因而是否采取军事行动,都要由美国单方面作出决定,所以,作出空洞的保证没有意义。最后,苏联无可奈何,只好满足于肯尼迪总统信件中作出的含糊保证了。
自从核武器诞生以后，核大国之间不交战已经成了共识，但是古巴导弹危机差点让两个核大国发生战争，威胁到了全人类的安全，好在及时解决了，否则后果不堪设想。
