2024年以来，国家对高企资格认定的审查和监管愈加严格，从 2024 年 1 月-11 月，26省份和城市陆续发布了取消3545家高新技术企业资格的公告，涉及企业数量众多。
随着高新技术企业资格申报数量的逐年增加，各地认定管理机构逐渐重视实地核查、对申报资料中材料的真实性、财务的可靠性提出了更高的要求
《高新技术企业认定管理办法》第十九条：
1. 弄虚作假行为：企业在申请认定过程中存在严重弄虚作假行为。
2. 安全事故或质量问题：企业发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为。
3. 重大变化未报告：企业未按期报告与认定条件有关的重大变化情况，或累计两年未填报年度发展情况报表。
被取消高新技术企业资格的企业，按《税收征管法》及有关规定，追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。
在愈加严格的稽查环境下，了解高新企业常见税务风险及如何防范至关重要。
高新企业认定后被取消资格的涉税风险
被取消高企资格的企业，认定机构将推送或通知税务机关，税务机关按《税收征管法》及有关规定，将追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。
税务政策风险主要表现在以下几个方面：
1.申请认定过程中虚增研发费用、科技人员等指标，一旦查实，不仅要补缴税款、滞纳金，还会面临偷税行政处罚，甚至逃税罪的刑事风险；
2.如果既是高企又是小微企业，高新技术企业优惠税率与小微企业优惠税率不得叠加享受。一旦享受了高企优惠税率，如果被查实虚假，都要重新补缴。
3.留存备查资料如果未按税务机关要求提供或留存资料与实际不符，如研发项目立项书、研发费用预算、研发人员考勤记录等，无法证实符合优惠条件，税务机关将追缴税款。
4.发票开具、使用、取得等环节不合规，如虚开发票、发票内容与实际业务不符等，都会面临税务处罚。
5.研发费用归集不规范，如将非研发费用计入研发费用、研发费用核算口径与政策不符等，影响研发费用加计扣除等优惠政策的享受严重者都将面临税务风险。
高新企业认定后的税务稽查重点
一、高新收入的政策规定
享受优惠年度需提供：
1.主要产品(服务)发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定范围的说明；
2.当年高新技术产品(服务)收入占收入总额的比例不低于60%。
高新收入稽查重点
1.高新收入是否按照规定进行分类归集；
2.高新收入占同期总收入的60%，计算比例时，收入总额的范围是否涵盖了《企业所得税法》第六条规定的收入类型；
3.当期有大额投资收益、股权转让收入时，比例的计算是否正确；
4.稽查合同、发票、明细账、高新辅助账等。
二、科研人员的政策规定
享受当年优惠科技人员占职工总数不得低于10%，科技人员当年在企业累计实际工作时间不低于183天；
对高新企业“科研人员”的稽查要点：
1.企业科技人员的真实性：核查企业花名册、劳动合同、个税和社保证明、学历证明、岗位说明等；
2.在职人员任职天数：科技人员在职天数不够的，统计人数比例时是否已剔除；
3.在职人员统计口径：科技人员的人工费与其他员工工资费用是否已合理区分。
4.社保缴纳与个税明细申报表比对
5.个税申报与工资明细表比对
三、研发费用的稽查重点
政策规定比例：
享受优惠当年及前两个会计年度研发费用总额，占同期销售收入总额的比例是否达到规定的要求，其比例要求与认定时的比例要求是否相同。
税务稽查重点:
1.是否按规定要求设置研发费用辅助核算帐目，并按规定分项归集；
2.核查研发费用占销售收入的比例是否符合要求；
四、按税务政策要求需留存的备查资料：
1.高新技术企业资格证书；
2.高新技术企业认定资料；
3.知识产权相关材料；
4.年度主要产品(服务)发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定范围的说明；
5.高新技术产品(服务)及对应收入资料；
6.年度职工和科技人员情况证明材料（社保及薪酬）；
7.当年和前两个会计年度研发费用总额及占同期销售收入比例、研发费用管理资料；
8.各年度研发费用辅助账；
9.研发费用结构明细表（详细划分一级、二级、三级领域）；
10.省税务机关规定的其他资料。
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