1405年2月18日,帖木儿在向中国进军时在讹答剌去世,享年69岁。在帖木儿死后,因连年战争屡屡胜利而崛起的帖木儿帝国开始走向衰落之路。该国很快便爆发了权位内战。在他去世前,帖木儿宣布他的儿子贾汉吉尔之子皮儿·马黑麻为继任者。然而在他死后,他的其他儿子和孙子们随即开始内斗,意图推翻皮儿·马黑麻的统治。帖木儿的孙子马黑麻统治撒马尔罕,他的另一个孙子亚历山大统治伊朗,米兰沙统治巴格达和阿塞拜疆,沙鲁克则统治赫拉特。这一切的发生导致了昔日帝国权势的衰败,中央政府遭到削弱,国家因而走向衰微。
沙哈鲁的统治 (1409-1447)尽管在帖木儿死后帖木儿帝国陷入动乱,帖木儿的其他子孙皆未能继位,唯独沙哈鲁却能够在呼罗珊维持他的权位。沙哈鲁还能够在他的权力范围内,重新统一其他埃米尔控制下的一些领土。他透过向伊朗南部、中部以及阿塞拜疆进军来征服这些地区。尽管在沙哈鲁统治期间,帝国的衰落速度有所放缓,但这个过程并没有完全停止。在帖木儿时期,国家管辖下的广阔领土的一部分,处于其前任所有者的控制之下。由奥斯曼帝国支持的札剌亦儿王朝为夺回他们在巴格达的土地而战,而黑羊王朝和一些安纳托利亚侯国则在安纳托利亚东部作战。叙利亚地区被马穆鲁克苏丹国收复了。另一方面,察合台蒙古人发展之迅速也成为一个潜在的重要隐患。
在他42年的统治期间,沙哈鲁成功阻止了帝国瞬间的崩溃,但帖木儿帝国却永远也无法再回到帖木儿时期的高光时刻。1447年沙哈鲁去世后,权位内斗再一次地浮出水面。
沙哈鲁统治时期的帖木儿-黑羊关系1420年,黑羊王朝的卡拉·优素福去世后,该国陷入了权力斗争。当卡拉·优素福的儿子之一伊斯坎德尔在阿塞拜疆夺取政权并袭击希尔万时,沙哈鲁前来帮助希尔万苏丹卡哈利路拉一世。贾汉·沙也反对他的兄弟。伊斯坎德尔从希尔万撤退,没有继续与联合军交战。1435年在伊斯坎德尔战败后,沙哈鲁将阿塞拜疆的统治权交给了贾汉·沙。沙哈鲁一共三度进攻黑羊王朝(1420-1421;1428-1429;1435)。在1421年的阿拉什克德和 1427 年的沙赫普尔战役中,黑羊王朝被彻底击败。此后,伊斯坎德尔再次想要夺取大不里士以巩固自己的势力范围,但在1435年的大不里士战役中,希尔万沙王朝和帖木儿帝国联军再次击败了黑羊王朝。而尽管贾汉·沙接受了他对沙哈鲁的依赖,但在沙哈鲁于1447年去世后,他便开始独立于帖木儿帝国。
乌鲁伯格的统治 (1447-1449)1447年沙哈鲁死后,他的儿子乌鲁伯格继位。然现下乌鲁柏格必须先与其他继承人争夺帖木儿帝国埃米尔的王位。虽然在这场斗争最终被压住,但还是进一步地削弱了帝国。由于内部冲突,国家治理被打乱。在乌鲁伯格统治期间,在该国西部日益壮大的黑羊王朝开始对帖木儿帝国构成威胁。与此同时,日益壮大的察合台人成为了该国东部边界的威胁,他们发动攻击以控制河中地区。乌鲁伯格不像一位优秀的科学家那样,拥有出色的政治能力。他输掉了几场战争,他甚至被他叛逆的儿子的军队打败了。1449年10月24日,乌鲁伯格为他的儿子阿不都·剌迪甫放弃了权力,并与哈吉呼罗珊一起前往麦加。但是,他本人不能离开撒马尔罕。在酋长的教令得召集会议上,他被指控压迫群臣和不公正的判决,被判处死刑。
正在前往麦加的乌鲁伯格在撒马尔罕附近的一个村庄休息。他说如果没有可汗的新命令,他不应该去任何地方。在信使后面是纳加代的后裔阿巴斯,他的父亲几年前被乌鲁伯格下令处决。他说乌鲁伯格因背离伊斯兰教义而被判处死刑。阿巴斯的仆从将乌鲁伯格的手绑在沟边,让他跪倒在地,随后,阿巴斯一剑将乌鲁伯格杀死。
卜撒因 (1451-1469)的统治在卜撒因统治期间,帖木儿帝国开始瓦解。帖木儿王朝在西方的势力范围已经完全失去了控制。河中地区又来了大量的乌兹别克斯坦人。早在帖木儿统治期间,乌孜别克族便开始往河中移民并不断涌进,在卜撒因统治期间,他们已经对帖木儿帝国产生了严重影响。乌兹别克斯坦人在政府和军队中日益增长的影响力,使他们在未来获得了政治霸权。卜撒因向西进军以加强帝国威严的行动也失败了。在与黑羊王朝发生战争后,呼罗珊于1457年陷落,帖木儿帝国的首都赫拉特则于1458年陷落。1459年,黑羊王朝的统治者贾汉·沙签订条约,以赔款来返还赫拉特。
在乌尊哈桑将黑羊王朝统治者贾汉·沙击败后,卜撒因以保卫他的盟友Hasanali为由,袭击了阿塞拜疆。卜撒因相信他以前的盟友希尔万沙王朝还会再帮助他,所以他向希尔万移动。然而,希尔万沙王朝法鲁克·亚萨尔与阿尔达比勒统治者谢赫·海达尔站在乌尊哈桑一边,卜撒因的军队被完全封锁。军队内部很快便开始闹饥荒。乌尊哈桑没有接受卜撒因的谈判提议,并出人意料地击败了卜撒因。在这场败北之后不久,卜撒因就去世了。帖木儿之孙米尔扎·拜哈拉之子忽辛·拜哈拉于1469年攻占赫拉特并夺得政权。
忽辛·拜哈拉的统治 (1469-1506)埃米尔忽辛·拜哈拉是帖木儿之孙拜哈拉·米尔扎的儿子,在帖木儿的孙子之一,兼赫拉特统治者雅迪格尔·穆罕默德的领导下,统领着继卜撒因之后持续骚乱中的帖木儿帝国。在这里他获得了公共管理方面的经验。
1457年巴布尔去世时,内斗随即发生,忽辛·拜哈拉离开赫拉特前往麻里兀。随后,他娶了该地区的统治者穆祖丁·桑贾尔(Muizzuddin Sanjar)的女儿,并生下了长子巴迪·匝曼。
忽辛·拜哈拉在他的忠诚臣民和乌兹别克斯坦人沙迪贝的帮助下,控制了阿姆河奥兹博伊地区的一个小地区。不久之后,他消灭了沙迪贝,并扩大了他的控制范围,并在其他乌兹别克斯坦军队的帮助下,占领了马赞德兰。之后,他开始与赫拉特的统治者卜撒因作战。1469年,当卜撒因击败白羊王朝统治者乌尊哈桑时,他还攻占了赫拉特。
因此,在他统治的初期,忽辛·拜哈拉遇到了一些困难。卜撒因的儿子雅迪格尔·穆罕默德在乌尊哈桑协助下同意出军,并在他的帮助下短暂地占领赫拉特。在非常困难的情况下,忽辛·拜哈拉在1470年的夜袭中仅带领350人,夺回了赫拉特并消灭了雅迪格尔·穆罕默德。
忽辛·拜哈拉随后发动了战争,以保护赫拉特免受谢巴尼人(北部的乌兹别克斯坦人)的侵害,并在阿姆河沿岸加固他的堡垒。他控制了河中地区和花剌子模。
忽辛·拜哈拉延缓了帖木儿帝国的灭亡,暂时消除了内忧外患后,便将文学艺术作为优先之政,并以子治国,重新委任诸省长。在1400年代后期,年迈的忽辛·拜哈拉和他的儿子们开始遇到问题。他的儿子们想接替他,试图在政府中获得更大的影响力,但忽辛·拜哈拉不允许。忽辛·拜哈拉的长子巴迪·匝曼在这些纷争中扮演了比较重要的角色。
巴迪·匝曼没有安分地等到他父亲死后接替他的位置。他在1499年首次尝试叛乱,他围攻赫拉特并试图夺取他父亲的王位。虽然他的叛乱并没有成功,但在该事件发生后,帝国的声誉又动摇了。长期以来,已经成为国家威胁的乌兹别克斯坦人,趁着内战爆发之时,在帖木儿帝国境内起义。由于内战,帝国无法解决乌兹别克斯坦人问题。1506年,忽辛·拜哈拉开始与乌兹别克斯坦人作战,但出师未果就因年老而死。
忽辛·拜哈拉统治了帖木儿帝国37年,在此期间,赫拉特成为突厥文化所谓的“帖木儿文艺复兴时期”的中心。
衰亡忽辛·拜哈拉死后,其长子巴迪·匝曼继位。他与他的兄弟巴布尔一起试图完成对乌兹别克斯坦人的战争。然而,他们没有成功。乌兹别克斯坦人随后攻进赫拉特并控制之。在击败巴迪·匝曼和巴布尔后,帖木儿帝国于1507年灭亡。后来,巴布尔逃亡到印度,并在那里建立了新的大蒙古帝国。