《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》已于2020年1月1日起施行，该规定针对因行政协议纠纷引起的行政诉讼案件所涉及的受案范围、主体资格、举证责任、协议效力的确认等相关问题做出了明确规定。其中，关于案件的管辖法院问题，该规定首次明确规定了因履行行政协议产生纠纷而提起行政诉讼的，当事人可以协议选择案件的管辖法院。
该规定第七条规定：“当事人书面协议约定选择被告所在地、原告所在地、协议履行地、协议订立地、标的物所在地等与争议有实际联系地点的人民法院管辖的，人民法院从其约定，但违反级别管辖和专属管辖的除外。”根据本条规定，行政协议的双方当事人可以协议选择因履行本协议产生纠纷而提起诉讼时的管辖法院。双方在依据本条规定选择管辖法院时，应注意以下几点问题:1.必须以书面形式协议选择管辖法院，口头约定无效。此书面形式可以是直接在行政协议中约定将来发生争议时的诉讼管辖法院，如行政协议中没有约定管辖法院的，可在发生争议后另行签订协议选择管辖法院。2.所选法院必须与争议有实际联系，即双方可以选择“被告所在地、原告所在地、协议履行地、协议订立地、标的物所在地”的法院作为案件的管辖法院，但并不只限于所列举的法院。其他法院如果与争议有实际联系的，也可以选择作为案件的管辖法院。
3.选择管辖法院应遵守法律关于级别管辖和专属管辖的规定，违反该规定的，约定无效。如根据行政诉讼法规定，被告为县级以上人民政府的，案件一审应由中级人民法院管辖。如原告因行政协议纠纷以某区政府为被告提起诉讼，其约定的管辖法院为基层法院的，因该约定违反了级别管辖的规定而无效。4.双方可以选择的法院的个数，即双方是只能选择一个法院还是可以选择两个或两个以上法院作为管辖法院，该规定没有明确规定。但该规定第二十七条明确了“人民法院审理行政协议案件，可以参照适用民事法律规范关于民事合同的相关规定。”，而根据民事诉讼法相关司法解释规定，合同纠纷当事人可以选择两个或两个以上的法院作为案件管辖法院，原告起诉时，可以选择向其中一个法院提起诉讼。因此，行政协议的双方当事人也可以协议选择两个或两个以上法院作为管辖法院，具体由哪个法院管辖，则取决于原告起诉时的选择。
