行政协议具有民事协议的部分性质，双方可以在协议中约定违约责任条款，当发生违约情形时，守约方可以按约定条款向相对方主张违约责任。
当然，因为诉讼地位的不同，各方主张违约责任的方式也不一样。作为协议一方的公民、法人或其他组织可以原告身份提起行政诉讼，要求法院判决被告承担违约责任；而对行政机关而言，由于不能作为原告提起行政诉讼，故《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（2020年1月1日起施行，以下简称《行政协议规定》）第二十四条赋予行政机关直接作出要求公民、法人或其他组织履行协议的书面决定的权利。书面决定作出后，如公民、法人或其他组织在法定期限内既不申请行政复议，也不提起行政诉讼的，行政机关可以申请法院强制执行。
那么，当公民、法人或其他组织提起行政诉讼要求行政机关承担违约时，法院应当如何裁判呢？
首先，法院应主动审查行政协议是否合法有效。
无论涉及合同纠纷的民事诉讼，还是因行政协议纠纷提起的行政诉讼，法院均应主动审查合同或行政协议是否合法有效，不受原告是否提起审查要求的限制。只有合法有效的协议（合同）才会受到法律保护，当事人基于有效合同提出的权利主张才能得到法院支持。经审查，行政协议合法有效的，原告主张被告承担违约责任，法院应当判决予以支持。《行政协议规定》第十九条第二款规定：“原告要求按照约定的违约金条款或者定金条款予以赔偿的，人民法院应予支持。”故原告根据合法有效的行政协议要求被告承担违约责任的，法院应根据约定的违约责任条款和原告的诉讼请求判决被告承担相应的违约责任。
当法院经审查认为行政协议无效的，应当依职权向原告进行释明，并根据协议无效的原因和原告的选择，作出相应的裁决。
《行政协议规定》第二十二条规定：“原告以被告违约为由请求人民法院判令其承担违约责任，人民法院经审理认为行政协议无效的，应当向原告释明，并根据原告变更后的诉讼请求判决确认行政协议无效；因被告的行为造成行政协议无效的，人民法院可以依法判决被告承担赔偿责任。原告经释明后拒绝变更诉讼请求的，人民法院可以判决驳回其诉讼请求。”因此，当法院经审查认为行政协议无效的，应当先告知原告法院认为协议是无效的，并建议原告将要求被告承担违约责任的诉讼请求变更为确认协议无效。
原告变更诉讼请求后，如果是因为被告的原因导致协议无效并使原告遭受损失的，原告有权要求被告承担赔偿责任，法院应当判决支持。
经法院释明后，原告拒绝变更诉讼请求，坚持要求被告承担违约责任的，因行政协议无效，原告要求被告承担违约责任失去合法依据，故法院可以判决驳回原告的诉讼请求。
