抗逆转录病毒治疗（ART）对HIV感染者的健康和生活质量有显著益处。尽管如此，可扩展的有效治疗方法仍然是一个艰巨的挑战。
我们已经知道，HIV可以隐藏在全身的血液和组织细胞中。这种病毒可以保持休眠状态，能够重新激活。
这种潜伏的病毒是治愈的主要障碍，因为如果消除抗逆转录病毒治疗的压力，它会反弹。除了成为治愈的障碍外，大脑中持续存在的HIV还会导致脑部疾病的风险增加。超过 40% 的 HIV 感染者患有与 HIV 相关的神经认知障碍。众所周知，HIV隐藏在血液和组织中的CD4 + T细胞中，存在于淋巴结、脾脏和胃肠道中。然而，一系列研究在包括大脑在内的其他组织部位发现了HIV感染的细胞。直到最近，尚不清楚HIV是否会在大脑中持续存在。其他问题包括在大脑中发现了多少病毒，以及它是否能够复制。
有缺陷的HIV基因组：并非所有HIV都是一样的
科学家们早就知道HIV是一种容易发生突变的病毒。由此产生的病毒变异是在HIV治疗中使用多种抗逆转录病毒药物的主要原因。具体来说，突变病毒的遗传物质中可能包含大量缺失和其他突变。这些变化会使病毒无法复制。事实上，血液中的研究表明，体内>90%的HIV病毒无法复制。对包括大脑在内的组织的研究显示的结果不太明确。
大脑包含完整（功能）和缺失（有缺陷）的HIV基因组
来自RMIT和Peter Doherty感染与免疫研究所的一组科学家最近在《神经病学年鉴》上证明，HIV感染者和ART患者的大脑中含有完整的HIV病毒基因组，可能能够复制。他们还表明，与血液一样，大脑也包含大量非功能性基因组。
使用一种巧妙的检测方法来检测血液中有缺陷或功能性的HIV基因组，他们在美国国家神经艾滋病组织联盟（National NeuroAIDS Tissue Consortium）的大多数大脑材料中发现了完整的HIV基因组。他们还发现，大脑驻留的髓系细胞（免疫细胞的一个子集）含有HIV DNA。一个令人惊讶的发现是，无论人们是否接受抗逆转录病毒治疗，大脑中的HIV水平都是相似的。
HIV对大脑有什么影响？
总而言之，这些数据表明，在接受治疗的HIV感染者的大脑中存在完整的、具有潜在复制能力的HIV。这些发现很重要，原因有二。首先，能够制造HIV蛋白的完整HIV储存库的存在可能与ART感染者中持续的神经认知障碍有关。其次，大脑中这种完整的HIV病毒库可能是复制能力病毒的潜在来源，在没有ART的情况下导致病毒反弹。因此，未来的HIV治疗研究需要解决大脑储存库的问题。
