朝鲜战争中，彭德怀指挥中国人民志愿军给予美帝沉重打击，最终迫使美帝在停战协定上签字。但彭德怀元帅在朝鲜期间也遇到了各种困难和难题，比如：刚介入战争时朝鲜人民军的全面颓势，战斗力较差、敌人的强大、异常寒冷的天气等。除了这些，还有一个问题也始终在困扰着彭德怀，那就是如何与金日成沟通，如何处理与金日成的各种分歧。
各种资料显示，抗美援朝期间，彭德怀与金日成的关系一直都存在问题，双方有很多分歧，这些分歧贯穿整个朝战。
战争之初，朝方未曾通知中国，中国领导人甚至是从外国报纸上知道这一消息，美军参战后，朝鲜人民军全面溃散，联合国军越过三八线，中国的国家安全受到了威胁，这使中国领导人不得不在刚刚建国，国力还很羸弱的困难情况下做出参战的决定。周恩来曾抱怨朝鲜领导人无视中方屡次提出的美国将进行军事干预的警告。
战争期间，双方在指挥作战、南进策略、铁路运输补给线管理权、停战谈判签字时机等方面都有严重分歧。在争执激烈时彭德怀曾拍案而起，他也曾直率地当面问金日成：“到底是谁先发动的朝鲜战争？是美帝还是你们？”
甚至有传言说彭德怀因金日成有意保存实力致志愿军损失，而怒扇其耳光。
这样的传言，虽未有真实可信的确凿史料可以证实，但其却仍能流传甚广，也能从侧面说明一些问题。
彭德怀与金日成之间出现分歧，这其实很正常，彭德怀率几十万志愿军入朝支援朝鲜人民军作战，双方肯定会有很多问题需要通过沟通来解决，在沟通的过程中双方难免有不同看法，有时达不成统一，就必须需要一方做出妥协，积怨就由此而产生。
而且朝战期间，金日成出于朝方自身的考虑，在一些问题上自身利益考虑比较多，这令性格刚烈，讲话直来直去的彭德怀难以容忍。
事实上，分歧从中国志愿军刚踏上朝鲜的土地时就开始产生，志愿军数十万部队入朝后，金日成曾想由朝方来主导中朝两军的指挥权，彭德怀当然不能接受，彭德怀说：“我要对中朝人民，对几十万士兵负责！”
斯大林这时给出他的建议，他明确表示：志愿军当然应由中国的指挥员统率。
在意识到由朝方统一指挥中朝军队并不现实后，金日成又转而希望保持朝鲜人民军的独立指挥权，
金日成坚持朝方保留独立指挥的作法，很快显示出弊端，由于中朝军队之间缺乏统一指挥调度，导致各种混乱局面不断出现，甚至还发生了朝鲜人民军误击志愿军的事件。
而随着时间的推移，彭德怀也逐渐看出朝方在军事指挥上存在的问题，他对朝鲜方面的军事指挥能力越来越缺乏信心，他在给中央军委的电报中提到“朝方军事指挥异常幼稚，19日下令死守平壤，结果3万人未退出多少…”
彭德怀还指出朝方存在过度征兵和军事冒险主义的问题，这些问题不改变，都将直接对战况产生影响，这令彭德怀十分担心，他说：
“朝鲜党存在过度的征兵问题，这个问题异常严重，16~45岁男子全部征调入伍。入伍工人家属无人过问，一般群众没饭吃。一切无长期打算，孤注一掷的冒险主义从任何方面都可以看到”。
清晰的事实，促使彭德怀开始考虑军队指挥权归属的统一。为解决这个问题，毛泽东决定一方面请中朝两军最高指挥官直接面谈，协调双方立场，一方面向莫斯科说明情况，以求得问题的解决。但金日成在这个问题上表现得相当敏感，他坚持双方只派参谋担任通信联络。
彭德怀在中、苏、朝三方召开的会谈中提出，由他和苏方代表什特科夫及金日成组成三人小组，负责对军事问题进行协调和统一指挥。
不久，斯大林回电表示赞成由中方统一指挥，朝方派将领任副职，此事才最终得以解决。
1951年1月，中国人民志愿军赴朝作战第三次战役把美军和南朝鲜李承晚伪政权赶出了汉城。但志愿军方面也面临补给跟不上，部队人困马乏等诸多问题。而且根据当时的形势，冒险追击敌人极其危险，有可能误入敌人的包围圈。所以，当中朝军队先锋部队到达三七线时，彭德怀下令停止追击，结束第三次战役。
得知这一消息后，金日成气势汹汹地找到彭德怀，质问彭德怀说：“为什么不扩大战果，双方刚接触不几天，怎么就收兵了呢？这么大的事，应该和我商量啊！”
彭德怀回答说：
“志愿军入朝作战已整整70天。志愿军有大量伤亡，这个代价是巨大的，现在因制空权没有解决，部队面临运输困难，补给不上的问题，前方将士缺衣少食，20万指战员向前推进追击途中，有一半人的鞋子丢了，烧饭的锅也丢了，战士们在如此寒冷的冰天雪地里赤着脚、饿着肚子，叫他们怎么再追击？”
见金日成不说话。彭德怀继续说：
“据侦察，敌人退到洛东江，是想利用洛东江的天然屏障，在两岸加筑工事，诱我南进，加以歼灭，此时冒进，则必将导致重大损失，停止追击是按照第三次战役计划实施的，你们的代表参加了讨论，计划也送到你的手中。所以，按照计划办，没有必要再通知你。”
金日成说：“我对志愿军休整并不反对，但希望你们缩短休整时间，边休整边追击，可以先出动3个军追击，扩大战果，其余部队休整一个月再南进，南下即使不能消灭敌人，扩大领土也是很重要的。”
彭德怀认为，现在出动虽可压迫敌人再丢弃几个地方，但过早将敌主力压缩到釜山狭小地区，会促使敌拼死反抗，不利于分割围歼。
彭德怀说：“敌人是诱我南进，想将我军逐个围歼，如果继续追击，我军一定会吃亏的。”
双方争论不休，谁也说服不了谁，彭德怀拿出毛泽东1月11日的电报递给金日成，毛泽东在电文中说：
“朝鲜人民军一、二、三、五军团均可置于汉江以南第一战线，志愿军撤至仁川及汉江以北休整两个月至三个月。如朝方同志认为不必休整补充就可前进，则亦同意人民军前进击敌，并可由朝鲜政府自己直接指挥。志愿军则担任仁川、汉城及三八线以北之守备。”
金日成看到电报后，沉默不语，显得很不甘心，起身告辞离开。
很快，金日成又和朝方外交部长朴宪永赶到联军司令部，找到彭德怀，朴宪永首先列举了他所知道的一些最新情报，他认为，美军一定会退出朝鲜，我方应继续保持强大压力，不能留给美军喘息时间。
彭德怀反驳说，我不追击，美军正好可以退出。
金日成说：
“现在我们还没有打痛美军，赶快出动3个军，消灭了他的主力，打痛了他，他就会撤出朝鲜。”
金日成的天真冒进想法惹恼了彭德怀，他大声地说：
“事实证明，你们的很多看法都是错误的，你们过去说美国不会出兵，从不设想美国参战了怎么办！现在又说美军一定会撤出朝鲜，又不考虑美军不退出怎么办。我们不能主观行事，不能把希望寄托于侥幸，美军不会按我们的意愿办事。希望速胜却又不做具体准备，结果只会导致失败。打仗不是赌博，靠侥幸冒险，只能把战争再次引向失败。志愿军接连打了三仗，不补充不休整，怎么再能打胜仗呢？”
彭德怀越说越生气，他拍案而起，厉声说道：
“照你们的意见办，志愿军非吃败仗不可，志愿军休整补充一天也不能缩短，没做好准备，一个师也不能南进。我坚决反对你们这种轻敌冒进的思想，我彭德怀从来不打无把握之仗，如果你们认为我不称职，可以另请高明！”
彭德怀又说：
“你们既然坚持只要南进敌人就会退出朝鲜的意见，我只好提议，仁川至襄阳以北的全部海岸线警戒和维护后方交通线归中国志愿军负责，人民军第一、二、三、四、五等军团12万人，已休整了两个月，归你们指挥，照你们的意愿，向釜山方向打。美军如按你们所想象的退出朝鲜，我彭德怀双手鼓掌，庆祝朝鲜解放，庆祝朝鲜统一。如果美军不退，志愿军仍按原定计划向南作战。”
在彭德怀的坚持下，金日成只能妥协。斯大林得知此事后，他说：“中国志愿军的领导是正确的，真理在彭德怀手中。”
斯大林在电报中还措辞严厉地批评了苏联驻朝鲜大使，批评他不考虑主客观条件，主张强行南下，批评他不懂军事。并撤销其大使职务，回国听候处理。
毛泽东也致电金日成，他在电报中说：“必须进行充分的准备，才能继续作战，不然，就会重犯朝鲜人民军1950年6月至9月所犯过的错误”。
在停战谈判期间，金日成所统率的朝鲜军队虽无力独自抵御美军攻势，但金日成对停战谈判却表现出激烈抗拒的态度，后来金日成等朝方领导人逐渐认识到缔结停战协定在军事和政治上的必要性，但他们认为中方在谈判期间没能充分听取朝方的意见，对美国过分宽容，有太多让步。
特别是当7月27日毛泽东告之金日成，如果美国人坚持将现有的前线作为分界线的话，中方认为可以接受。但金日成却表现出极大的不满，他言辞激烈，声称这种让步是“严重的政治打击”，他还表示“我宁愿在没有中国人的帮助下继续进行战争，也不愿意作这种让步。”
在谈判期间，因为美国提出了过分的要求，中方遂表现出强硬立场，金日成的态度才有所好转。但苏联大使说：“最近朝鲜人对中国人的态度明显冷淡了，朝鲜人更加依靠苏联。”
彭德怀与金日成的分歧不仅仅局限于朝鲜战场之上，彭德怀在战场之外的一些事上，对金日成的作法也不赞同。1952年4月15日，是金日成40岁生日，朝鲜方面要为其举行祝寿庆典，并三次派高级领导来邀请彭德怀参加。
据志愿军参谋杨迪披露，彭总坚决拒绝。他不但拒绝前去给金日成祝寿，还非常看不惯朝方在战争仍在进行之中的这种不妥当做法。彭德怀认为，前方的指战员正在浴血奋战，每天都有将士牺牲，朝鲜国土仍处于敌人的轰炸之下，到处都是焦土与废墟，朝鲜人民正处在最艰难、最困苦的时刻，这时哪有条件搞什么祝寿庆典呢？况且金日成才40岁，祝什么寿嘛。
在朝鲜战场上，彭德怀勇于坚持已见，在重大问题上做出了正确的判断与处理。并在一些问题上努力说服金日成等朝方领导人，努力与朝方加强配合，与朝鲜军队加强协调，共同战斗，最终取得了这场战争的胜利，在战争史上谱写了两国联合作战的新篇章。
