湖北人民的反洋教斗争在19世纪末发展蓬勃。张之洞在督鄂后参与了多起教案的处理，其中既有对民族权益的据理力争，也有处于劣势时的妥协退让之策。刘平将张之洞处理教案的政策方法概括为，“对教案的起因，都有比较清醒的认识，对引发教案的教士、教民及事发后前来交涉的领事，都有一定程度的抗争。但是，对于反洋教的群众，张之洞则毫不心慈手软，予以镇压”。
田锡富认为，张之洞处理教案有与时俱进、因地制宜的特点，张之洞可以根据教案每个时期的特点，不断调整对策。“张之洞的阶级属性和本身的利益，决定了他初期对教案的处理只能是遵循清朝政府采取的出卖民族利益和群众利益的办法。而他后期对教案的处理，既表现出了他的才能，客观上也起到了保护部分无辜群众，抵制侵略者的政治压力，缓解群众与清朝地方政府和传教士矛盾的作用”。
19世纪90年代，湖北地区民间自发的反洋教运动发展蓬勃，各地教案的发生更是此起彼伏，无处不有。后来受维新运动影响，两湖地区的仇洋情绪愈加高涨，使得张之洞的辖区更加动荡不安。
（一）提拔与奖励擅长处理中外交涉与民教纠纷事务的人才湖北省的汉口、宜昌等地，洋商云集，中外交涉事务繁重。“现在当务之急，尤以开采、制造诸事为先，必须精于综核、勇于任事之员，方足以备任使”。也就是说，张之洞要想治理好湖北，急需委用熟悉洋务的人才。“方今时局艰危，人才缺乏，先须端学术、正人心，又不能不通海外各国之情势，储经济应变之群才”。于是，张之洞提拔了一批善于办理洋务和处理民教纠纷的官员，协助他处理诸如教案等中外交涉事务。人才选拔的标准是，要能洞察各国情势，通晓经济时务，还要懂得应用变通。
张之洞到鄂之初即选调两广洋务干员赴鄂，帮助办理洋务交涉事宜。比如蔡锡勇，熟悉洋情，办理洋务经验丰富，“近来粤防交涉、创造一切事务，悉以咨之”。加上蔡锡勇“通达时务，体用兼赅”。他无疑是张之洞幕府中最擅长办理洋务的人才，值得委以重任。又如凌兆熊，擅长洋务与西洋法律，“于洋务西法，俱能殚精考究。……于交涉事宜，深资得力”。因此，凌兆熊也是张之洞处理外交事务的得力助手。张之洞正式出任鄂督后，他也挖掘、吸引了一批外省洋务人才。其中的佼佼者就是时任分省补用知府，“洋务通博，尤能研究中外商务”的钱恂。钱恂特别受赏识，“于外洋政事、学术，确能考索要领，贯澈源流，期于有裨使用，不仅传说皮毛，以炫异闻”。
张之洞夸奖他不仅拥有办理洋务和商务的才干，而且心志坚定，周游列国后仍能不媚外不媚俗。加上钱恂特别擅长办理中外交涉案件，精于中外约章和各类法条法规，“盖太守最精交涉案件，故于约章最为留心，搜辑宏富，且善勾稽，诸条多加案语，将以汇刻，以便有心人观览，诚巨观也”。张之洞一度认为钱恂办理洋务的才能无人能比，“其密实知要，未有能过之者”。另外，张之洞也挖掘了一些擅长外语，可以协助帮办洋务事业的人才。比如辜鸿铭被任命为铁政洋务局翻译，主要负责翻译洋书、洋报，就是因为他“素精英文，兼通德法文”。又如张斯栒“精通方言，历办交涉事宜”，被委派总办自强学堂，并办理张之洞衙门的洋务文案。
此外，张之洞经常提拔、举荐擅长办理洋务和处理民教纠纷得力的官员。在1891年（光绪十七年十二月初七日）呈交的《胪举道府人才折》中，张之洞盛赞湖北候补道曹南英“实为湖北候补道中出色之员”。这是因为曹南英通过与领事辩论处理，终于办结了鹤峰州民人剜伤教民夫妇双目之案。又如时任湖北候补道员裕庚，成功办理了武穴、宜昌等教案。张之洞在在《道员裕庚办理教案得力恳送部引见折》中，对裕庚不吝夸奖，“于洋务事体尤能扼要中肯，操纵有法，深协机宜。
本年湖北武穴、宜昌教案叠出，甚为棘手，外省讹传纷起，众情惊扰，该员相机因应，拒理折驳，卒能妥为议结，不致枝节横生，洵为办理交涉最为得力之员”。又如盐运使衔湖北尽先补用道沈保祥署理汉阳府时，各地教堂被打毁之事频繁发生。为了平息汉阳一镇的谣言，安定人心，杜绝流弊，沈保祥率领当地官绅创办官方的育婴堂，“另立舍宇，广筹经费”。在1895年（光绪二十一年十二月）的《保荐人才折并清单》中，张之洞向朝廷举荐了奏调江南差委分省补用道黄遵宪。这很大程度上是因为黄遵宪办理五省教案的方法和效果让张之洞很满意，“先办江省各案，皆系积年胶葛之件，与法领事精思力辩，批隙导窾，该领事颇就范围，挽回甚多，已咨明总署有案。是其长于洋务，确有明征，堪胜海关道之任。
（二）镇压会匪与反洋教运动19世纪90年代，长江会匪活动猖獗，湖北自然也受波及。湖北位于长江上游，作为各省通衢，亦是水陆交冲、华洋杂处的要地。湖北省的地理、交通环境给了这些法外之人很大的发展空间。“鄂省渭南北要冲，游匪素多。始则长江上下游一带，近则襄河上下游一带，处处皆有，根株盘结，消息灵通。该匪等开立山堂，散发飘布，分授伪旗伪号，与教匪游勇，流氓地痞暗相句结，趁机煽乱。各属所获会匪各案，起到飘布、印章、板片、及所讯名目口号，词意悖逆，先让人谋为不轨”。
1891年（光绪十七年），长江沿岸城市教案频发。“本年沿江上下教案叠出，轮船往返，时有劫夺之案”。会党趁机在沿江重要地方散布谣言，煽动民众生事。“溯自本年三四月间苏湖等处滋闹教堂之后，沿江一带谣言四起，处处堪虞”。
张之洞命地方文武官员严密防范，尤其注意保护地方上的育婴堂和教堂，幸而通商口岸等重要区域尚未有民教滋扰之事。武穴、宜昌教案是这一年发生在张之洞辖区内比较重大的教案。“况近年来沿江一带，会匪散步句煽堪虞，武穴教堂先滋事端，宜昌继之，情形尤重，各处匪徒无不乘机思逞”。
与湖北仅有一湖之隔的湖南情况亦很严重，会匪到处趁机作乱，频繁酿出巨案。“湘属各省盗匪今日尤为繁多。总由年来宿将彤谢，会党日多，乘隙生心，乱徵已见”。此时一旦湖南和湖北的会匪配合生事，官府的兵力并不足以及时控制事态。“湘鄂接壤，若匪党蠢动，四处响应，调拨则无兵可分，招募则咄嗟莫办。上游有警，各路震惊，驯至燎原势成，图之已晚”。综上可知，1891年的长江教案对湖北、湖南两省形成了巨大的威胁。会党到处生事不仅破坏了官府维持的地方秩序，会党攻击教堂和教民很容易酿成外交事件。“方今交涉事体最关紧要，何堪再有枝节”。
为了镇压会匪，稳定地方秩序，张之洞决定添募兵将，驻扎地方，清剿和拿获会匪。但如果会党持续在各地流窜生事，官府必定没有足够的兵力担起防护查办、弹压保护的责任。因此，添募营勇势在必行。张之洞解决兵力不足的方法有两个，第一，让地方官绅组织团练保甲，平日要加强训练，多多巡查地方。“谕知各帮首士，公举精明干练一人，接充保甲，巡査街道事宜。务须与地方文武互相联络，声气相通，以慎保甲而靖地方”。第二，让江汉关道选派得力兵将从事巡查工作。
“遴选得力哨弁，前往按带该卡炮船，认真巡査，俾免贻误”。张之洞弹压查拿会匪，遵循“宽严互用，劝惩兼施，……化莠为良，永弭后患”。长江沿岸的会匪问题，由来已久。追根溯源，从乾隆、嘉庆年间开始，四川、湖北的教匪就开始在湖北与陕西、四川交界地带纠伙生事，由于地方文武散漫敷衍、没有实力惩办，导致教匪成燎原之势，朝廷花了十多年时间才彻底平定。
直到光绪年间，湖北也时常有会匪生事。张之洞上任后，命令地方文武官员务必严肃办理，杜绝乱萌，“随时解散胁从，查缉首要”。地方上要严密查缉，抓拿游勇、会匪，情节严重者在审讯明白后禀请上级就地惩办，以此杜绝会匪继续滋事的可能。张之洞对待手下官员赏罚分明，查办得力、捉获要犯的会得到奖赏，敷衍办案导致匪祸延绵不绝的则必须接受严惩。
“如有不法重情，讯明即行禀请就地惩办，以杜乱萌。傥有漫不经心，毫无觉察，以致党众滋蔓，定即从重参办。果能认真查缉拿获著名要犯，亦必从优给奖”。另外，考虑到会匪经常在川、楚、陕等省的交界地带流窜生事，张之洞命令地方府州转饬其属下所辖地方随时一体严密查缉会匪、游匪。“如果实系纠伙匪首及听纠入会甘心为逆犯有不法重情”，立即派兵拿获，审明案情，就地惩办。
1891年，长江教案频发。张之洞屡次严明地方文武官员和水陆防营，要清查地方保甲，整顿军纪和民兵。张之洞此时的重点放在捉拿会匪首领，“如能访获会匪首犯，消患未萌，遵旨随案照异常劳绩请给优奖。如妄拿无辜，扰累闾阎，严行参办”。捉拿和惩罚会匪，张之洞讲究分别处理，除莠安良，宽严详加，赏罚分明。一般来说，需要严惩的会匪有“匪首”、“头目”，他们“倡立山堂名目、自刊票板并伪印木戳等件”，“领受票布辗转纠人”，“在会中充当坐堂、陪堂、刑堂、礼堂者”。
已拿获的会匪著名头领要立即正法，“非立置重典，不足以昭炯戒”。其他从犯则根据犯案轻重分别处置，一般不是让其返回组织侦查敌情，就是根据犯案轻重接受不同程度的监禁。对于那些供词狡猾或者罪证不清的会匪，则暂时收监等候审讯，待审明罪证后再分别办理。对于仍在逃的著名头目，继续悬赏缉拿，以绝后患。至于被胁迫入会、没有犯事的普通会党成员，或者是主动自首的会党，“宥其既往，准予自新，概免治罪”。
1892年（光绪十八年），会匪在楚豫两省边界生事。“查楚豫沿边一带，近年以来哥老会匪颇多。又向有灯花教匪即白莲教之类，行踪诡秘，飘忽靡定，与刀匪、会匪互相句煽，根株纠结，蔓延日广。往往越境行劫，此拿彼窜，恃众窝藏，动辄拒捕”。当年夏天，襄阳、谷城、光化一带流行疫病。会匪借机生事，造谣并煽动民众攻击教会和教民。
“照得襄阳、谷城、光化一带，近因时疫流行，哥老会匪与灯花教匪乘机煽惑，借教堂为名，造谣揭帖，防火焚毁民人及教民房屋”。襄阳的位置重要，连接陕西、河南二省，是郧阳的咽喉之地，也是湖北省的北部要地。为了压制襄阳、郧阳一带土匪的势力，必须派出大量兵力前往弹压。张之洞派出襄阳道、府、营、县的兵勇，查拿弹压匪徒，抓获防火烧屋抢劫之匪徒，悬赏捉拿造谣、张贴揭帖的匪徒。
