首先，要明确的是，罚款是一种行政处罚措施，只有具备行政处罚权的行政机关或授权组织才能实施。一般来说，公司作为民事主体，并不具备处罚权。因此，员工在公司抽烟被罚款并不合法。

从法律角度来看，公司并没有权利直接对员工进行罚款。根据《中华人民共和国行政处罚法》规定，行政处罚权只能由具有行政处罚权的行政机关、法律法规授权的组织以及受行政机关委托的组织依法行使。而公司作为民事主体，并不具备这样的权力。

当然，这并不意味着公司不能对员工的行为进行约束。作为雇主，公司可以在劳动合同或员工守则中明确规定员工的行为准则。例如，在某些行业或岗位中，由于抽烟可能会对工作环境或他人造成不良影响，公司可以在员工守则中明确规定员工不能在指定区域外抽烟。

此外，公司也可以将员工抽烟的行为视为严重违反劳动纪律或规章制度的行为，从而赋予公司相应的劳动合同解除权。但这并不意味着公司可以直接对员工进行罚款。如果发现员工有抽烟行为，公司可以采取其他措施，如给予警告、记过等处分，或者根据员工守则进行相应的处理。

总之，作为雇主，公司可以采取适当的措施来约束员工的行为，但不能直接进行罚款。如果公司要对员工进行罚款或其他行政处罚措施，需要先征得员工的同意或符合相关法律规定。