官塞被轰成一片废墟。大金川土司索诺木被包围后，口粮用尽。乾隆四十一年二月初四，二十五岁的大金川土司索诺木已走投无路，带了两千余人出塞投降。 索诺木投降之后，阿桂以八百里红旗捷报，不分日夜，飞驰前往北京报捷。八天之后，乾隆得闻喜讯，涕泪交集，当即将身上的黑狐狸皮马褂解下，赏赐给阿桂。军机大臣早已拟定好谕旨，待大金川平定后，立刻封阿桂诚谋英勇公，海兰察毅勇公，大小将领，皆有厚赏。 大小金川之战，乾隆凭借天朝的雄厚国力，以巨大的代价将大小金川铲平。 自乾隆三十六年（1771）七月出兵，至乾隆四十一年，大小金川彻底平定，历时五年。此次战役，军费开支在六千三百万两左右。清廷先后调兵十二万五千余人，大小百余战，攻克碉楼、木城、石卡三千三百余座，总计歼灭所谓“番兵”一万九千二百人。 清军阵亡计官员六百九十九人，兵丁九千七百一十三人。 战后，乾隆指示给阿桂，所有大小金川番兵，必当尽杀无赦，即使十六岁以下的男番，也都被扔入河中淹毙。大小金川的能工巧匠则被挑选出来，送往北京做工。俘获的大小金川各地男女老幼，共计两万八百余人，大部分被封赏给了帮助清军作战的土司，另有七千七百余人被充作兵弁。此外，还有两万余民众在战争中被清军诛杀。此番杀戮，极其残酷， 据金川番民道：“阿桂将军心不好，在南路把我们的人杀了许多。在美诺萨木果木桥外卡子上，一鸟枪一个，将我们的人杀了许多。” 经过此战，大小金川从此一蹶不振。大小金川不但在人身上被拘禁，在信仰上也被彻底改变。大小金川地方本来信奉苯教。苯教是西藏地区原有的宗教，佛教传入西藏后，在藏地占据了主导地位，但金川地区却一直信奉苯教。通过苯教，金川各地民众被牢固的粘合起来。每逢战事，苯教喇嘛纷纷出动，利用巫术诅咒清军，鼓励大小金川的斗志。战后，在金川地区，清廷禁止苯教传播，将所有喇嘛庙拆除，喇嘛则全数被发配到各地喇嘛寺庙做仆役。