众所周知的“扬州十日”、“嘉定三屠”、“江阴八十一日”，其实只是清军屠杀的冰山一角。
一、南昌之屠
顺治五年（1648）正月，江西总兵金声桓与副总兵王得仁因清廷内部利益分配不均，在南昌宣布反清归明。
多尔衮得知后，迅速派遣满洲正黄旗的固山额真谭泰为征南大将军，带领满、汉、蒙军队从北京出发，前往江西镇压金声桓和王得仁的起义。
七月，清军围困南昌，并分兵四处出击，消灭外围据点，切断南昌与周边州县的联系。围城后，金声桓和王得仁多次组织突围，但均未成功。
到十月，南昌城内物资极为匮乏，米价飙升至一石六百两银子，甚至出现了杀人取食、拆屋做饭的惨状。许多百姓为避免饿死，纷纷逃离城中，但谭泰下令一律屠杀。
为了攻破南昌，清军抓来大量劳工挖掘壕沟、修筑土城，酷热天气下，清军不断催逼，导致许多劳工被累死或热死。死后，清军将尸体丢弃在壕沟中，臭味弥漫数十里，苍蝇蚊子遮天蔽日。
顺治六年（1649）正月，金声桓的副将杨国柱携带红夷大炮投降清军，谭泰趁机发动猛攻，于正月十九攻陷南昌。金声桓身中两箭投水自尽，王得仁被俘后被肢解处死。
清军围困南昌数月，最终攻破后，出于报复心理，对南昌进行了无差别的大屠杀。《江变纪略》记载，城破时“十存二三”，街道“尸骸蔽江”，二十多万百姓被清军屠戮。
二、湘潭之屠
′顺治五年（1648），南明小朝廷趁金声桓在江西反正、李成栋在广东反正之机，在湖南发动大规模反攻，收复了不少失地。多尔衮得知后，任命郑亲王济尔哈朗为定远大将军，统率八旗劲旅迅速进入湘地支援。
顺治六年（1649）正月，济尔哈朗大军进入湖南，南明湖广总督何腾蛟因部下无能而屡次溃逃，清军一路势如破竹，几乎没有遇到抵抗便抵达离湘潭不远的道林。通过俘获的明军士兵，济尔哈朗得知何腾蛟正在湘潭城内。
正月二十一日清晨，清军快速行军，出其不意地包围了湘潭。当天，清军便攻破湘潭，俘获了何腾蛟。进入湘潭后，济尔哈朗以“邑人多贰于圣朝”为由下令屠城。
清军从正月二十一日开始屠杀，直到二十六日才停止，二十九日才结束，湘潭城中的百姓几乎全被杀光。逃到乡下的文人汪辉，记录了他半个月后进城所见的惨状：近前则足软，欲退又不能，魂飞魄散，心胆惧寒。
时血迹尚鲜，腥臭逼人，立身无地，有食亦不能下咽，尸骨纵横，惨不可言。市上人民不止二三十，城中不满百人，受伤未死者数十人。
三、广州之屠
顺治六年（1649）五月，清廷将恭顺王孔有德改封为定南王、怀顺王耿仲明为靖南王、智顺王尚可喜为平南王，并命孔有德率军从湖南进攻广西，耿仲明与尚可喜则合兵从江西进攻广东。
顺治七年（1650）三月，尚可喜与耿仲明抵达广州城下。尚可喜见广州城防坚固，决定采取围城策略，一方面挖濠修垒，另一方面加紧铸造大炮以备攻城，同时增造船只，水军与陆军相互配合。
此时，南明镇守广东的是杜永和。虽然被围困，杜永和也没有坐以待毙，屡次主动出击，但均被清军阻挡。
广州被围后，杜永和派出7000余人直奔尚可喜的中军大营，尚可喜早有准备，明军大败，斩首数千。杜永和几次出击都被击退，广州百姓全力支持抗清，积极抵抗。可惜实力悬殊，广州的抵抗最终无济于事。
到十月下旬，清军铸造大炮完毕，尚可喜下令全力攻城。十一月初二，清军调集所有援兵大炮，轰塌广州城西北角，尚可喜指挥清军攻入城内，广州失守。
在巷战中，明军死伤惨重，杜永和见大势已去，乘船逃往海南，最终向清军投降。清军占领广州后，尚可喜对广州军民的抵抗十分愤怒，下令屠城，士兵们疯狂屠杀、抢劫，男女老幼无一幸免。大屠杀从十一月二十四日持续到十二月初五，广州城几乎被屠成一座空城。
《橡坪诗话》记载：城前后左右四十里，尽行屠戮，死者六十余万人。《广州市志》记载：顺治七年（1650），清军攻广州，死难者达70万人，东郊乌龙冈，真修和尚雇人收拾尸骸，聚而殓之，埋其余烬，立碑合葬。
四、其他屠杀
此外，顺治六年（1649），清军在大同屠杀，史载“城破后无分军民，尽屠之”，约40万人遇难；大同失陷后，清军又在汾州、太谷、沁州、泽州等地展开报复性扫荡，汾州及周边地区遇难者约70万人，汾州城内“尸积如山，血流成渠”。
顺治十年（1653），清军在潮州屠杀，持续数日，记载称“街巷血流成渠，幸存者不足百人”，约10万人遇难。
此外，还有一些“小屠杀”，如顺治元年（1644）的济南之屠、顺治二年（1645）的昆山之屠、顺治三年（1644）的赣州之屠和金华之屠、顺治六年（1649）的南雄之屠和信丰之屠等，遇难人数均在数万人。
我们不能否认，在改朝换代过程中，屠杀现象不可避免，但像清朝这样大规模、长时间、持续性的屠杀实属罕见，这反映了满洲民族的落后及对统治中原的不自信，他们遇到问题只懂得用屠杀来解决，用暴力来震慑。
清军的大规模屠杀导致中国人口锐减，明末时中国人口约1.5亿，到康熙五十年（1711）仅剩6000余万，清初的屠杀与战乱至少造成约5000万至1亿人死亡，形成了“县无完村，村无完家，家无完人，人无完妇”的惨状。
尽管清廷在康熙中后期转向文化怀柔政策，但早期的暴力已深刻影响了满汉关系和中国社会结构，历史教训十分惨痛。
