一六三六年，清朝军队进入关内，改名为“大清”，正式建立了自己的政权。清代基本继承了明代的体制，例如将布政使、按察使两个官职不变，唯独将都指挥使一职取消了，原因何在？

都指挥使的作用及其制约。说到都指挥使，首先要说的是最早的卫所制度。洪武三年，明代军制变革，将一批卫提升为“都卫”，其中大部分都设在行中书省，但也有少数几个“都卫”并非完全与行中书省相一致，例如“建宁都卫”，就是参照地方“卫所”的数目与战局而建立起来的，至于“驻京”，则是其中一个“特例”。到了这个时候，都卫军也有了一个特性，那就是不能世袭。在此期间，各地域的都卫有其各自的特点。从大同都卫和定辽都卫来看，这两个都卫所承担的责任是如何区别的。由于大同都卫处于兵家对峙的第一线，或者由于战事紧张，或者由于当地的政体尚不健全，无法应对当地纷乱复杂的军情，因此，大同都卫在兵家经营中扮演着举足轻重的角色。“戊戌，定辽都卫奏设辽阳府县，”，由此可见，“定辽都卫”可以作为一道政令的策划人，而“辽东州县”的建立，则意味着“定辽都卫”将由“兵权”转为“行政权”。都卫的作用各不相同，但是它们存在的意义却是相同的。都卫通常设在要害之地，因而对邻近的卫所也有管辖之权。其区别在于，大都卫地处内地，隶属于行中书省，相当于一个地区的驻军；而边陲之地，则是因为边陲之地兵权重重的缘故，加上当地政府尚不完善，所以都卫更多的是作为一个军部来管理。

明代在洪武八年，将所有的都卫军改名为都指挥使司，这个改名后的都指挥使，与前面所说的都卫有着很大的不同。改称都指挥使，直隶大都，不再隶属各行省，这是行省取消的一项预备工作；而且都统并不是由军队来管理，而是由两个或者两个卫所来管理。为了便于改革，行中书省的护卫队，将会被重新设置为都指挥使，其他地方的护卫队，将会被重新设置为行都指挥使司，而那些地处偏远，又没有对应行省的特殊护卫队，将会被重新设置为实土都司，依旧履行着对军队的行政职能。此时都指挥使司依旧是一省最高的军部，而行都指挥使司则是协助都指挥使司完成任务。都只会十四与行都指挥使司之间，并无上下之分。总体而言，这都指挥使府乃是一省一级的行政机关，其职责就是统领一方区域内所有军事事务，如练兵，屯田，漕运等等，而在某些偏远区域，除了军事事务，还涉及到民间事务。但事实上，都指挥使的权力很大，这也是为什么大明王朝会对他有所约束的原因。首先，都指挥使是不能世袭的，必须是“指挥使”以上的官员，或者是通过了科举考试的人，都指挥使一般都是五年任期。其次，为了避免都指挥使以权谋私，朝廷还会派出巡抚坐镇各地，监督各地的工作，第三，都指挥使司虽然名义上是一支军队，但是真要打仗的时候，指挥作战的并不是都指挥使，只是一个临时性的官员而已。而这一系列的制约，也为明末的都指挥使之职名存实亡，以及清代的废黜奠定了基础。

清代都指挥使司的废置与缘由。首先，都指挥使，到了大明朝后期，基本上就只剩下了一个名义上的存在。《明史》中记载：“重绿布，严武弁，以士卒为劳役，士卒怨声载道。”这就意味着，在明代，高级军官比低级文官还要低级，即使在打仗的时候，也没有任何统帅军队的权利，只能依靠朝廷派来的临时性官员。到了明代后期，都统在持续受到压制和生活条件的制约下，已经失去了原有的功能。其次，明代想要形成一种属于自己的体系。大清王朝经过了一个新的王朝，当然要有自己的体系，于是大清王朝就设置了一个都统级的职位，这个职位全部都是八旗的人来做的，有八旗的人来管理军队，就没有什么都指挥使的必要了，于是就取消了这个老职位。最终，设置了都统来约束八旗。八旗军艺高强，为清代统一中原做出了巨大贡献，然而，面对如此庞大的军队，统治者们却不得不面对现实。《大清会典》中有“总管满洲，蒙古，汉军八旗之政令”，这就是都统的职务，都统乃是清政府委派下来的，可以说，都统必须是得到清政府信赖的人才能够胜任，都统除了要治理军部之外，更要治理民间，为的就是能够更好地控制八旗，既然将所有事情都交到了都统手中，那么都指挥使也就没有什么存在的意义了。