狄仁杰对自己的父亲和母亲都很好，对自己的同事和朋友都很照顾。他在并州当差时，曾有一位同行郑崇质奉命去远方办公事。郑崇质的娘亲，年纪大了，身体不好，家中也无人照料。郑崇质心中充满了担忧。狄仁杰说道：“您的母亲病得很重，您又被派去执行公务，您不能让您的母亲担心！”所以狄仁杰就主动找到了长史蔺仁基，要求他改变主意，他自愿顶替郑崇质的公差。蔺仁基等人深受触动，遂与司马光、李孝廉等人言归于好。
被诬陷，幸免于难狄仁杰之后又被派往宁州（现在的甘肃宁县）做刺史。他在位的时候，平定了戎夏之乱，深得民心。他每到一个地方，都会弹劾几个贪官。当他来到宁州时，无论他走到哪里，哪里的百姓都会歌颂狄仁杰。郭翰举荐有才能的人，被狄仁杰封为冬官侍郎，并出任江南巡抚使。之后，狄仁杰又被派到豫州做刺史。唐太宗的八子越王李贞，为了反对武则天的专制统治，率军出征，但由于人数上的劣势，最终被打败。六七百人受到了惩罚，还有五千人被惩罚为奴。司刑使催促处死。狄仁杰秘密上疏，劝武则天对无辜牵连着从轻发落。武则天接受了狄仁杰的忠告，特地下诏，把他们全部赦免死罪，并把他们贬往丰州。因为狄仁杰不肯领兵征讨李贞，而张光辅却放任兵丁欺压平民，张光辅心中愤懑，回京后便向朝廷上书，指责狄仁杰怠慢上官。狄仁杰也因为这件事而被降级到了复州。之后，他被调到了洛州，成为了一名司马。
狄仁杰在天授二年（691)9月，升职为地官侍郎，判尚书，同凤阁鸾台平章事。可就算是这样，他也没能逃过武则天最信任的奸诈之徒来俊臣的毒手，最终，他被扣上了叛国的罪名，打入了地牢。在这一时期，在司法审判上，有一个潜规则，即犯人只要一被审讯，立即坦白认罪，就可以免除一切酷刑，甚或免除死刑。来俊臣将狄仁杰定为叛国罪。狄仁杰叹息道："大周变法，天下皆新，我原为李唐之人，愿受死。事实就是如此！”来俊臣在狄仁杰的“配合”下，渐渐放下了戒心，很少使用严刑拷打。王德寿判官对狄仁杰说道：“你若肯告发杨执柔也有造反的嫌疑，就算戴罪立功，也能减轻刑罚，而不是处死。而我，正好借着这次机会，多加些功劳。狄仁杰道：“我和他素不相识，怎么能让他参与到这件事中来？”王德寿说道，“他曾经是你的人，有了这个证据，他才会被抓到这个案子里来！”狄仁杰抬头看着天空，深深地叹了一口气，说道：“皇天后土在上，我狄仁杰不会做出如此丧尽天良的事情来！”王德寿吓得魂飞魄散，连忙给狄仁杰赔礼道歉，再不提这件事了。
在狄仁杰认罪之后，来俊臣和他的手下们都放松了警惕，因为他们觉得，只需要等待一个合适的时机，就能将他处死。狄仁杰乞讨典狱官送他笔砚，把棉被拆开，在上面把自己的冤屈一件一件写下来。然后将帛书塞进棉衣之中，又对王德寿说道："如今天色渐暖，你将此棉衣交给我家人，叫他们取下内层的棉花，然后再拿回来，或作单衫。"王德寿不以为意，便命人将棉衣带到狄仁杰家中。狄仁杰之子狄光远打开棉衣，见到其父手书，便将此物送上朝堂。武则天看到这封信后，便叫来俊臣问为什么。来俊臣故作诧异地说道：“狄仁杰在监狱里受了那么多苦，哪有什么严刑逼供的说法？”武则天半信半疑，立刻派出特使前来查看，来俊辰急匆匆地让人为狄仁杰准备妥当，然后让王德寿模仿狄仁杰的语气，写了一封请罪书，说自己已经服了刑，没有任何怨言。这封信被送到了武则天的面前，由她亲自过目。
武则天仍然心存疑惑，便把狄仁杰叫到跟前，质询道："为何你自己要认罪？"狄仁杰说，当日若不是我认罪，我早已受尽折磨而死。"武则天问道："你为何还要写请罪书？"狄仁杰矢口说："我从来没有写过请罪书。"武则天把狄仁杰的请罪书交给他，却发现是有人冒充了他。武则天认定狄仁杰是无辜的，便下令宽恕他，并降职为平定平定朝野使。武则天的侄子武承嗣曾屡次向武则天请求处死狄仁杰，但都被拒绝了。
