晋元帝司马睿是东晋阳的开国皇帝，是西晋宣帝司马懿的曾孙，琅邪恭王司马觐的儿子。

在司马睿十五的时候袭封琅邪王，在八王之乱后一直依附在东海王司马越身边，先后担任平东将军、监徐州诸军事，后来留守在下邳。

在永嘉之乱爆发以后，他运用王导献出的计策，南下寻求发展机会，在永嘉元年移镇建邺，后来在王导、王敦两兄弟的精心辅佐下称王。

他礼待南北士族，消灭反抗势力，在晋愍帝被汉赵军队俘获以后，司马睿自封晋王。在太兴元年，司马睿知道晋愍帝死讯以后，继承皇帝位，建都建邺，史称东晋。

在东晋建立的过程中，琅琊王氏贡献最大，甚至初现“主弱臣强”的局面，使得司马睿不得不在政治方面听从王导，在军事方面依靠王敦，当时有人说“王与马，共天下”。

但是司马睿不甘于被人摆布，开始重用刘隗、刁协、戴渊等人，推行以法御下、重新调整中枢、搜括户口，推出并实施了一些加强军权的举措，企图逐渐削弱王氏兄弟的权柄，进一步振兴皇权。

在永昌元年，一向非常有野心的王敦以诛杀刘隗为名，在武昌起兵，直接攻入建邺，杀死戴渊，将司马睿这个皇帝软禁。

王敦在训诫朝廷君臣后，直接退回武昌，遥控朝廷。司马睿对比愤懑不已，最终只能在忧愤、无奈中病逝，享年四十七岁。谥号是元皇帝，庙号是中宗，葬在建平陵。

司马睿是在世家大族支持之下做了皇帝，他和这些高门大族之间存在很多矛盾，受制于高门贵族，这种君弱臣强的格局甚至对后面整个东晋的发展产生直接影响。