西安事变后，国共两党决定停止内战，一致抗日。陕北的红军统一改编为国民革命军陆军第八路军（简称八路军，后改称第十八集团军），留在华东、华南数省的游击队改编为国民革命军陆军新编第四军（简称新四军）。

东南局书记、新四军政委项英

1937年10月2日，根据国共两党多轮谈判，国民政府军事委员会正式宣布成立新四军，并于1938年1月6日，在江西南昌正式成立军部，下辖四个支队，共一万零三百多人。

由于新四军属于国民革命军序列，自然受国民政府军事委员会领导，也由于新四军在第三战区的辖区内，所以也受第三战区指挥，时任第三战区司令长官是顾祝同。

1939年6月，叶挺决定处死新四军第四支队司令员高敬亭，他直接请示国民政府军事委员会委员会蒋介石，获得批准，虽然高敬亭属于错杀，但是新四军从指挥体系上说，请示国民政府军事委员会也算符合程序，当然，蒋介石巴不得枪决当年一直无法剿灭留在鄂豫皖根据地的高敬亭部最高领导人，所以当叶挺请示枪决高敬亭时，蒋介石批准立即执行。

叶挺也请示了延安的中央军委，但是新四军接到延安决定不杀的指示时，叶挺已经枪决高敬亭了。

周恩来（中）与新四军主要领导人军长叶挺（右），政委项英

新四军由共产党领导的南方八省游击队改编，军队自然也受共产党领导，按照中共组织领导指挥体系，新四军一方面受中央军委指挥（新四军设中央军委新四军分会，由项英任书记，陈毅任副书记）

新四军自成立后在党内一直接受中共长江局领导，（长江局书记王明，副书记周恩来），项英时任东南局书记，饶漱石、曾山任副书记，东南局（也称东南分局）接受中共长江局领导。

周恩来与新四军领导人合影

中共召开六届六中全会后（1938年9月），长江局撤销，成立南方局和中原局，周恩来和刘少奇分别担任书记，新四军受中原局领导。

皖南事变后，新四军实际上脱离第三战区指挥体系。

1941年5月，中共华中局成立，刘少奇任华中局书记，华中局领导长江以北，陇海路以南各抗日根据地党和新四军的工作。1943年，刘少奇回延安工作，饶漱石任华中局代理书记，后担任华中局书记兼新四军政委，这一指挥体系一直延续到抗战结束。

刘少奇担任华中局书记