1926年，北伐军进攻武汉，吴佩孚给孙传芳连发求援电。孙传芳对亲信说：“等武汉丢了，再由我们夺回了，五省联军就成七省联军了。” 东山再起的吴佩孚，控制着湖南、湖北及河南部分地区，名义上还是直系的首领，但实力已不如控制浙江、江苏、江西、安徽、福建的五省联军总司令孙传芳。 吴佩孚丢失两湖，率残部败退河南后，北伐军也攻入江西。孙传芳自认手上有二十多万部队，不把北伐军放在眼里，放言说：“广州来的将领都是无名之辈，不足为惧。” 可一交手，孙传芳就发现不是那么回事，一来，北伐军的战斗意志强于军阀部队；二来，以孙传芳为首的“五省联军总司令部”，是个并不牢固的军事联盟。 闽军总司令周荫人，和孙传芳貌合神离，当年两人为争夺福建的控制权，闹得是势同水火；赣军总司令邓尔琢，对部队和地盘抓得很紧，对孙传芳只是表面服从；皖军总司令陈调元，是个投机的人，善于见风使舵，局势有利时，自然对孙传芳服从，若战事不利，那就不好说了。 孙传芳控制较好的地盘，是江苏、浙江，江苏的总司令由他兼任，浙军总司令是他的亲信卢香亭。即便是这两个省，地方派系盘根丛生，对孙传芳不满的大有人在。 孙传芳任命卢香亭为总指挥，谢鸿勋为江西前敌总指挥，迎战北伐军。这两人是孙传芳最倚重的将领，但却闹起了不和。 卢香亭在北伐军攻占武汉后，主张交好广州，能加入北伐最好。在建议未被采纳后，卢香亭在作战中显得很不积极。 谢鸿勋是个性烈如火的人，一面大骂卢香亭避而不战，一面指挥所部进击。10月1日，谢鸿勋率部在武宁一线，和攻入江西的北伐军前敌总指挥白崇禧率领的部队激战，大战数日后，谢鸿勋率残部败退，期间中弹负伤。 孙传芳得知谢鸿勋重伤后，连忙派人送去上海的医院救治，但还是伤重而死。谢鸿勋是孙传芳的左膀右臂，他的死对孙军的士气影响很大。 邓尔琢的赣军，有三个师和一个独立旅的番号，但长期缺乏训练，战斗力很差，在谢鸿勋败亡后，这些赣军面对北伐军的进攻，基本就是一触即溃，赣军师长岳思寅在逃跑时慌不择路，竟然一头扎进了北伐军的包围圈，被当场活捉。 在北伐军占领南昌后，孙传芳大为恼火，严令卢香亭反攻。卢香亭派部队夜袭南昌，一战又重新夺回。 重占南昌后，邓尔琢见大势已去，向孙传芳请辞赣军总司令。孙传芳挽留不成后，改让郑俊彦担任赣军总司令。 之后，北伐军和孙军在南昌展开拉锯。战至11月，北伐军占领九江，完成了对南昌的包围，在军舰上督战的孙传芳，见情况不妙，逃回南京。 在南昌之战期间，浙江发生了“夏超反孙”。夏超字定侯，浙江青田人，他长期在警察系统任职，先后担任浙江警察督练、杭州警察局长、浙江警察厅厅长等职务。 1924年，孙传芳率部入浙，浙江都督卢永祥不敌，宣布下野，浙江省长张载阳也随即辞职，临行时将省长印信交夏超保管。 孙传芳进入杭州后，受到代行省长职权的夏超带队欢迎。立足未稳的孙传芳，急于获取浙江地方势力支持，便默认了夏超的“省长”身份，不久后，夏超获得了北洋政府的正式任命。 夏超当了省长后，又以兼任警察处长的便利，控制着八千多人的警察武装，孙传芳内心对他很是忌惮，派人暗中监视其动向。 在江西战事正酣的时候，白崇禧向蒋介石建议，分兵进入浙江，让孙传芳首尾难顾。蒋介石一面调兵入浙，一面写了亲笔信，派人交给夏超等浙江籍的地方大员，以北伐军总司令及浙江老乡的身份进行拉拢和劝诱。 夏超本就和孙传芳有矛盾，在收到信后，当即决定倒向北伐军。夏超在杭州召集亲信开会，宣布加入北伐。 夏超反孙后，将警察武装集中起来，主力调到嘉兴设防。孙传芳听闻后，勃然大怒，让驻守南京的第八师师长孟昭月派兵入浙。 孟昭月师的宋梅村旅进抵嘉兴时，夏超亲自去督战。之前，夏超时常对人说警察部队训练有素、装备精良。可仅打了一天，几千人的警察武装就溃败了。 见苦心训练的武装，竟然如此不堪一击，夏超气得咳血晕倒，被手下护送到杭州。见宋梅村旅穷追不舍，就要打到杭州，夏超交出省长印信，把原省长张载阳请出来维持地方秩序。 夏超带着几个亲信准备乘船逃离，可不巧的是突然刮起了大风，船只无法开动。无奈之下，夏超只得上岸，遂被宋梅村的手下抓获。 宋梅村给孙传芳发去电报，询问如何处理夏超。孙传芳让宋梅村把夏超枪决后割下首级送来，在夏超的首级送到后，孙传芳恨恨的看了几眼后，让人抛入江中。 福建这边，闽军总司令周荫人，已然控制不住局面，在连吃几个败仗后，福建地方势力纷纷主张加入北伐。 周荫人尽管内心动摇，但不敢自作主张，恐怕步了夏超的后撤，被割了脑袋，于是便去电孙传芳，询问是战是和。 孙传芳回电：“闽赣放弃已成定局，尽力应付地方势力，保存部队，可撤往浙西驻防。” 周荫人见状，只得带着残部退守浙西。此时的孙传芳，还心存幻想，认为尚据有江苏、浙江、安徽三省，部队也有十几万，仍有和北伐军一战之力，岂不知，离彻底的失败，已然不远了。
