1917年7月，阎锡山应邀进京面见大总统黎元洪，他很看不起这个当年被部下逼着革命的大总统。但万万没想到这一次他却遭到了黎元洪算计。 原来，阎锡山自任山西督军以来，不断安插亲信，排斥异己。孔庚、黄国梁等人被迫离开太原后，并不死心，再三鼓动黎元洪采取“调虎离山计”，把阎锡山调到北京，而后孔庚、黄国梁秘密回到太原，由黎元洪出面明令黄国梁为山西督军、孔庚为山西省长。 段琪瑞得到了这个消息，为拉拢地方实力派，以念师生之谊为由，迅速把消息透露给了阎锡山，并面授机宜：即日化装离开北京，间道转回太原。只要能先他们一步回到太原，控制局势，黎元洪就不敢动手。 老谋深算的段琪瑞替阎锡山筹划一番，想得十分周到：叫阎锡山次日一早乘京汉路车离开北京，为避开耳目，不要在石家庄转车。南下直到河南新乡，换坐车到清化，翻过王屋山，然后从旱路赶回太原。 这个消息，对阎锡山来说，无疑是一个晴天霹雳，他看不起黎元洪，却差点陷入黎的陷阱。在对段琪瑞感激涕零的同时，阎锡山也对黎元洪恼恨不已。 阎锡山经历过几次突如其来的风险了，这一次就老练得多。经过考虑，他不肯照段琪瑞的计划，绕个大弯子，那样既费时间又多变数，决定还是坐京汉线的车到石家庄转太原。为了保密，他精心策划了一个“金蝉脱壳”之计。 阎锡山对部下交代说：“我想还是坐京汉车从石家庄转太原，比较迅速可靠。不过，我不能从车站上车，免得引起他们注意。”阎锡山吩咐部下用400块大洋买通火车司机和扬旗手，将火车开离站台到扬旗地方时，尽量开慢些，让他能够从那里神不知鬼不觉地顺利上车。 之后，阎锡山又叮嘱带去的随员说：“只要我离开北京，就没有什么问题了。我走了以后，你们几个都不要出门。总统府派人来找，就推说我病了。他们要是派人来看望，你们就撒个谎，到哪家医院看病去了。总之是要想尽办法，把他们支吾过去。等接到我从太原来的电报以后，你们可以打个电话给总统府，就说‘阎督军已经回到山西了’。在电话里，要把话说硬一点，不要露出咱们山西人的软弱劲儿。” 次日，阎锡山浑身商人打扮，穿一件夏布长衫，草帽的帽沿压到眉头，再戴上一副大墨镜眼镜，未经车站站台而从车站扬旗处神神密密地离开了北京。与当年仓皇逃离太原时相比，阎锡山此时已经镇定得多了。这一方面是他人生阅历的增长，对意外和惊险有了更大的承受力和对应力；另一方面，他在山西的基础已深，不是随便什么人都可以任意动摇的。他敢于胸有成竹地与黎元洪玩这个乔装潜行的游戏，也显示出他的自信。 得知阎锡山潜回了山西，黎元洪也无可奈何，只得去电好言安慰。阎锡山此后在山西说一不二，当然这和段祺瑞对他的关照有莫大的关系。 早在民国初年，段祺瑞在陆军总长任上之时，阎锡山就向好为人师的段祺瑞递了门生帖子，拜段为师，段对阎也多有关照。 据参与其事的周玳后来回忆：袁世凯对于与同盟会有瓜葛的各省都督，都一律看成是眼中钉，肉中刺，要拔除而后快，对阎锡山自然也不例外。但是阎锡山居然能够保持他山西都督（后来改称督军）的位置，一方面固然是因为他对袁世凯极力逢迎，博得了袁的欢心。而更主要的是段祺瑞对阎曲予维护，尽量在袁世凯面前帮他讲话的缘故。 段祺瑞从小站练兵时起，给袁世凯办了各种各样的军事学堂。袁世凯当了总统，便委段祺瑞为陆军总长。段祺瑞最感到得意的是：全国督军，师、旅长，半数以上都是他的门生故吏。人之患在好为人师，段祺瑞既然如此，阎锡山便投其所好，在他进京谒见袁世凯的时候，首先具了门生的帖子，拜见段祺瑞，三跪九叩行了拜师大礼。在谈话中间一口一个老师，极尽恭维之能事。 有了师生之谊，段祺瑞便在袁世凯面前力保阎锡山，说阎虽参加过同盟会，但是绝对靠得住。 1917年，在段祺瑞的默许下，阎锡山开始了第一次扩军。在原有部队基础上成立了四个混成旅，分别以商震、马开崧、孔凡蔚、赵戴文为旅长。另外编成两个独立混成团，两个骑兵团，一个炮兵团，接近两万人马，加上一些地方团队，实力颇为不俗。 阎锡山底气渐渐充足，也敢于在发言了。在段祺瑞与黎元洪激烈的府院之争中，他完全站在段祺瑞的一方。 段祺瑞被黎元洪免除职务后，“安徽省长倪嗣冲，首先宣告与北洋脱离关系，奉、黑、直、鲁、陕、豫、浙、闽等省，随即相继响应。皖、豫、鲁各军北上，奉军入关。” 在各省督军纷纷宣布脱离的声浪中，阎锡山为了支持老师段祺瑞，也宣布脱离。张勋复辟后， 7月5日，阎锡山先派商震率第一混成旅由石家庄会师北上，配合曹锟北伐；接到京报称张勋扣押火车三列，拟逃窜的消息后，又令大同镇守使张树帜带一支队进驻居庸关，会同察哈尔都统田中玉，防止张勋兵败北逃。 阎锡山积极参与讨伐张勋，他致电冯国璋，指出徐州为张勋“老巢”，请派兵进攻，断张后路。7月7日，又续派第三混成旅旅长孔繁蔚率领所部，进驻石家庄，以为后援。 在府院之争中，阎锡山全力支持段祺瑞，成为段的一支强援。
