建文四年（公元1402年）初，朱棣提兵出北平。燕军士气高昂，先在藁城破明兵，斩首四千，紧接着又破衡水、下东阿、陷沛县，并在邹县以十二骑大破明军运粮的后勤士兵三千多人，直围徐州。徐州明兵破胆，龟缩城内不敢战。燕军绕过徐州，径趋宿州。
燕军行至淝河，明将平安率军四万蹑随其后。观察地形后，朱棣判断道：“滨河地带多树木，敌兵必疑我军设伏，淝河地平少树，彼不疑，可伏兵。”他亲率精兵两万，持三日粮，至淝河设伏。
临行，朱棣嘱戒诸将，一俟燕兵与敌军开战，立即在一路上命未投入战斗的士兵齐举火炬，以惊吓明军。
平安率领的明军将至，朱棣又派数百燕军快马迎前，见了明军，故作惊慌状，丢下大批看似金帛的袋子，掉转马头逃走，以诱引明军入伏击圈。
明军士兵纷纷下马，争抢大袋子里的“货物”。打开一看全是烂草。这样一来，明军骑阵稍乱。喧哗之间，已入燕军埋伏圈。
一声锣响，燕军士兵猛然跃起，平安率领的明军意识到中计，立刻调头撤退。平安亲自带领三千骑兵向北岸逃窜，而燕王朱棣仅带着数十骑挡住了他的去路。
平安麾下有一位勇猛的蒙古族将领，名叫火耳灰。他曾是燕王手下的一员大将，后被召入京师效力，受建文帝派遣，成为平安军中的主力干将。
火耳灰一眼就认出了燕王朱棣，手持长槊直奔朱棣而去。然而，朱棣身边的燕将童信一箭射中了火耳灰的坐骑，导致他落马，随后被燕军生擒。
火耳灰的部将哈三贴木耳同样骁勇善战，见主将被俘，立即策马杀出，意图救援。但最终也被燕军射落马下并生擒。明军目睹这一幕，士气大降，纷纷溃败而逃。
当晚，朱棣释放了火耳灰等人，并将这些忠诚勇敢的蒙古人收为自己的贴身侍卫。尽管众将劝说朱棣要小心提防，但他并未采纳建议。朱棣深知北方人的质朴性格，因此用人不疑。
不久之后，朱棣率军抵达淮河附近，成功击溃了明军的后勤部队。明兵部尚书铁铉率领军队前来迎战，双方交战中燕军一度处于劣势。危急时刻，多亏火耳灰等蒙古侍卫拼死护卫，朱棣才得以化险为夷。（火耳灰报恩的速度真是惊人。）
1402年5月，明朝将领平安于小河南岸安营扎寨，而燕军则驻扎在河北岸。经过一番准备，双方于清晨展开激战。
战斗中，平安左突右杀，勇猛异常。在北坂之地，他与燕王朱棣的马头意外相对。此时，平安也顾不上“莫伤朕叔父”的圣旨，举起长槊猛烈进攻，几次几乎刺中朱棣。
见平安动了真格，即便朱棣身手矫健，心中也不免慌乱起来。幸亏燕军指挥王骐及时赶到，策马直冲平安。与此同时，平安的坐骑突然失蹄，这才让朱棣得以脱身。
双方鏖战整整一天，均伤亡惨重。之后，南军驻守桥南，北军驻扎桥北，形成对峙局面，持续数日。
不久，明军粮草耗尽，燕军乘虚而入发起袭击。恰逢此时，明将徐辉祖率军赶到，双方又在齐眉山展开激战，“自午至酉”，难分胜负。
混战之中，燕军大将王真、陈文、李斌等人相继阵亡，众将心生恐惧，纷纷劝说朱棣：“我军深入敌境已久，加之连日暑雨，淮地潮湿，疫病频发，不如退回小河之东，休整兵马，再做打算。”
然而，朱棣执意向前，他说道：“兵家之事，唯有进无退！如今我军已占上风，若此时掉头北返，军心必然瓦解。”在场之人，唯有朱能坚决支持燕王，苦劝诸将坚定信心，不可萌生退意。
建文朝的大臣们也打听到消息，得知燕军正在艰难支撑，已显败象。他们便向建文帝进言：“燕军即将失败，京师不能没有优秀的将领坐镇。”然而，建文帝对军事一窍不通，立刻下诏命徐辉祖撤军回京护卫。这一决定导致小河战场仅剩下何福率领的一支孤军与燕军对峙。
在双方僵持期间，燕王朱棣命令士兵休整，并慷慨赏赐财物以稳固军心。
相比之下，明军因惧战而采取守势，频繁挖掘壕沟筑垒扎营，士兵日夜不得休息，体力严重透支，真正作战时往往无力应对。
由于长期对峙造成粮草短缺，明将何福决定移师至灵璧附近获取补给。当时，明将平安正率六万骑兵护送大批粮草前往何福营地。
朱棣得知这一情报后，迅速调遣一万精兵阻截平安的援军，并安排朱高煦埋伏于林间，准备在两军交战、明军疲惫之时突然袭击。
一切部署完毕后，朱棣亲自率领主力迎战，两翼骑兵呈扇形展开，直扑明军运粮队伍。平安的部队突然杀到，成功击溃燕军千余人。见此情景，朱棣立即下令步兵发动正面冲击，横贯明军阵列，切断其联系。何福见战斗打响，也率部出营助战，与平安形成夹击之势，再次击杀燕军千余人，迫使燕军暂时后退。
朱高煦见双方战况胶着，趁着明军稍作喘息之时，突然率领生力军——燕军精锐投入战斗。
与此同时，朱棣也迅速指挥后撤的燕兵猛然转身，与朱高煦前后夹击，对明军展开猛烈围剿。
“（何）福等大败，伤亡逾万人，损失战马三千余匹，粮饷全数被燕军缴获。”
何福所率残余明军仓皇退回营垒，因断粮而饥肠辘辘，士兵饿到双眼发蓝。众将领紧急商议，决定次日清晨突围，并约定听到炮声便立即开门冲杀出去。
然而，天未亮时，朱棣已抢先发动总攻，亲自指挥燕军猛攻明营，诸将身先士卒，士兵如潮水般蜂拥而上。
燕军按照预定计划连发三声震天巨响的火炮信号。不料，这声音却被何福部下的明军误认为是己方约定的突围信号，顿时营内一片混乱，士兵们争相推挤营门试图冲出。
“营门堵塞，无人能够顺利逃出，营中一片纷扰，人马争相奔逃，甚至纷纷坠入壕沟，填满堑壕。”
燕军趁此良机发起全面进攻，明军瞬间土崩瓦解。
最终，除了何福侥幸逃脱外，其余明军将领几乎全军覆没。由于营中狭窄，无法驰骋战马，大将平安、陈晖等多名重要将领皆被燕军活捉。至此，明军主力部队损失过半。
当被五花大绑押入燕王大帐的平安见到朱棣时，朱棣笑着调侃道：“淝河之战，你的坐骑未曾摔倒，今日怎会落入我手？”
平安昂首挺胸，毫不畏惧地回应：“刺杀殿下如同拉朽般容易！”
面对如此忠贞不屈的壮士，朱棣也不禁心生敬意，感叹道：“高皇帝（朱元璋）确实善于培养壮士！”随后下令将平安送往北平关押，未加杀害。
自此之后，明军局势急转直下。原本十万大军从辽东出发，意图与铁铉在济南会师，却在行至直沽时遭遇燕军伏击，主帅杨文被擒，全军覆灭，无一人抵达济南。
1402年6月，燕王军队抵达泗州，守军未战便投降。
朱棣率领大军驻扎在淮河北岸，明朝将领盛庸则率数万兵马驻守南岸。
不久之后，燕军再次施展奇袭战术，这支部队以北方骑兵为主，竟然先派出数百人乘坐小船潜入南军舰队，在其中放置火炮引爆。屡次失败的南军惊恐万分，纷纷弃船而逃。
燕军乘胜追击，当天便攻下了盱眙，并迅速向扬州推进。
扬州守将王礼等人暗中与燕王联系，他们绑住了负责江淮地区的监察御史王彬，随后打开城门投降。接着，燕军又顺利收降高邮、攻克仪真。此时，长江之上到处都是悬挂着燕王旗帜的巨大船只，往来穿梭，声势浩大，旗鼓遮天蔽日。
金陵城内，大臣们见局势逆转，各自心怀鬼胎，借守城之名请求外出，导致都城更加空虚。
情急之下，建文帝派遣燕王的堂姐庆城郡主前往燕军营帐求和，提出割地条件，希望与燕王划分南北疆域，以长江为界分治。
然而，事到如今，朱棣自然不会同意，他婉言拒绝了这一提议。
建文帝慌乱不已，急忙询问方孝孺：“现在该怎么办？”
方孝孺作为书生，只能回答：“长江可以抵挡百万大军，江北的船只已经派人全部烧毁，燕军怎么可能飞渡长江？”
七月份，燕王的军队集结完毕，在浦子口对明军发动了猛烈进攻。明军将领盛庸联合众将迎战，成功击退了燕军，再次取得了阶段性的胜利。
此时有消息传出，“燕王打算议和后北归”。或许是因为天气酷热难耐，朱棣本人也感到疲惫，再加上已经占据半壁江山，他可能想先返回北平休整一番，再谋划下一步行动。如果这次朱棣真的撤回北平，之后的历史发展恐怕会变得难以预测。
战争中胜负难料，谁也无法准确判断接下来会发生什么。建文帝作为正统继承人，代表着合法的皇权，这种道德力量对军心和民心的影响是巨大的。一旦这种力量爆发，可能会让燕军瞬间崩溃。
关键时刻，朱棣那位久经沙场的儿子朱高煦率领北方骑兵赶到，为燕军注入了新的活力。
朱棣看到生力军到来，喜出望外，立刻披挂上阵，并拍着朱高煦的肩膀说道：“好好干！世子身体不好。”言下之意是考虑将继承权传给朱高煦。这一句话如同一针强心剂，让朱高煦斗志昂扬，决心全力奋战。
原本建文帝派遣都督佥事陈瑄率领部队增援盛庸，但没想到陈瑄却直接率船队渡江投降了朱棣。
于是，朱棣在长江边举行了庄重的祭祀仪式，随后誓师渡江。燕军的船只首尾相连，旌旗遮天蔽日，金鼓之声震耳欲聋。当天天气晴朗，万里无云，江面平静如镜。尽管盛庸的水军沿江布防了两百多里，但看到燕军如此浩大的声势，将士们无不惊愕万分。心理上的劣势使得他们还未交战便已先输了一筹。
燕军乘船靠近岸边，率先直扑盛庸的主营。"盛庸军队溃败，被追击数十里。盛庸单骑逃脱，其余将士纷纷解甲投降。"
尽管明军水师数量众多，却毫无抵抗便投降了，这足以证明燕军此时的兵威已大不相同。
成功渡过长江后，燕军迅速攻占镇江这一战略要地，随后直逼金陵。
当时，凤阳仍有数万留守军队，但守将认为中都不可轻易放弃，固守中都而未出兵支援。
驸马梅殷在淮安也拥有数万兵力，但由于消息不通，无法采取行动。
建文帝“深感忧虑，在殿庭间徘徊，召见方孝孺询问对策。”
方孝孺不过是一位儒家学者，军事并非其所长。他只能在朝堂上抓住李景隆，指责道：“坏了陛下大事的就是这个贼人。”并请求建文帝下令处死他。
随即，有十八位大臣从朝班中冲出，怒不可遏，争相拳打脚踢，差点当众将李景隆打死。
打了李景隆一顿后，众人火气稍减，方孝孺提出建议：“城中尚有精锐部队二十万，城墙高耸，护城河深邃，粮草充足。应将城外居民全部迁入城内，并把城外木材全部运进城中，使燕军无攻城工具可用，久而久之他们便会自行撤退。”
“建文帝采纳了他的建议。”
于是，在盛夏时节，百姓在烈日下搬运巨木，因饥渴劳累而死者众多。为了逃避拆除自家房屋并将房梁运进城中的苦差，许多人甚至自己放火烧毁房屋，导致大火连续多日未能熄灭。
建文帝乃嫡孙袭统，居正朔之位，竟败于起兵反叛的藩王之手，实是中国历史上一个非常出人意料的结局。
总结起来，建文帝失败原因不外如下：
第一，建文柔仁。燕兵将皆善战骁勇之辈，建文帝竟于大战前下明诏“莫伤害朕之叔父”，不明之至，致使朱棣多次绝处逢生，假使明军在战场上能“擒贼先杀王”，燕军早就冰消败亡。
第二，黄子澄、齐泰、方孝孺皆书生，仓猝行削藩之计，不知兵事，没有什么大的战略眼光，以致于误己误国，最后招致灭族惨祸。
第三，单用一将统帅军队。耿炳文一人统三十万军；李景隆两次败北，一战统五十万，一战统三十万；盛庸一人统二十万。明军“合天下之兵，握一人之手”，而反观朱棣，单旅孤城，利于战不利于守，利于合不利于分。如果当初下令山东、河北诸将各拥众数万，凭城坚守，年深日久，以叛臣贼子起兵的朱棣胜一仗败两仗，又一直逡巡在河北、山西狭窄地带，熬过一阵熬不过两阵，军队人心最终会轰然瓦解。
第四，建文帝彷徨不决，总在关键时刻犯致命错误。如果当时朝廷不招徐辉祖回金陵，而是让他留在原地与徐福合击燕军，很可能扭转整个战场形势，给已经是强弩之末的燕军以致命的最后打击。
另外，纵观整个龙虎斗过程，建文帝一方除盛庸、平安有些智勇外，似乎没有什么特别突出的大帅之才。
这也要“归功”于朱元璋，因为所有有智有勇有力的名将早已连子孙都被株除干净，留下的全是三、四流将领，自然不是燕王朱棣的对手。
金陵城本就多灾多难，恰似那“屋漏偏逢连夜雨，船漏又遭顶头风”。近日，城池的东北角与西南角无端崩塌，朝廷上下慌作一团，连忙调遣士兵和百姓抢修。无论是官员还是平民，都被迫昼夜不息地劳作，怨声载道。
建文帝心急如焚，接连派出李景隆以及多位王爷出城，试图与燕王朱棣议和，甚至提出割地分治、平分天下的条件，只求对方退兵。然而，朱棣态度坚决，声称只要铲除所谓的“奸臣”，绝不妥协。结果，众位王爷皆无功而返，徒增失望。
朝堂之上，“群臣恸哭”，面对危局，有人建议建文帝逃往蜀地，有人主张前往浙江，还有人提议避难湖湘，但众说纷纭，莫衷一是。此时，当初力主削藩的齐秦、黄子澄早已被派往外地“募兵”，建文帝孤立无援，每日忧愁叹息，愤恨地质问：“此事因你们而起，如今却都弃我而去！”
另一边，朱棣担心各地勤王之师会前来救援，于是命令麾下将领日夜商讨攻城策略，力求速战速决。不久，哨探回报称金川门由李景隆把守，朱棣当即决定集中兵力攻打此地。
果然，燕军一到，李景隆便与谷王朱橞打开城门投降。随后，以兵部尚书茹瑺为首的数十名大臣纷纷倒戈，投靠朱棣，并恳请其登基称帝。
最终，在内外交困之下，建文帝无可奈何，只得选择隐退，悄然离开金陵，将皇位拱手相让。这一场权力争斗，以他的失败告终。
壬申殉难朱棣进入京城之后，迅速采取了一系列行动。他第一时间公布了对建文帝重要臣子如黄子澄、齐泰、方孝孺、铁铉等数十人的通缉令，并对他们展开搜捕。同时，他还对皇宫进行了为期三天的清理，期间大量宫人、女官和内侍被杀，仅有少数曾向他传递消息或表示支持的年长太监得以幸免。
此外，朱棣将建文帝的母亲迁往懿文太子陵进行幽禁，同时处死了建文帝的三个弟弟，以消除潜在威胁。
建文帝年仅七岁的太子朱文奎在混乱中失踪，极有可能已被朱棣下令杀害。
而建文帝的小儿子朱文圭当时只有两岁，尚在襁褓之中，朱棣起初将其囚禁于广安宫，但最终这位幼童也下落不明，推测同样难逃一死。
平息皇宫大火后，朱棣立即召见著名学者方孝孺，要求他起草自己的登基诏书。然而，方孝孺拒绝合作，坚决反对朱棣篡位的行为，最终遭到残酷迫害，牵连家族及亲友八百余人被杀。
方孝孺是建文帝的忠臣，在建文帝遇难后，他身穿丧服在宫门外痛哭。朱棣召见他时，他拒不施礼，只是一味恸哭。
朱棣试图说服他，说自己的行为是效法周公辅佐成王。
方孝孺止住哭泣，质问朱棣：“成王在哪里？”
朱棣回答：“他已经自焚了。”
方孝孺又问：“为什么不立成王的儿子为帝？”
朱棣说：“国家需要年长的君主。”
方孝孺继续追问：“那为何不立成王的弟弟？”这让朱棣很尴尬，亲自下阶对他说：“这是朕的家事，先生不必过问。”
随后朱棣递上方诏书纸笔，表示只有方孝孺能撰写即位诏书。但方孝孺接过纸笔后，只写了几个字就扔到地上，哭骂道：“就算死，也不能起草这个诏书！”
朱棣大怒，威胁要诛杀他的九族。方孝孺毫不畏惧，大声回应：“那就诛十族又能如何！”
最终，朱棣展现出残暴的一面，命令卫士将方孝孺的嘴唇割裂至耳边，并将其十族（九族加门生）共873人全部处死。
方孝孺目睹亲人被屠杀仍坚强不屈，最后在聚宝门外被凌迟处死，年仅46岁。
南京城头阴云密布，方孝孺临刑前挥毫写就绝命辞章：
"乱世劫数谁堪问，奸佞弄权祸朝纲。丹心碧血酬君义，生死何须问短长！"
字字泣血，墨迹未干便从容赴死。
兵部尚书铁铉被押至金銮殿，面对篡位者始终背身而立。朱棣命人施以酷刑，将炙烤的耳鼻塞入其口。铁铉怒目圆睁："忠良血肉自甘饴！"
最终被凌迟处决，断气前犹高呼"逆贼"不止。其家族更遭灭顶之灾，八旬双亲流放琼州，稚子惨遭虐杀，妻女被充教坊司受尽屈辱。
刑部尚书暴昭面斥新君，朱棣震怒之下先拔其齿，再断手足，最后以利刃寸寸割喉。礼部尚书陈迪面对屠刀凛然不屈，朱棣竟将其六子绑至刑场。
刽子手当众剜下长子鼻舌，强塞入陈迪口中。白发老臣仰天长啸："天道昭昭，逆贼必诛！"
满门忠烈尽殒于凌迟之刑。
丹墀之上，练子宁怒发冲冠，朝堂斥骂声震屋瓦。朱棣冷笑间，寒光闪过，半截断舌坠地犹自颤动。磔刑架上血肉横飞时，一百五十一具练氏族人尸身已堆满刑场。史载其族中稚童临刑前，犹诵《正气歌》不绝。
兵部尚书齐泰铁链加身赴刑场，每受一刀必高呼"建文正统"。太常寺卿黄子澄三族尽赤，刑场血渠竟日不涸。当刽子手剜其双目时，这位儒臣忽然朗声大笑："且留清明目，看尔等能猖獗几时！"
监察御史高翔素服上殿，麻衣如雪刺目。朱棣怒极反笑，令武士当廷杖毙。更遣缇骑毁其祖茔，将二百年前棺椁中枯骨与犬马残骸混烧，灰烬撒入秦淮河水。
御史王度等人阖族男丁被缚至明孝陵前斩首，鲜血渗入太祖神道石缝，御史台铜柱尽染丹心。
大理寺丞刘端蓬头跣足被押上殿时，朱棣把玩着玉如意问道："卿观方、练二公何如人？"
刘端仰天大笑："煌煌大明柱石！"当利刃割裂其面庞，这位毁容忠臣血溅御案：
"吾面目虽毁，犹胜汝篡逆之徒千倍！"
最终被朱棣持金瓜碎颅，脑浆迸溅九龙屏风。
据《永乐刑典》残卷记载，这场持续三年的诛戮中，仅凌迟刑场每日就要更换三次砧板。南京城隍庙老道曾见阴兵夜行，为首者绯袍玉带，正是方孝孺率万千忠魂索命。
谷应泰在《明史纪事本末》中痛书："观永乐之狱，方知桀纣之仁"，青史斑斑，至今读来犹闻金陵夜雨中的铁链叮当。
当朱棣的屠刀斩尽建文忠良时，其暴虐已非寻常权力更迭的血腥。史家笔锋所指处，最令人发指的并非屠戮本身，而是将礼义廉耻碾作齑粉的恶毒——那些簪缨世家的诰命夫人、诗书传家的闺阁千金，被铁链串成长队押往教坊司。史载某御史幼女年仅十二，麻衣素服间犹带墨香，当夜便被二十余北军壮汉轮番蹂躏，天明时十指尽断仍紧攥着半截玉簪。
教坊司昼夜回荡着撕裂人心的惨叫，被充作官妓的忠臣妻女，每日需"接客"二十余人方得喘息。某尚书夫人不堪受辱自戕，朱棣竟命将其裸尸悬于聚宝门外，任野狗撕咬三月有余。
更令人发指的是，这些女子产下的男婴充作贱籍，女婴则烙上"逆种"印记，待及笄之年再续母业。秦淮河水日夜呜咽，载着数不清的婴尸流向长江。
在这场持续二十二载的人伦浩劫里，惟魏国公徐辉祖如寒梅独放。当锦衣卫破门而入时，这位徐达长子正襟危坐于先祖画像前。
朱棣亲审时，他始终闭目不语，腰间铁券在烛火下泛着幽光——那是太祖赐予徐家"谋逆不宥，余罪皆免"的护身符。新帝想起自己当年潜入徐府求援时，正是这位国公冷眼相对；又念及其弟徐增寿因暗通燕军被建文腰斩，最终掷下硃笔："削爵幽禁，留此哑木看朕江山！"
直到洪熙元年，教坊司的铜锁终于断裂。当幸存者蹒跚走出地狱时，金陵城的梧桐已黄了二十二次。史载诏书颁布那日，长江忽然逆流百里，六朝古都上空盘旋着遮天鸦群，仿佛万千冤魂在云端书写着血色檄文。谷应泰掷笔长叹时的诘问，至今仍在史册间铮铮作响："岂有圣主临朝而使人伦尽丧若此耶？"
金殿传胪日，孙日恭的墨卷在龙案上泛着清辉。朱棣凝视着"甲辰科状元"五个朱砂字，忽然暴起掷笔："竖子安敢以'暴'示朕！"
群臣战栗间，方见那竖排的"日恭"二字在蟠龙纹宣纸上，竟似太祖手书"暴"字碑拓。史载此刻殿外忽起阴风，卷着二十二年前教坊司飘来的碎帛，粘在九龙柱的血迹未消处。
篡位者颤抖的手指划过三甲名录，最终停在"邢宽"二字。当礼部尚书战战兢兢唱出这名字时，满朝朱紫皆悟其机——"刑宽"之音恰如铁索坠地。
老太监目睹永乐帝连夜重写《劝善书》，案头还摊着刚批红的凌迟犯人名册。次日奉天门张榜，新科状元邢宽青衫下的囚衣烙印尚未痊愈，这位因名得幸的士子，实乃三年前铁铉案中侥幸逃生的罪臣之后。
滑稽戏愈演愈烈。午门城楼上新悬"仁德配天"金匾，匾额阴影里却跪着被拔舌的史官。秦淮河画舫突增"禁暴坊"，歌女们被迫传唱御制《恤刑赋》，而河底沉着前日被虐杀的谏官尸体。
最绝妙当属刑部新规：凡处决犯人需以锦缎蒙面，美其名曰"保死者尊严"，却暗令刽子手改用钝刀。
谷应泰在《明史纪事本末》中冷笔记载："永乐二十二年秋，帝观《大学衍义》至夜分，忽掷书泣下，敕令焚毁诏狱刑具。当夜教坊司新增枷床十七副。"这位深谙作秀之道的暴君，甚至命画师重绘《永乐仁政图》，图中被族诛的方孝孺竟成俯首称臣状。
直到宣德年间，才有太监曝出内库暗藏"暴"字血碑——以方孝孺颈血为墨，孙日恭断指为笔，录尽建文旧臣万条罪状。
后世史家笑叹：古来帝王多重谶纬，然如永乐帝这般，既行豺虎之实，复慕鸿鹄之声，竟妄想以一字戏法篡改血史，实乃掩耳盗铃之集大成者。紫禁城飞檐上蹲守的嘲风兽，想必也听腻了这出"刑宽"变"仁厚"的荒唐戏码。
