孙元良是国民党将领中的一个另类，在徐州“剿总”的各部将领中，他几乎和任何人关系都不大好。杜聿明、舒适存、文强三人对其评价甚低，说这个人为了利益，什么都不顾。杜聿明还说过他极善言辞，鼓动性很强。邱清泉、李弥同样看不起他，虽然在名义上，孙元良还兼任着“徐州‘剿总’前进指挥部”的副主任。看上去好像比他们高出半格。

在向徐州集结时，孙元良就对刘峙让他离开宿县而意见很大，认为宿县一丢，全局皆完。后在解放军揪着尾巴打的情况下，才仓促退至三堡附近，加入徐州战场的。在救援黄百韬兵团的战斗中，孙元良第16兵团只打了攻击女娲山一场战斗，对手是解放军华野两广纵队，实力相对较弱，第16兵团取得胜利，又得到了从安阳空运而来的司元恺师及第三绥靖区收容部队数千人，得以补充，因而总体损失并不太大。

对于淮海战役第一阶段的战斗，他一是认为徐州是战略死地，这仗，就不应该在这儿打。二是认为第16兵团一舍郑州，再舍蒙、涡，三舍宿县，都是战略要地，他们压根就不应该到徐州来。三是认为张克侠、何基沣、冯治安该杀，军法不严，军纪不整，姑息养奸、赏罚不明，是国民党失败的一个重要原因。四是认为“消灭黄百韬兵团的是国防部，不是陈毅，黄百韬之死也是如此。”

孙元良对于国防部及徐州“剿总”的指责，是有道理的，就黄百韬兵团被歼一战，他认为：第一，国防部对于解放军行动侦察不清，大战在即，还不知道解放军的主力在哪儿，甚至还发生了黄百韬和邱清泉都说解放军主攻方向在自己兵团那里，最后愤怒地打赌的闹剧。第二，国防部对敌人企图判断不明，要部队白白送死。孙元良说，当时，“陈毅主力十几个纵队南下，离新安镇一百里时，还不让该兵团西行集结徐州，反要黄百韬掩护第四十四军，贻误良机。”第三，国防部对于战役兵力调配，大成问题，孙元良愤怒地指出：“为了救一个军而害了五个军。这样指挥，安得不败！”第四，黄百韬已经被围了，刘峙还把三个兵团集结于徐州附近，按兵不动，一将无能，累死三军。

黄百韬兵团被歼之后，孙元良更是一针见血地向战地视察官李以劻指出：“现在敌人在整理部署，如果我们再等待不撤，那将来只有坐以待毙。目前之局势能救多少算多少，留得青山在，不怕没柴烧，希望你多向总统建议。”

当然，这是孙元良的意见。在黄百韬兵团被歼之后，邱清泉认为，继续打！李弥则认为，不走了，就在这儿打。三个兵团三条心，焉能不败？