公元1803年（嘉庆八年）四月，李銮宣由于政绩突出，爱民如子，造福一方，深得朝廷赏识和百姓赞誉，擢升云南按察使。从浙江前往云南千里之遥，路途艰辛，先涉五溪，在历牂牁，复阅滩险，于八月抵达镇远，舍舟登陆步履前行，经过千辛万苦，长途跋涉，终于是年十月到达昆明。李銮宣父亲一路跟随，并帮助李銮宣出谋划策。诫之曰：“雉不隐其文，丽于罗；保不藏其斑，故陷于阱。南诏距京师远，风气且与两湖异。汝性卞急，疏中而不能忍，祸将及。”

上任之后，李銮宣一边侍奉父亲养病，一边忙碌紧张工作，作“”“刑曹老吏”的李銮宣常常“牍于药灶厕牏之侧”，丝毫不敢怠慢。按察使也叫“臬台”，在清代为正三品官员，作为一省的司法长官，按察使的主要职责是考核全省吏治，主管省内的司法、治安、刑事、监狱等事务。相当于今天的司法、公安厅长、省检察院、法院院长、以及政法委书记总的职权，总揽一省管理官吏和司法事宜。

作为一省“五巨头”（总督、巡抚、提督、布政使、按察使），李銮宣依旧保持谦虚谨慎的心态，一心为当地民众造福。上任之后，云南大涝，淫雨六十天不见天日，“茫茫一片江湖”，洪水肆虐泛滥。昆明、安宁、宜良、晋宁等地尤为严重，四野茫茫，成为泽国，百姓风餐露宿于泥沼，大地之上哀鸿遍野，“卖儿鬻女草间活，乞人稠比愁人稠”。李銮宣带领僚属，发动民众，夜以继日排疏积水，全力搞生产自救，并想方设法赈济灾民，让他们渡过难关；做好思想工作，稳定难民情绪。

云南地处边陲，历称蛮荒之地。这里天高皇帝远，政令不是很畅通。加之曾为前清时期“云南王”吴三桂独立王国，造成了为官者家长制、一言堂、独霸天下的不良传承。再加上清政府奉行民族歧视政策，对当地少数民族进行无端压迫，民族矛盾日益剧烈，积怨甚深。官吏豪强更是独霸一方，为非作歹，有恃无恐，腐化堕落，骄奢淫逸。到了嘉庆时期，这种现象愈演愈烈，更是有过之而无不及。官吏互相勾结，朋比为奸，鱼肉乡民，一些官员不仅欺压百姓，贪赃枉法，收贿冤狱，草菅人命，甚至瞒报灾情，贪污灾款，不顾死活，催征租税。甚至于上敢毁皇上法令，下敢汲取百姓资财产。凡朝廷赈灾、救济财物，全部中饱私囊，军营粮饷亦被冒领，从州县到督、抚，无不上下通同，狼狈为奸。

巡抚永保在草草视察灾情后，就匆匆返回衙门大摆酒宴，并请李銮宣参加，李銮宣到达宴会现场，面对满桌的山珍海味、珍馐佳肴，在座的那些脑满肠肥、无所作为的云南众多高级官员，捶胸顿足怒斥道：“何人肘系屯田印，竟说今年麦有秋？”然后拂袖而去，在座官员面面相觑，羞愧难当。云南吏治腐败，大小官员上行下效，作奸犯科，歌舞作乐，吃喝成风，醉生梦死。相反黎民百姓艰难度日，食不果腹，衣不蔽体，居住在破旧的茅屋，吃的是野菜秕糠，为了活命卖子鬻女，景象甚是惨烈。

李銮宣不仅廉洁奉公，而且对狱讼能公平判决，不徇私情。李銮宣主政云南司法，可谓朝廷用人之长，由于他曾担任过刑部主事、员外郎、坐牢厅官、兵备道，于是使出“刑曹”老吏的浑身解数，决心施展抱负，大干一番。在遇到阻力时，他毫不畏惧，知难而进，秉公办事，救民水火，不愧良心。凡事小心翼翼，处处谦虚谨慎，所有案卷都用心比勘，生怕胥役有一丝疏忽。“犯到即审，从不拖延时日，案必亲阅，不循情，不委以幕友。”他只争朝夕，惜寸光阴，囚至即录，从不拖延时日；案必亲阅，无有懈怠，从不以委幕友。

李銮宣在任期间，无滞狱、无徇情，对冤假错案逐一审查，进行复议，予以平反昭雪。尤其是对存疑案件反复核查，格外谨慎，格尽职守，明察秋毫。受到百姓极大赞誉，狱吏幕友一致好评。有一女童元宵节夜观花灯，饮酒过量，醉死于马小二家。女童家人以强奸致命案上告，马小二备受极刑，下狱达数年。李銮宣为了避免冤案发生，草菅人命，亲阅案卷，仔细比对，记载有：“死者身软如棉”语，据此定为醉死，以雪马小二冤屈。在他的主持下，诸多疑狱也多得平反。

李銮宣恪尽职守，秉公执法，不徇私情，不收贿赂。在办理龙世恩案时。得罪权贵。建水县民龙世恩，时饮其邻人向廷贵家酒，其从兄龙显恩，因恨世恩弟与其子发生口角，便到龙世恩家侮骂，向廷贵从旁劝解，亦遭到龙显恩侮骂，向廷贵愤怒至极，便尾随龙显恩离开龙世恩家后，行至僻静隘巷处，乘机将龙显恩刺死后逃逸。其时，龙世恩并不知此事。龙显恩家人遂以龙世恩刺死龙显恩上告到县衙。知县刘璘判决已定，认为龙世恩杀死了龙显恩，并呈报前任按察使杨长桂审转刑部，等待议复。

李銮宣抵任后，据司狱陈锦章禀称：建水县民龙世恩误伤龙显恩案，正凶实为向廷贵，而以龙世恩顶凶。李銮宣多方查审，案情确实有误。但此案系前任按察使杨长桂所定，故向云南巡抚永保提出复审，而永保自持满人身份，官高显贵，后台过硬，认为无错，并不理睬。李銮宣毫不屈服，执意再审，他为了给龙世恩平反，将所得案情详细上奏刑部，云南巡抚永保甚为震怒，串通刑部派往广西的布政使恩长复审，恩长于巡抚永保沆瀣一气，复审如初，结果仍判龙世恩有罪，终以龙世恩过失杀人而囚。巡抚永保还恶人先告状，朝廷遂将李銮宣以“偏听舛错，议清革职”，以延搁案件为由逮捕问狱。