自太平洋战争爆发以来，先后有6艘航空母舰在太平洋战区服役，其中4艘航母已经在作战中沉没。
“列克星顿”号航母在1942年5月的珊瑚海海战中被2枚鱼雷击中，经过抢修一度恢复作战能力，但最终因电机火花引发爆炸而失去控制，最终被己方驱逐舰击沉。
“约克城”号航母在1942年6月的中途岛海战中先被3枚炸弹击中，导致锅炉气压下降，失去航行能力。在第二轮遇袭时，舰上动力、照明和通讯系统均遭破坏，左舷倾斜，舰长不得不下令弃舰。
1942年9月瓜岛战役期间，“黄蜂”号航母在执行战术巡逻时，被日军潜艇偷袭，导致供油系统起火且火势无法控制，被己方鱼雷击沉。
1942年10月，同样在瓜岛战役期间的“圣克鲁斯岛海战”中，“大黄蜂”号航母被一枚鱼雷击中，导致舰体严重倾斜，后被己方鱼雷击沉。
与时运不济的“萨拉托加”号航母相比，“企业”号航母在战争前半段参加了几乎所有重大战役，功勋卓著。它曾三次被日军单方面宣布被击沉，但每次这艘“灰色幽灵”都能再次出现在战场上。
1943年5月27日，尼米兹在珍珠港代表罗斯福总统授予“企业”号航母“总统单位奖章”。7月20日，“企业”号航母返回美国本土进行大规模整修和改装。
对于太平洋舰队来说，一个时代过去了。
1943年6月初，也就是“企业”号航母即将返回美国本土时，第一艘埃塞克斯级航母“埃塞克斯”号驶进珍珠港，正式纳入太平洋舰队战斗序列。以此为标志太平洋舰队完成了新老装备交替，接下来尼米兹将率领全新的太平洋舰队主动向日军发起战略反攻。
对于美军来说，欧洲战场的主角是陆军，这里没有强大的敌国舰队，除了三次大规模的两栖登陆，海军的作用不在作战，而是担任运输和支援任务。在太平洋战区，美国海军的高级将领一直试图掌握战争的主导权，陆军自然不愿拱手相让，所以军种之间的竞争也愈发突出。
美国海军“老大”、海军作战部长欧内斯特·金一直对太平洋战局进展缓慢感到不满，他不断催促尼米兹应该加快进攻脚步。1943年2月，他与尼米兹在旧金山会晤，提出太平洋舰队在1943年至少要做到一点：破坏日军交通线的同时，保证盟军交通线畅通无阻。
在具体作战方向上金提出：既然哈尔西的部队已经得到了适当的加强，应考虑以瓜岛机场为支撑，向所罗门群岛西北端推进，夺取布干维尔岛，完全控制贯穿所罗门群岛的布喀航道。
尼米兹不同意这个方案，布干维尔岛附近有两个日军陆基航空兵基地，美军在无法取得制空权的情况下，进入该海域的美国海军舰只将遭受严重的空中威胁。
金又提出，日军从瓜岛撤出是为了重新集结兵力，他们是否会在中太平洋地区的发起攻势？如果日军从吉尔伯特群岛前出，依旧会威胁美军的交通线。所以他建议攻占吉尔伯特群岛，消除这一威胁。
尼米兹再次提出反对，他认为日军在马绍尔群岛有强大的空中威慑力，吉尔伯特群岛完全处于日军飞机的航程内，依靠太平洋战区现有兵力即便占领了吉尔伯特群岛，也无法坚守。至于金担心的日军继续从中太平洋东进的担忧，他采取的应对是在埃利斯群岛修建机场，阻止日军可能发起的进攻。
两个进攻方案都被尼米兹回绝，让欧内斯特·金颇为不快。他告诉尼米兹，几个月后新装备将交付太平洋战区，这些装备就是准备在中太平洋发动进攻的。尼米兹当然不畏战，他表示步兵和舰船已经能够满足进攻的需要，还应给战区增派重型轰炸机，金立即答应调给他。
1943年3月，参谋长联席会议通知尼米兹、麦克阿瑟、哈尔西、斯普鲁恩斯赴华盛顿参加太平洋作战会议。几个旧问题重新提上日程，诸如统一太平洋司令部、调整战区划分等依旧议而不决。会议成果有两个，考虑到太平洋战区资源不足，会议决定将进攻日军重要基地拉包尔的时间推迟到1944年初，其间麦克阿瑟和哈尔西的进攻目标仅限于新不列颠岛和布干维尔岛。金进一步明确：夺取拉包尔未必直接攻取，而是增加空中封锁、用少量部队围困迫使拉包尔日军基地陷于瘫痪。
另一项成果是斯普鲁恩斯提出进攻北太平洋阿图岛和吉斯卡岛的方案。他还希望抽调西南太平洋战区舰船支援此次行动。金表示同意，既然西南太平洋在1943年的进攻基调已经确定，在该地区继续部署太平洋舰队主力已经没有意义。同时他提醒与会者，日本海军从瓜岛收缩兵力，有从中太平洋出击的可能性。斯普鲁恩斯借机提出如果能从西南太平洋战区抽出作战舰船，加上攻占阿图岛和吉斯卡岛后返航的新舰船，就可以组建一支能够进攻吉尔伯特群岛和马绍尔群岛的舰队，以便彻底摆脱日军对夏威夷的威胁。
参谋长联席会议最终同意授权太平洋舰队进攻阿图岛和吉斯卡岛，但拒绝了进攻吉尔伯特群岛和马绍尔群岛的提议，理由是需要听取英国方面的意见。
阿图岛是美国距离日本最近的岛，长64公里、宽32公里，位于阿留申群岛最西端，隶属于阿拉斯加。1942年6月，日军进攻中途岛时，派出一支舰队佯攻阿留申群岛，虽然行动受阻，但依旧拿下来包括阿图岛和吉斯卡岛在内的几处岛屿。中途岛战役结束后，日军意识到阿图岛具有重要的战略价值，所以决定长期固守。在此之后，2300多人留在了这里，并在岛上构筑了大量永备工事。
担任阿图岛战役指挥的是北太平洋战区司令金凯德，除了战区所辖海军舰船，尼米兹给金凯德调去了受过两栖登陆训练的陆军第7步兵师共1.1万人，还从驻夏威夷的第50特混舰队调去3艘老式战列舰提供炮火支援，1艘护卫航母提供近空火力支援。此外加拿大派出一支4000人的登陆部队配合行动，登陆作战指挥官是海军少将弗朗西斯·罗克韦尔。
1943年5月11日，盟军在阿图岛南、北两处地段登陆。最初行动非常顺利，没有在滩头遭遇日军的激烈抵抗。此时美军还没有意识到，这是他们在太平洋战场无数岛屿争夺战中，第一次遇到有日军坚固工事的硬骨头。
阿图岛到处是光秃秃且坡度大的山地，日军的永备工事就是依托这样的地形构筑的。当美军开始向内陆推进时，马上遭遇激烈抵抗。5月的阿图岛刚刚解冻，岛上气温在零度左右，由于美军低估了日军的守备兵力，所以没有给登陆部队配齐御寒装备，数千名士兵在接下来的战斗中被冻伤，甚至因此截肢。岛上融化的冰雪使地面泥泞不堪，送上岛的重型装备陷在泥土里寸步难行。舰上和地面部队配合不熟练，舰炮提供的火力支援效果并不理想，误炸己方部队的情况时有发生。
日军的情况更糟，美军在登陆前已经对阿图岛实施封锁长达数月，岛上物资极度匮乏。战后美军发现了一本日军军医留下的日记，上面记录了守岛日军最后的轨迹：“5月27日，冻雨继续、疼痛刺骨。我们找一切东西让人们安息——吗啡、鸦片、安眠药。医院的屋顶被击穿了。2000人的部队还剩下1000人，他们都是伤员、战地医院和战地邮局的人……5月28日，我们的弹药用光了，再次遭到空袭，指挥部被炸飞了一半。他们开始发放400支吗啡杀死伤员。自杀事件到处都是。”
在5月29日最后一篇日记里，这名军医写道：“今天晚上8点钟，我们全体在总部集合，战地医院也参加了。我们将发动最后一次攻击。医院所有的伤员都被命令自杀，剩下的33个活人和我也将去死，我毫无遗憾。……下午6点，用手榴弹料理了一些伤员……今晚发动攻击的人有1000左右。将试图夺取敌人的弹药库……”
此役，日军几乎全部阵亡或自杀，仅有不到30人被俘。5月31日，日本电台报道了阿图岛失守的消息，首次使用“全员玉碎”一词。
鉴于阿图岛已经失守，日军大本营于6月决定放弃阿留申群岛，从吉斯卡岛撤退。至8月初，日军完成撤退任务。
6月初，尼米兹赴旧金山与欧内斯特·金举行定期会晤，专程听取了阿图岛战役的汇报，对登陆指挥官罗克韦尔和霍兰德·史密斯总结的宝贵经验非常重视。不久之后他任命史密斯出任第5两栖军军长，纳入斯普鲁恩斯的第5舰队。
尼米兹这次来旧金山还有一个收获，刚刚在华盛顿举行的美英首脑会议上（代号“三叉戟”），英国方面同意了美国提出的“战胜日军的战略计划”，这个计划规定了打败日军应采取的措施：进行封锁，特别是切断日军东印度群岛地区攫取石油和其他战略物资的交通线；持续轰炸日本大城市；进攻日本本土。
以此为依据，盟军的反攻将分为两路。一路从南太平洋和西南太平洋向北进攻，通过围困迫使日军拉包尔基地瘫痪后，麦克阿瑟将统帅所属部队沿新几内亚向菲律宾棉兰老岛推进。另一路由尼米兹率中太平洋战区部队横渡太平洋，经吉尔伯特群岛、马绍尔群岛、加罗林群岛向西进攻，直至与麦克阿瑟在菲律宾群岛会师。
欧内斯特· 还告诉尼米兹，以后他有权调动太平洋战区所有部队，不必向参谋长联席会议请示同意。6月18日，参谋长联席会议正式下达进攻马绍尔群岛的命令，并把海军陆战第1和第2师划归中太平洋战区指挥。同时将南太平洋战区所属的全部两栖作战舰队以及大部分海军舰船调给中太平洋战区。
麦克阿瑟不出意外地提出了反对，他坚持“以新几内亚——（菲律宾）棉兰老岛为轴线”发动主要攻势。他认为日军中途岛的失败是“部队进攻防御坚固岛屿得到的必然结果”，所以美军的进攻必须得到陆基航空兵的支援。
主张从中太平洋推进的将领立即提出反驳，认为航母舰载机可以迅速穿越敌军防御阵地，其作战半径和灵活性远超陆基航空部队。不仅如此，从中太平洋推进可以缩短运输线，节省船只，还能迫使日军把兵力分散到每一个岛屿，有利于美军各个击破。
麦克阿瑟没有妥协，他要求至少留下海军陆战第1师，以便他接下来用于新几内亚的格洛斯角登陆作战。中太平洋战区也不得不让步，决定先进攻距离新几内亚更近的吉尔伯特群岛，而后再进攻马绍尔群岛。至此，太平洋战场的战略反攻框架成形。
吉尔伯特群岛位于所罗门群岛东北、马绍尔群岛东南，由16座岛礁组成，其中较大的岛礁包括塔拉瓦岛和马金岛。
负责实施吉尔伯特群岛战役的作战部队是太平洋舰队第5舰队。至1943年秋，这支部队已经拥有6艘埃塞克斯级航空母舰、5艘独立级轻型航空母舰、8艘护航航空母舰。以及5艘新型战列舰、7艘老式战列舰、9艘重型巡洋舰、5艘轻型巡洋舰、56艘驱逐舰、29艘运输船和大量登陆船只。
舰队指挥官是海军中将雷蒙德·斯普鲁恩斯，其亲自指挥的第58特混舰队编为若干特混大队。每个大队由2艘大型航母和2艘轻型航母、1～2艘快速战列舰、3～4艘巡洋舰、12～15艘驱逐舰组成。每个大队可以独立作战，也可以实施联合行动。
在原南太平洋两栖作战部队的基础上，第5舰队组建第5两栖作战编队，由里奇蒙德·特纳指挥。编队分为两个兵力群，一支由特纳亲自指挥，一支由编队副司令希尔少将指挥。
原两栖作战部队所属的所有地面部队单独划出，成立第5两栖军，由陆战队少将霍兰德·史密斯担任军长。
1943年9月1日，美军参谋长联席会议将夺取吉尔伯特群岛的作战指令下达给美军太平洋舰队。太平洋反攻战由此拉开帷幕。
