肃南县地处河西走廊中部、祁连山北麓，因地处肃州（酒泉）以南而得名。肃南东临天祝藏族自治县，西接肃北蒙古族自治县，北部自东向西与凉州区、甘州区、肃州区、嘉峪关市、玉门市等市县区毗邻，南部与青海省的门源回族自治县等县相连。全县人口33393人，其中裕固族10719人，是国务院确定的28个人口较少民族之一，肃南县也是中共甘肃省委、甘肃省人民政府确定纳入比照藏族聚居区扶持政策范围的县区之一。
历史沿革
肃南县成立以前，现辖区称走廊南山或祁连山区。历史悠久，地域辽阔，民族迁徙频繁，又无详细史料记载，故建置沿革比较复杂。
《管子.封禅篇》、《汉书.地理篇》等史书记载:春秋战国时期活动在河西地区的民族较多，主要有月氏、乌孙、匈奴几个势力较强的民族，这些民族主要居住在“敦煌-一祁连间”。公元前176年前后，匈奴入据河西走廊，击走原居祁连山区的月氏，利用这里的优越条件，大力发展经济和军事，成为“控弦之士30余万”(《史记.匈奴列传》)，强大的奴隶主军事政权，统治整个河西走廊和祁连山区。大月氏西迁以后，其中一部分迁入祁连山，《史记》称:“其余小众不能去者，保南山羌，号称小月氏。”从而小月氏退出了历史舞台，游牧于祁连山中。
公元前133年至公元前119年，汉武帝派遣张骞出使西域，先后击败了休屠王和浑邪王，部分匈奴离开河西地区，他们唱到“失我祁连山，使我六畜不繁息;失我焉支山，使我妇女无颜色”。公元111年(元鼎六年)设张掖郡，祁连山地区正式归入中原版图，祁连山地区辖属张掖郡。
公元397年(隆安元年)，段业建立北凉政权，祁连山大部分地域归北凉政权，北魏灭北凉，张掖改称甘州。公元607年(隋大业三年)又将甘州更名张掖郡，派吏部侍郎裴矩到张掖，掌管西域诸国及少数民族事务。
唐朝于公元742年设河西节度使管辖河西各地。公元764年(代宗广德二年)吐蕃乘河西空虚发动进攻，于公元766年(大历元年)占领甘州，祁连山地区归吐蕃政权统治。公元848年(唐宣宗大中二年)张义潮起事驱吐蕃，统治了河西。唐末五代初，回鹘势力强大，于公元890年在张掖建立牙帐，祁连山区被甘州回鹘政权统治140多年。公元1028年，党项族攻克回鹘，建立了西夏政权，在张掖设宣化府，统治整个张掖地区长达190年。元灭西夏，在甘州设甘肃路总管府。公元1368年，明朝设立甘州五卫，后并卫改县。1725年设甘州府管辖张掖及祁连山大部分地区。
辛亥革命后，设甘凉道、安肃道，1935年改甘凉道为第六行政督察区，改安肃道为第七行政督察区，肃南地区大部分属七区管辖，隶属酒泉、高台、临泽、张掖、民乐各县。1949年新中国成立后，祁丰、明花归酒泉县属，设祁明区；大河一带归高台县属，设直属乡，后改为第六区；康乐一带归张掖县属，设康乐区；马蹄一带归民乐县属，设马蹄区；协和乡归张掖县属，后并入马蹄区。
1954年成立肃南县，酒泉祁明区、高台第六区、张掖康乐区划归肃南县统一管辖。1957年又将马蹄区划归肃南县管辖。1953年，根据西北行政委员会召开的甘青新三省区边境各族代表座谈会议精神，将肃南疏勒川草原划归肃北蒙古族自治县。1959年，肃南与青海的行政区划进行了一次大的调整，将肃南县的陶莱东部、八字墩、友爱的草原划归青海省；将青海省的皇城滩草原移交肃南县。1971年，以战备的名义，将肃南县的祁丰区分别划归嘉峪关市和酒泉县管辖；肃南县的皇城区划归永昌县和武威市管辖。1972年，祁丰区和皇城区重归肃南县管辖。
行政区划
1954年肃南县辖4区13乡。金泉区辖红湾乡、韭菜沟乡、水关乡；康乐区辖青龙乡、白银乡、杨哥乡、泉源乡；明花区辖明海乡、莲花乡、前滩乡；祁丰区辖祁林乡、祁连乡、祁文乡。
1958年撤区并乡，建立人民公社管理委员会。全县辖5个人民公社18个生产大队。大河公社辖红光大队、韭菜沟大队、水关大队；五星公社辖明海大队、莲花大队、前滩大队；祁丰公社（后易名灯塔公社)辖祁林大队、祁连大队、祁文大队、祁青大队；泉源公社辖跃进大队、红旗大队、白银大队、青龙大队；马蹄公社辖马蹄大队、黄草沟大队、西水大队、大泉沟大队。
1962年经过体制调整，全县辖6个区，26个人民公社，92个生产大队。大河区辖雪泉公社、喇嘛湾公社、韭菜沟公社、景耀公社、水关公社；明花区辖明海公社、莲花公社、前滩公社；祁丰区辖祁文公社、祁丰公社、祁林公社、祁连公社、祁青公社；康乐区辖青龙公社、白银公社、康乐公社、红石窝公社；马蹄区辖马蹄公社、大都麻公社、大泉沟公社、西水公社；皇城区辖北滩公社、铧尖公社、泱翔公社、东滩公社、马营公社。
1967年在“文大”中对基层政权机构进行了更名，全县辖6区26个公社。大河区更名为长征区，辖长征公社、红星公社、东方红公社、五星公社、红霞公社;明花区更名为南泥湾区，辖南泥湾公社、明海公社、前滩公社;祁丰区辖祁丰公社、祁文公社、祁青公社、祁连公社、祁林公社;康乐区更名为继红区，辖继红公社、团结公社、上游公社、红石窝公社;马蹄区更名为东风区，辖东风公社、七一公社、向阳公社、五一公社;皇城区更名为红卫区，辖赤卫公社、红光公社、永红公社、卫东公社、红卫公社。
1970年恢复原区社的名称，全县辖6个区，23个人民公社，87个生产队。
1989年人民公社改为乡的建置，生产队改为行政村。
1990年全县辖6 区、23乡、96 个行政村。
1990年全县辖6区、23乡、96个村民委员会。
1991年10月，设立大坡头村，归大都麻乡管理。
2001年7月，在明花农业开发区27个农户方田分别建立许三湾村、双海子村、黄河湾村3个村级组织，归明海乡管理。2002年1月撤销原国营大岔牧场，设立大岔村，划归雪泉乡管理。
从2002年7月下旬开始，在全县范围内实施机构改革工作，经过调整、撤并、组建，全县基层区、乡(镇)机构30个，其中:区级机关6个，乡级机关23个，镇机关1个。
2004年，在肃南县行政区划调整前，县辖1镇、6区、23个乡（民族乡）。第五次人口普查：全县总人口36678人，其中各区、乡镇人口：红湾寺镇7030人；皇城区北滩乡1566人、东滩乡3213人、铧尖藏族乡1586人、马营乡666人、泱翔藏族乡1870人；马蹄区大泉沟乡1756人、西水藏族乡1329人、大都麻乡1662人、康乐区杨哥乡1154人、红石窝乡1509人、青龙乡1279人、白银蒙古族乡891人；大河区韭菜沟乡1546人、水关乡546人、雪泉乡1529人、喇嘛湾乡974人；明花区前滩乡453人、莲花乡638人、明海乡2239人；祁丰区祁林乡471人、祁连乡943人、祁文藏族乡1367人、祁青藏族乡461人。
2004年8月，根据《甘肃省开展乡镇区划调整工作实施意见》和张掖市人民政府《关于印发张掖市乡镇行政区划调整工作实施意见的通知》，在全县开展乡镇行政区划调整工作。按照弱向强合，小向大合的原则，进行调整、撤并、组建，撤销6个区公署、23个乡人民政府；成立6个乡(民族乡)人民政府、2个镇人民政府，撤并率达73.3%。县人民政府驻红湾寺镇。调整后的乡镇党委于2004年11月18日挂牌成立，乡镇政府于12月28日挂牌成立。为保证乡镇机构的平稳过渡，县委、县政府针对牧区群众居住分散，乡镇机构服务半径大的实际，在较为偏远的15个原乡驻地下派工作组，协助乡镇党委、政府管理基层服务机构，协调各方关系，负责上情下达，下情上报等工作，为群众提供便捷服务。
2008年末，辖2个镇、6个乡（其中3个民族乡）：红湾寺镇、皇城镇、马蹄藏族乡、康乐乡、白银蒙古族乡、大河乡、明花乡、祁丰藏族乡，共有101个行政村。
到2012年12月，全县辖皇城镇、马蹄藏族乡、康乐乡、大河乡、明花乡、祁丰藏族乡、白银蒙古族乡、红湾寺镇8个乡镇人民政府，101个村民委员会。
2014年10月，撤销原肃南县鹿业公司农牧队，设立金畅河村。
2016年11月，康乐乡撤乡改镇，设置康乐镇。
2022年肃南裕固族自治县辖3个镇、2个乡、3个民族乡，另辖2个乡级单位。自治县人民政府驻红湾寺镇。
现在全县总面积为23887平方公里。全县辖5乡（马蹄藏族乡、白银蒙古族乡、大河乡、明花乡、祁丰藏族乡）、3镇（红湾寺镇、皇城镇、康乐镇）、102个行政村和3个国有林牧场
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