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联邦派与共和派的矛盾和冲突，经过制宪时期的争论和华盛顿当政时期的较量，到约翰·亚当斯执政后又进一步激化。
亚当斯1798年颁布的摧残人权的法令，在社会上引起普遍不满，更遭到民主共和党人的反对，联邦派与共和派的矛盾与冲突进入一个新的阶段。
这里所说的“民主共和党”，是1791年杰斐逊、麦迪逊与纽约州反联邦派组成的政党，起初并无固定名称，有时称民主党，有时称共和党，1794年改称民主共和党。美国学者的著作中多称“共和党”。为区别于后来的共和党，此处用“民主共和党”之名。
以杰斐逊为首的共和派，通过反对亚当斯的非民主的措施而获得了更为广泛的政治影响与社会支持，为1800年大选的胜利作了有利的铺垫。
1、民主共和党的大胜针对亚当斯的反民主法令，杰斐逊起草了《肯塔基决议案》，麦迪逊草拟了《弗吉尼亚决议案》。前者由约翰·布雷肯里奇在肯塔基州议会提出，1788年11月16日被通过；后者经卡罗来纳的约翰·泰勒介绍，同年12月24日被弗吉尼亚议会通过。
《肯塔基决议案》重申各州所拥有的权利，呼吁“兄弟州一致宣布”亚当斯的上述法令“无效”，并和肯塔基州联合起来，“要求下届国会将它废除”。决议还指出，制订那4项法令是国会的违宪行为，各州“有平等的权利，就违宪之处及补救方法自行作出判断”。
此决议案和《弗吉尼亚决议案》通报各州后，有些北方州不同意其中的一些原则，提出，判断国会法令是否违宪的准一仲裁者是法院。对此，肯塔基州议会于1799年11月22日义补充通过第二个《肯塔基决议案》，重申各州有权宣布上述4项法令无效，强调“适当的补救办法就是宣布这种特权（即法院判断违宪的权力)无效，并废除在这种工具的幌子下制定的一切越权的法案”。
在维护载入联邦宪法的“契约理论”、申张人权和反对中央集权的任何趋势等方面，两案都具有重要的意义。两案经各州议会讨论，除马里兰、特拉华和新泽西3州反对外，在各州获得广泛赞同。可见，共和派的影响在全国范围内得到扩大。
1800年总统大选时，民主共和党全力以赴，决定改变在野党地位。杰斐逊号召“每个人都必须以他的钱袋和笔杆作出贡献”，在大选中“要付出巨大的精力和牺牲”。
纽约州由该党在各地区的领导人组成一个核心会议，指导各县和地方活动。宾夕法尼亚州的每个县、费城的每个区都设有党的委员会。弗吉尼亚和新泽西州也是该党的势力范围。
这次大选，两党的国会核心会议第一次被作为总统候选人的提名机构。民主共和党提名杰斐逊和伯尔为总统和副总统候选人，联邦党的正副总统候选人为在任总统亚当斯和查尔斯·科茨沃思·平克尼。汉密尔顿派支持平克尼为总统候选人，散发一本反对亚当斯连任的小册子，题为《合众国总统约翰·亚当斯先生品行和性格真相》。
联邦党的分裂为民主共和党获胜创造了时机。
两党均未制定正式竞选纲领。然而，杰斐逊在私人信件中陈述的思想，通过民主共和党的各种传品广为传播，实际起着竞选纲领的作用。
杰斐逊对新政府的基本设想包括：
维护联邦宪法，反对以任何形式向君主制过渡，不论是先“过渡到总统和参议院的终身制”，还是实行“这些职务的世袭制”；反对把一切权力集中在联邦政府，尤其是行政部门，主张各州保留它们没有让与联邦的各种权力；建立“一个精简节约的政府，将从公共收入中尽可能节约下来的钱全部用于清偿国债”；不赞成在和平时期建立一支常备军和海军，应依靠民兵；出版和信仰自由；国际关系方面，“与所有国家自由通商，但不与任何国家发生政治联系”。
1800年12月的选举人投票结果是，杰斐逊和伯尔得票相等，各获73票；亚当斯65票，平克尼64票，杰伊1票。
根据宪法，须经联邦众议院在前两名候选人中投票，决定正副总统。众议院是联邦党的阵地，亚当斯失利后，全力支持伯尔，以击败杰斐逊。投票在2月中旬举行，持续一周，两人票数始终相等，直到第36轮，杰斐逊才以微弱多数获胜，当选总统，伯尔为副总统。
杰斐逊的上台开创了总统兼任执政党领袖的先例。而且，国家政权首次由一个政党和平转移到另一个政党。这些都表明美国政治生活中政党制度的初步形成。
民主共和党人在同年进行的国会选举中，也赢得众议院和参议院的多数席位。此后，民主共和党连续执政24年，被称为“弗吉尼亚王朝”。
2、杰斐逊的为政举措1801年3月4日，杰斐逊在新首都华盛顿就任美国第三任总统。他发表的就职演说是民主共和党的第一个施政纲领，其内容比竞选主张更加具体化。演说以很大篇幅谈及民主共和党和联邦党的观点分歧，强调应该捐弃前嫌。
他信心坚定地说，如果“有什么人想解散这个联邦，或改变它的共和制政体”，就让他们“保留”这种“错误意见”好了，“理智可以自由地和它进行斗争”。在演说中，杰斐逊提出一套政府应遵循的基本原则。首先，必须维护“具有宪法效力的中央政府”，他称政府为“国内和平和国家安全的依靠”。其次，他声明：“支持各州政府所拥有的权力”，赞扬它们是解决“国内事务最有能力的行政机关”，又是“与反共和主义倾向作斗争的可靠堡垒”。
关于经济政策，杰斐逊在演说中提出“鼓励农业生产”，同时“发展商业为农业服务”的方针。他还号召“节约公共开支”，“减轻劳动者负担”，“偿还国家债务”，“维护公共信贷”。
杰斐逊还重申了人权问题和民主原则。他提出应保障人民享有信仰宗教的自由和出版自由，以人身保护法保护人身自由，人民应拥有选举陪审团的平等权利等等。
关于国际关系，他主张“对所有国家和平、通商、真诚友好”，“不卷入任何联盟”。这些基本原则成为杰斐逊政府，乃至以后两位民主共和党继任者所遵循的治国方针。
军事方面，杰斐逊依据宪法，以海、陆军及民兵总司令的身份，对陆军实行“纯洁改编”，由3500人减至2500人；1802年建立西点军校。另外，削减原有的海军舰只并停止建造新舰，以紧缩政府财政开支。
杰斐逊任内还对西部土地政策做了一些调整。
联邦党政府17%年颁布的土地法提高地价，因而遭到非议。于是国会对土地法加以修改，1800年5月颁布了一个新法，有所让步，将每人一次最低购买数由640英亩降为320英亩，并允许赊购，但每英亩价格仍保持2美元。路易斯安那购买后，根据条约将逐渐组织若干州，1803年俄亥俄州加入联邦。杰斐逊政府为鼓励开发西部，1804年发布土地法，规定每人最低可购买的亩数比1800年又降低一半，即160英亩，地价降为每英亩1.64美元。
此举吸引大批移民涌向新地区，推动了西进运动的展开。1808年杰斐逊政府又颁布法令，将赊购土地的最后付款期从4年延长至5年。出售土地的工作进行得卓有成效，1800年仅有6.7万英亩土地被出售，到1818年已达350万英亩。
改革中，杰斐逊注意对前任时期行之有效的政策和法律加以尊重，继续执行，使政府换届后，某些政策保持一定的连续性和稳定性。
3、购买路易斯安那路易斯安那地区是法国在北美大陆的殖民地。欧洲七年战争(1756一1763)中，法国战败，割让了一部分北美殖民地给英国，为防止英国得寸进尺，它主动将路易斯安那及新奥尔良市转交盟友西班牙。1799年法国拿破仑上台。1800年，他强迫战败的西班牙签订秘密协议，归还路易斯安那。
法西秘约一年后才公开。1801年5月杰斐逊风闻此事，认为，路易斯安那在软弱的西班牙手中尚且无妨，若易手军事强国法国，将后患无穷，拿破仑会进一步“盘算加拿大”，“挑动印第安人骚扰美国边境”。
他提出，美国“必须取得通向密西西比河出海口和新奥尔良的通道，否则就将最后失去阿巴拉契亚山后面的一切”。
杰斐逊的考虑主要是为排除来自法国的威胁，但同时具有一定的扩张性；此外，在杰斐逊看来，获得新的土地可以推动美国农业的发展，对他的治国理想是一个极好的支持。
美国制订了一个购买这一地区的计划，将依次用4个方案：
首先，美国出1000万美元以内的任何价格，购买新奥尔良和东、西佛罗里达；
第二，以1000万美元的3/4购买新奥尔良岛或密西西比河口东岸地区，兴建新出海口；
第三，以强硬态度要求法国保证美国永远享有密西西比河航行权和在海港的存栈权，否以美英联合进攻新奥尔良相威胁；
第四，前三步均遭拒绝后，美国将与英秘密接触，联合孤立法国。
1802年，美国驻法公使罗伯特·利文斯顿和特使詹姆斯·门罗奉命与法国政府开始谈判。
谈判进行得出乎意料的顺利和迅速，法国政府所作的让步使美国人感到惊讶。法国有难言的苦衷，2万人刚刚在海地全军覆灭，急需资金重整旗鼓；另外，拿破仑估计，法英重新开战后，英国必将进攻新奥尔良乃至路易斯安那，与其使它们落入宿敌之手，不如卖给美国；而且，出卖路易斯安那后，法国可解除后顾之忧，全力以赴控制欧洲。
1803年4月30日美法签订条约，美国付8000万法郎（约相当于1500万美元），从法国手中购买整个路易斯安那和新奥尔良地区，总面积达200万平方公里。这笔交易，正如美国史学家享利·亚当斯在上个世纪所说：“美国政府付出了如此小的代价，获得了如此多的东西。”
路易斯安那购买是美国历史上的重大事件，意义深远。
第一，美国领土由此扩大1倍多，人口增加5万，“新地区无论在土壤、气候、物产还是交通于线方面都不比原有的地区差。”
杰斐逊还估计，仅新奥尔良地区，就能“生产高出美国全部产量一半以上的产品”，“养活多于美国人口一半以上的人口”。
第二，美国实现了变密西西比河为内河的梦想。
北美的密苏里河、俄亥俄河、田纳西河、阿肯色河均注入密西西比河，它是这个盖面宽广的水路网络的中枢。新奥尔良港又将它与海路联系起来，在当时陆路交通尚不发达的情况下，更具有特殊意义。
第三，路易斯安那问题的解决，在一定程度上缓和了法、英、西等国为争夺其所有权而产生的矛盾。法国退出角逐后，其势力在北美大陆基本消失。美国西部和南部主要与西班牙为邻。
西班牙国力衰退，对于美洲鞭长莫及。美国的安全得到一定保障。
第四，美国疆域到达落基山脉，为它继续向西扩张直至太平洋沿岸创造了条件。
对于这次购买，当时是有争议的。有人反对领土扩张，说这必将危及国家团结。
杰斐逊驳斥道：
“谁能限制联邦原则有效运用的范围？我们的联合越扩大，受地方情感动摇的机会就越少。”
他还说，“从任何方面讲，由美国的后裔开垦这块土地，比由其他种族的陌生人去开拓更好”。
还有人说宪法没有授权总统获得外国领土，对此杰斐逊十分清楚，但等待国会讨论再行动就为时已晚，他以“联邦必要的革命同样是宪法的革命”为理由，当机立断。
1803年10月底，国会批准了条约。
此后仅用40年，美国就通过威胁利诱印第安人的手段，以及对墨西哥发动战争，把边界推到太平洋沿岸。
4、为何购买路易斯安那？杰斐逊早就对路易斯安那产生浓厚的兴趣。1800年1月他曾与科学家、国会议员林·威廉逊通信讨论那里的气候和生物情况。
一年后，他对门罗道出了扩张的心愿：
“不能不看到长远的未来，那时我国人口的迅速增加将使我们扩大到现有的范围以外，整个北美大陆，如果不包括南美大陆的话，将往满说同一语言，以相同的政体和法律治理的人民。”
基于这些思想，在与法国谈判购买问题的同时，1803年初杰斐逊从国会取得2500美元拨款，并得到法国殖民当局许可，决定向路易斯安那派出一个考察探险队，名为寻找水系，实为为今后治理西部作准备。
探险队由杰斐逊的私人秘书梅里韦瑟·刘易斯上尉和青年军官威廉·克拉克中尉率领。全队由23名战士、3名向导和1名奴隶组成。1803一1804年冬，他们到达密西西比河畔的圣路易斯，进行准备。
1804年春，沿密苏里河北上，秋天到达北达科他地区，建立小站佛特蒙登过冬。1805年春继续北上至今北达科他州首府俾斯麦城，后到达黄石河河口，7月沿密苏里河上游航行至蒙大拿的大瀑布，又经塞尔蒙河发现哥伦比亚河，顺其流而下，11月15日到达俄勒冈地区的太平洋岸边。
1806年3月启程返回，探险队从哥伦比亚河上游兵分两路，刘易斯率人沿北线经密苏里河向东，克拉克一行沿南线顺黄石河东进，后在今蒙大拿州黄石河河口汇合，再顺密苏里河向南，于9月23日回到圣路易斯。
他们探险归来时，美国国旗早已在路易斯安那上空飘扬，他们的考察报告向人们进一步显示，美国还可以征服更远的西部直至太平洋沿岸。
考察队搜集了大量天文、地理的第一手资料，绘制了地图，而且与沿途的印第安人部落建立了一定关系。这一切都使杰斐逊极为满意，他于1806年任命刘易斯为路易斯安那地区总督，第二年任命克拉克为路易斯安那的印第安人事务最高长官，麦迪逊执政后于1813年又任命他为密苏里地区总督。
5、走向战争的边缘1808年大选时，杰斐逊效法华盛顿谢绝第三次竞选。民主共和党提名麦迪逊为总统候选人，以副总统乔治·克林顿为首的东北部州反对，说麦迪逊是禁运政策的直接责任者，他们以“独立共和党”名义提名克林顿参加竞选。新英格兰地区的联邦党积极组织竞选，借禁运攻击民主共和党，大有东山再起之势。选举结果，麦迪逊获122张选举人票，联邦党候选人平克尼得47票，克林顿6票。1809年3月4日，麦迪逊就任第四任总统，克林顿为副总统。4年后，麦迪逊以128张选举人票连选连任，副总统是埃尔布里奇·格里，詹姆斯·门罗自1811年至1817年任国务卿。
麦迪逊是制宪会议的理论家，被认为是建国“元勋”中最后一位总统。
他上任后，继续执行杰斐逊时期民主共和党制订的内外方针。这时，国家财政依然困难，经过反英战争，债务骤然上升为1816年的1.27亿美元。1811年，“第一合众国银行”执照期满时，众议院批准予以延长，但被参议院以1票之差否定（赞成票和反对票各半时，克林顿投了关键的一张反对票)，停止营业。
此后5年间，各州银行由1811年的88家增至1816年的250家，货币管理紊乱，无政府状态泛溢。战争的主要费用来源于公债和国库券。1816年，在财政部长亚力山大·达拉斯坚持下，国家成立“第二合众国银行”，执照有效期为20年。国会还通过新关税法，具体指出要保护纺织、冶铁、玻璃和纸张等工业不受外国竞争，充分体现政府对发展民族工业的态度。
麦迪逊执政时，美国与英国的对立更趋尖锐。为挽救经济，麦迪逊努力寻求缓和美欧关系的途径，甚至向英政府提出美国可以首先停止对英贸易禁运，但遭英拒绝。1810年4月由众议院外交委员会主席纳撒尼尔·梅肯提出《第二号梅肯法案》，5月1日由国会通过。《停止通商法》被废止。它宣布对英、法恢复贸易，如到1811年3月3日以前，英、法之中不论哪一个仍不更改其封锁命令，美国将重新实行《停止通商法》。同时禁止英法武装船只进入美国领海，遇难和携带紧急公文者除外。
1810年11月1日，法国宣布从此日起废除针对中立国海运的法令。麦迪逊于次日警告英国，若在3个月内仍不改弦更张，美国将重新对英停止通商。对于英、法两国，正如杰斐逊的分析，拿破仑并不可怕，因为在他把限睛转向美洲之前，还有整个欧洲大陆需要征服，“相反，英国是不能作为盟国来依靠的始终存在的危险”。
英国果然无视麦迪逊的警告，继续我行我素。
截止战争爆发，美国船只上已有1万人被英国抓捕和强迫服役。1811年2月11日，美国再次停止与英通商。美、英关系进一步恶化。
美国国内对于英国的蛮横态度有战与和两派。
主战派是执政的民主共和党，它代表西部和南部种植园主以及与他们有经济关系的东部商业资产阶级利益。他们认为外交手段和经济制裁的办法全然无效，除了开战已别无选择。
杰斐逊说：
“时间、耐性和爱好和平的一切希望都已竭尽，我们所剩下的惟一快择就只是战争或者可耻的屈服了。”
人民群众的大多数支持对英再战，他们深受英国封锁政策之害，而且对独立革命记忆犹新，向英国屈服意味着接受殖民主义和放弃共和制度。
主战派之中有一批年轻议员，被称为“战鹰派”。他们鼓吹对外扩张，从英国手中夺取加拿大，进而对其他国家宣战，占领佛罗里达。
众议员哈柏说：
“造物主决定了我们在南部的边界是墨西哥湾，而在北部则是那永世寒冷的地方。”
国务卿门罗也认为取得加拿大是理所当然的事，他说：
“将作为满意地结束这场战争的一种手段而夺取加拿大。”
“战鹰派”的主要成员有来自肯塔基的亨利·克莱、田纳西的费利克斯·格伦迪、南卡罗来那的约翰·卡尔霍恩和纽约州的彼得·波特等。
反战派是一向亲英的联邦党，它主要代表东北部的商业资产阶级利益，特别是和英国工业密切相关的航运业资产阶级。该党自1800年以来已失去原来在全国的影响，主要势力集中在新英格兰地区。
（正文完）
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