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在先后历经了英法联军的洗劫和太平天国运动的打击后，清廷的实力早已大不如前，尤其是对于边疆的控制力急剧衰弱，在这种情况下，新疆各族先后爆发了起义，建立起了伊犁、库车、乌鲁木齐、喀什噶尔、和田等五个割据政权。
次年，来自浩罕汗国的阿古柏又率领亲兵入侵了新疆，并在随后的几年时间里相继击败和歼灭了新疆的割据势力，一时风头无两。
塞防与海防之争然而面对阿古柏的入侵，刚刚承受了太平天国起义打击的清廷一时之间难以抽出精力来对付新疆的叛乱，但就在这时，沙俄的一个决定却让清政府不得不作出选择和割舍。
1872年前后，沙俄开启了对新疆武装吞并的计划，并在一系列的军事行动后成功地占领了伊犁，随后更是大张旗鼓地制定了“收复”乌鲁木齐的计划，而沙俄肆无忌惮地入侵也引起了清政府的注意。
毫无疑问，如果清廷继续采取作壁上观的态度的话，这多达160多万公里的领土极有可能会落入西方殖民者之手，然而还没等清政府作出取舍，一个噩耗就又送到了清朝统治者的桌前——日本的海军入侵了台湾，并逼迫清廷签订了《北京专约》，赔偿了约50万两白银。
虽然这笔赔款对于清政府来说无伤大雅，但这也引出了清朝塞防海防之争，以李中堂为首的海防派主张放弃新疆，着重加重海防之力，以捍京师。
而左宗棠却对这一派的说法极为愤慨，他跨步上前，以“新疆不保则不能保蒙古，蒙古不保则不能保京师”为论调，彻底说服了还在犹豫的清朝统治者，随后清廷得出了塞海并重的结论，令左宗棠为钦差大臣，全权督办新疆事务。
而得到清廷首肯的左宗棠，也开始招兵买马着手收复新疆一事。
左宗棠的准备工作不过虽然左宗棠这边定好了收复新疆的目标，但横在他眼前的问题还有更多，首先就是打仗所需的粮饷就是一个问题，当时的清政府虽然命令了左宗棠全力督办新疆一事，但能够给予的支持却相当有限，于是，为了解决这一问题，左宗棠决定向洋行筹借白银。
不过这一决定却受到了两江总督沈葆桢的全力反对，最终在经历了一番波折之后，清政府下令户部拨款200万两，各省筹备300万两，再由左宗棠借款500万两，暂时解决了左宗棠的欠款问题。
在这个问题解决之后，粮食就又成了左宗棠新的问题。
于是左宗棠先后作出了两大改动，其一是鼓励士兵就地务农，减轻军队的粮食负担，第二是精简军制，裁撤一些身体素质不过关的士兵，而余下不足的部分，则由采购来解决。
而在粮饷这些基本问题解决之后，左宗棠就开始处理军队的素质问题。对于清王朝和左宗棠来说，收复新疆的机会只有一次，一旦失败，那么凭借如今清政府支离破碎的局面，根本组织不起第二次反攻，因此，军队孰强孰弱对于左宗棠来说相当重要。
因此，左宗棠一方面大力采购军械，一方面又在陕甘等地生产补给，并先后创立了西安机器局和兰州制造局为西征军的武器维修。
最终，在经过左宗棠一年多的准备工作后，这支武装到牙齿的军队已经磨刀霍霍，只等左宗棠的一声令下开赴新疆了。
惨烈的收复战争而眼见时机成熟的左宗棠也没有犹豫，当机立断都下达了进军新疆的命令。在当时的清廷看来，阿古柏的军队很多装备了奥斯曼帝国和英属印度的武器，而且人数更是有多达五万人之多，骁勇善战凶残可怖，左宗棠的新疆之战只怕是九死一生。
不过作为晚清最为善战的重臣，左宗棠却在阿古柏的军队中看到了致命的缺点，其人数虽然众多，却大多都是强行从新疆等地强征壮丁拉来的，士气低迷缺乏训练，一旦遭遇硬仗就会一败涂地。
为此，左宗棠专门制定了缓进急战的策略，确定先守北疆，再战南疆。于是在1876年4月，左宗棠正式率领西征军入疆，与驻守在新疆的清军一起猛攻南北疆的交通重镇乌鲁木齐。
而阿古柏得知消息之后，率领约4万余人赶到了新疆。1876年7月，双方在古牧地爆发了战斗，激战数天之后，阿古柏部大败，清军成功占领古牧地一带。
首战告捷之后，清军又趁势攻下了乌鲁木齐，成功打通了南北疆的交通。接连的两场大胜，让清军内部的一些将官又犯起了爱好抢功的老毛病，作为通往南疆的重要门户，玛纳斯早已料到了阿古柏一定会调集重兵防守该镇，而这里也大概率会成为清军能否收复新疆的关键。
因此，在这里的安排上，左宗棠可谓是用心良苦，他先是配合了多地重兵对玛纳斯实现了合围，随后又掐断了该城的所有补给，而左宗棠的目的也很简单，就是想要通过压迫让阿古柏部主动投降。
然而让人没想到的是，总兵冯桂增、名将额尔庆额为了抢功突然猛攻玛纳斯城，这让清军不得不从包围战变成攻城战，而清军最后付出的代价也相当惨重，贸然进攻的冯桂增战死，额尔庆额狼狈逃跑，随后的攻城战更是各自为营，完全没有配合。
一直到了刘锦棠到来之后，清军才艰苦地攻下了玛纳斯，这一战，清军一共伤亡了上千人，多名高级军官阵亡。
不过好在这是清军收复新疆所啃到的唯一一个硬骨头，随后的阿古柏部正如左宗棠预料的一般，毫无抵抗力量，与此同时，一直被阿古柏剥削的新疆各部也纷纷起义，并在1877年的5月身亡。
随后左宗棠又花了将近半年的时间彻底击垮了阿古柏残留的势力，在12月17日完全地收复了新疆。
纵观左宗棠主持的这场持续一年半的新疆收复战可以看到，清政府唯一打的一场硬仗就是玛纳斯之战，其中张大发、杜生荣、司世道、把总邵芝、游击杨占魁等多名清军指挥官均战死在城下，不过严格来说，纳斯之战的惨剧本来是可以避免的。
如果清军不互相抢功各自为战的话，这场战争可能相当轻松就可以拿下，再假如冯桂增、名将额尔庆额两人不贸然攻城，或许当地的守军会直接投降也说不定，而这场战斗也反映出了清政府内部存在的各种矛盾和派系，已经从根本上腐蚀了清军的战斗力。
这场回光返照的战争，是晚清在沦为半殖民地社会为数不多的高光时刻，它不仅让沙俄罕见地吐出了已经占有的领土，更是维护了中国领土的完整，总的来说可以说是瑕不掩瑜。
参考资料：
1. 百度百科：清军收复新疆之战
2. 人民网：收复新疆 名垂千秋
3. 光明日报：“千秋独有左文襄”：历史上的左宗棠及其功绩
4. 湖南日报：抬棺出征的孤勇者：左宗棠为何能收复新疆？
5. 红网：左宗棠边疆治理的历史依据和时代价值
